More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1751 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1751  integration host factor, alpha subunit  100 
 
 
113 aa  228  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0308436 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1882  integration host factor alpha-subunit  84.07 
 
 
113 aa  197  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.027165 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2108  integration host factor subunit alpha  75.76 
 
 
111 aa  164  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.283165  normal  0.12287 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2394  integration host factor subunit alpha  75.51 
 
 
116 aa  159  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0245494  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1454  integration host factor subunit alpha  75.51 
 
 
116 aa  159  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2853  integration host factor subunit alpha  70.87 
 
 
122 aa  158  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.769617  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2848  integration host factor subunit alpha  74.23 
 
 
123 aa  155  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00504476 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3095  integration host factor subunit alpha  75 
 
 
108 aa  154  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0706803 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4610  integration host factor subunit alpha  70 
 
 
110 aa  152  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428618  normal  0.0608017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1876  histone family protein DNA-binding protein  68.52 
 
 
123 aa  152  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1342  integration host factor, alpha subunit  72.34 
 
 
102 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1166  integration host factor subunit alpha  77.66 
 
 
136 aa  151  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.516424  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1773  integration host factor subunit alpha  72.28 
 
 
136 aa  151  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.322922  normal  0.330159 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1897  integration host factor subunit alpha  71.57 
 
 
134 aa  150  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4621  integration host factor subunit alpha  75 
 
 
131 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15527  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1458  integration host factor subunit alpha  75 
 
 
131 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.763233  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0999  integration host factor subunit alpha  75 
 
 
131 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1481  integration host factor subunit alpha  75 
 
 
131 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1405  integration host factor subunit alpha  74.23 
 
 
131 aa  149  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1533  integration host factor subunit alpha  71.57 
 
 
134 aa  149  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.612274  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0969  integration host factor subunit alpha  71.57 
 
 
134 aa  149  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1090  integration host factor subunit alpha  71.57 
 
 
134 aa  149  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0197  integration host factor subunit alpha  71.57 
 
 
134 aa  149  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.878199  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1365  integration host factor subunit alpha  74.23 
 
 
131 aa  149  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1741  integration host factor subunit alpha  72.73 
 
 
134 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.394996  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1718  integration host factor subunit alpha  72.73 
 
 
134 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1281  integration host factor subunit alpha  74.47 
 
 
138 aa  148  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561954  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1641  integration host factor subunit alpha  72.73 
 
 
138 aa  148  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.860546  normal  0.370826 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1971  integration host factor subunit alpha  72.73 
 
 
138 aa  147  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1377  integration host factor subunit alpha  73.2 
 
 
136 aa  148  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377563  normal  0.528891 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2750  integration host factor subunit alpha  73.2 
 
 
136 aa  148  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1583  integration host factor subunit alpha  74.23 
 
 
104 aa  147  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2589  integration host factor subunit alpha  72.73 
 
 
134 aa  147  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1552  integration host factor, alpha subunit  72.92 
 
 
117 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.54168  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3019  integration host factor subunit alpha  73.63 
 
 
101 aa  136  8.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.616425  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1013  integration host factor subunit alpha  70.65 
 
 
103 aa  134  5e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00925023 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1997  integration host factor subunit alpha  70.33 
 
 
100 aa  133  7.000000000000001e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000120885  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2671  integration host factor subunit alpha  71.43 
 
 
100 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.998853 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0493  integration host factor subunit alpha  69.23 
 
 
101 aa  131  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0640856  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0835  integration host factor, alpha subunit  61.05 
 
 
107 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1004  integration host factor, alpha subunit  61.05 
 
 
107 aa  127  7.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2493  integration host factor subunit alpha  63.83 
 
 
98 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044668  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2608  integration host factor, alpha subunit  64.89 
 
 
99 aa  125  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2237  integration host factor, alpha subunit  64.89 
 
 
99 aa  125  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0376768 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2799  integration host factor subunit alpha  63.74 
 
 
99 aa  118  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02444  integration host factor subunit alpha  62.11 
 
 
99 aa  119  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0239469  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1604  integration host factor subunit alpha  67.03 
 
 
99 aa  118  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316087  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1472  integration host factor subunit alpha  61.39 
 
 
103 aa  118  3e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.213571  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1409  integration host factor subunit alpha  61.39 
 
 
103 aa  118  3e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0010312  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1718  integration host factor subunit alpha  61.7 
 
 
98 aa  117  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000312537  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1826  integration host factor subunit alpha  61.7 
 
 
98 aa  117  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2619  integration host factor subunit alpha  61.7 
 
 
98 aa  117  3.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.285521  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2186  integration host factor subunit alpha  60 
 
 
98 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.874244  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  60 
 
 
99 aa  117  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  64.84 
 
 
100 aa  117  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0846  integration host factor subunit alpha  65.56 
 
 
98 aa  117  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000670658  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1730  integration host factor subunit alpha  60.64 
 
 
99 aa  116  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.976876  normal  0.494462 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2150  integration host factor subunit alpha  60 
 
 
98 aa  116  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.872084  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2214  integration host factor subunit alpha  64.84 
 
 
98 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.600475  normal  0.239128 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  63.33 
 
 
98 aa  116  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1710  integration host factor subunit alpha  64.84 
 
 
99 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.707381  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  63.74 
 
 
99 aa  116  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2068  integration host factor subunit alpha  64.84 
 
 
97 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0298794  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1894  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
98 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.585308  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2994  integration host factor, alpha subunit  63.33 
 
 
97 aa  115  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2093  integration host factor subunit alpha  60.92 
 
 
99 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2014  integration host factor subunit alpha  60.92 
 
 
99 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0886978  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1957  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.126843  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2047  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240665  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01681  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00950044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1930  integration host factor, alpha subunit  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000106762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1919  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.445655 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1954  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.57207  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2430  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1450  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2468  integration host factor subunit alpha  64.44 
 
 
98 aa  114  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0406236  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1661  integration host factor, alpha subunit  58.43 
 
 
97 aa  115  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1931  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000683366  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1834  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.155105  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01670  hypothetical protein  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00452626  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1478  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2596  integration host factor subunit alpha  64.44 
 
 
98 aa  114  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184859  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2006  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.608113 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  58.95 
 
 
99 aa  115  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1951  integration host factor subunit alpha  64.44 
 
 
98 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0689999  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1314  integration host factor, alpha subunit  61.54 
 
 
100 aa  114  3.9999999999999997e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  63.04 
 
 
100 aa  114  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  63.04 
 
 
100 aa  114  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  63.04 
 
 
100 aa  114  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2591  integration host factor, alpha subunit  57.14 
 
 
98 aa  114  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.3815  normal  0.0354419 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  61.54 
 
 
99 aa  113  7.999999999999999e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1830  integration host factor subunit alpha  64.44 
 
 
98 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00321456  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1875  integration host factor subunit alpha  64.44 
 
 
98 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00111351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1909  integration host factor subunit alpha  64.44 
 
 
98 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000003309  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1902  integration host factor subunit alpha  64.44 
 
 
98 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000352289  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2417  integration host factor subunit alpha  64.44 
 
 
98 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000508912  hitchhiker  0.0000292071 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2087  integration host factor subunit alpha  64.44 
 
 
98 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  63.74 
 
 
100 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  63.04 
 
 
100 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.327028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>