More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1598 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1598  response regulator receiver protein  100 
 
 
120 aa  246  8e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00129925 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0584  chemotaxis signal transduction protein CheY  85 
 
 
120 aa  216  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3791  response regulator receiver protein  81.67 
 
 
120 aa  201  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3065  response regulator receiver protein  81.67 
 
 
120 aa  201  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4379  response regulator receiver protein  80 
 
 
120 aa  198  2e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2177  response regulator receiver protein  79.17 
 
 
120 aa  197  4e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0566  response regulator receiver domain-containing protein  78.33 
 
 
120 aa  197  5e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0654  response regulator receiver protein  79.17 
 
 
120 aa  194  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.54464 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0725  response regulator receiver  70.34 
 
 
121 aa  178  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.537285 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2168  response regulator receiver protein  66.67 
 
 
120 aa  165  3e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.747517  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0259  putative two-component response regulator  67.24 
 
 
121 aa  164  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02260  putative two-component response regulator  67.24 
 
 
121 aa  164  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.797803  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1937  response regulator receiver domain-containing protein  61.86 
 
 
121 aa  162  1e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.644536  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1625  response regulator receiver domain-containing protein  61.34 
 
 
120 aa  161  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.608115 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1787  response regulator receiver protein  62.39 
 
 
122 aa  154  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0114  response regulator receiver protein  59.17 
 
 
120 aa  152  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2443  putative chemotaxis response regulator, CheY5  60.68 
 
 
122 aa  150  6e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.451762  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1107  response regulator receiver protein  60.68 
 
 
122 aa  150  6e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.91502 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1289  chemotaxis protein CheY  58.47 
 
 
121 aa  148  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2428  response regulator receiver domain-containing protein  58.47 
 
 
128 aa  147  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0310268  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2994  response regulator receiver protein  57.63 
 
 
121 aa  147  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00411  chemotaxis protein CheY  56.9 
 
 
121 aa  145  1e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0631  response regulator receiver protein  60.17 
 
 
121 aa  145  1e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3494  response regulator receiver protein  57.14 
 
 
120 aa  145  2e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1739  response regulator receiver protein  59.48 
 
 
121 aa  145  2e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0375564  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2094  response regulator receiver protein  58.62 
 
 
121 aa  145  2e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.911812 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1880  response regulator receiver protein  57.76 
 
 
121 aa  144  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.578036 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0167  response regulator receiver protein  57.98 
 
 
120 aa  144  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1593  response regulator receiver protein  58.62 
 
 
121 aa  144  4e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2219  response regulator receiver protein  58.62 
 
 
121 aa  144  4e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2620  response regulator receiver protein  58.62 
 
 
121 aa  144  4e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2111  Fis family transcriptional regulator  57.76 
 
 
121 aa  144  4e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2248  response regulator receiver protein  57.76 
 
 
121 aa  144  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1606  response regulator receiver protein  60.34 
 
 
121 aa  144  5e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2365  response regulator receiver protein  57.76 
 
 
121 aa  144  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00457125  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2097  response regulator receiver protein  57.76 
 
 
121 aa  144  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.371893  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3298  response regulator receiver protein  56.41 
 
 
121 aa  142  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0187  response regulator receiver protein  57.14 
 
 
120 aa  142  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3108  response regulator receiver domain-containing protein  61.16 
 
 
120 aa  142  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2120  chemotaxis protein CheY  56.9 
 
 
121 aa  141  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3298  hypothetical protein  55.93 
 
 
121 aa  140  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.765394 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4035  response regulator receiver protein  55.08 
 
 
121 aa  139  1e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.52498  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0263  response regulator receiver protein  54.7 
 
 
121 aa  138  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.419062 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1417  response regulator receiver protein  55.46 
 
 
120 aa  138  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.212789  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2650  response regulator receiver protein  58.12 
 
 
120 aa  138  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3302  chemotaxis response regulator, CheY4  54.24 
 
 
121 aa  138  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.930651  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0754  response regulator receiver domain-containing protein  58.33 
 
 
120 aa  137  4e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1853  response regulator receiver protein  56.9 
 
 
121 aa  137  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00571982  normal  0.853875 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2107  response regulator receiver domain-containing protein  56.78 
 
 
120 aa  136  8e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0235  response regulator receiver protein  53.39 
 
 
121 aa  136  9e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1583  chemotaxis response regulator, CheY3  53.39 
 
 
121 aa  136  9e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00144899  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2142  chemotaxis protein cheY  56.03 
 
 
121 aa  134  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0880  response regulator receiver protein  52.54 
 
 
123 aa  134  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00031  chemotaxis response regulator  56.52 
 
 
116 aa  134  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371607  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1541  response regulator receiver protein  54.31 
 
 
120 aa  134  5e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0468  response regulator receiver protein  55.17 
 
 
120 aa  134  5e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.156981 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0611  response regulator receiver protein  50.42 
 
 
121 aa  132  2e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0164  response regulator receiver protein  50.85 
 
 
125 aa  131  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.498492 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0147  chemotaxis protein CheY  51.26 
 
 
119 aa  131  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1315  response regulator receiver protein  46.15 
 
 
121 aa  129  2e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0517324  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1398  response regulator receiver domain-containing protein  50.85 
 
 
123 aa  128  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503734  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3816  response regulator receiver protein  50.83 
 
 
125 aa  127  4e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0118  response regulator receiver domain-containing protein  50.83 
 
 
125 aa  127  4e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0278  response regulator receiver protein  50 
 
 
121 aa  127  4e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.143889  normal  0.948049 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0255  response regulator receiver protein  49.15 
 
 
125 aa  127  5e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.308564  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1378  response regulator receiver domain-containing protein  50.85 
 
 
122 aa  127  5e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.207936  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0168  response regulator receiver protein  49.15 
 
 
125 aa  127  5e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0146  response regulator receiver protein  50 
 
 
121 aa  127  5e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2852  response regulator receiver protein  49.15 
 
 
125 aa  127  5e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0181  response regulator receiver protein  49.15 
 
 
125 aa  127  5e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0237  response regulator receiver protein  49.15 
 
 
125 aa  127  5e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.235206  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1536  response regulator receiver protein  48.25 
 
 
122 aa  127  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0284047 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4812  response regulator receiver protein  48.33 
 
 
121 aa  126  9e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00197217 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0155  chemotaxis response regulator  46.22 
 
 
120 aa  125  2e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1570  response regulator receiver protein  48.28 
 
 
121 aa  125  2e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.945276 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6738  response regulator receiver, CheY1  50.83 
 
 
121 aa  125  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.079904  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3357  response regulator receiver protein  48.31 
 
 
125 aa  124  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.356565  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0915  chemotaxis protein CheY  45.3 
 
 
122 aa  124  4e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2975  response regulator receiver protein  50 
 
 
120 aa  124  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  4.59905e-05 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0788  response regulator receiver  45.3 
 
 
122 aa  124  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0234  response regulator receiver protein  48.7 
 
 
121 aa  124  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.695764  normal  0.176079 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2575  response regulator receiver protein  50 
 
 
122 aa  124  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0149684  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2479  response regulator receiver protein  50 
 
 
122 aa  123  7e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.591075  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0092  response regulator receiver protein  48.74 
 
 
122 aa  123  9e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0203  chemotaxis response regulator  45.69 
 
 
123 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.989482  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3294  response regulator receiver  45.3 
 
 
120 aa  122  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3183  chemotaxis response regulator  52.21 
 
 
126 aa  122  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.258509  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4317  chemotaxis receiver protein  48.28 
 
 
122 aa  121  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.257676  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3622  response regulator receiver protein  48.28 
 
 
121 aa  120  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00707081 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3564  response regulator receiver protein  49.14 
 
 
122 aa  120  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0923704 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1447  response regulator receiver protein  48.28 
 
 
121 aa  120  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4079  chemotaxis receiver protein  47.83 
 
 
121 aa  120  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3856  chemotaxis protein CheY  52.21 
 
 
126 aa  120  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.119201  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0078  chemotaxis two-component response regulator CheY1  52.21 
 
 
126 aa  120  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1683  chemotaxis response regulator  52.21 
 
 
126 aa  120  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.058459  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2860  chemotaxis response regulator  52.21 
 
 
126 aa  120  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3436  chemotaxis response regulator  52.21 
 
 
126 aa  120  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.487873  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3115  chemotaxis response regulator  52.21 
 
 
126 aa  120  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3937  chemotaxis protein CheY  52.21 
 
 
126 aa  120  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.450944  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0899  response regulator receiver domain-containing protein  45.3 
 
 
122 aa  120  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>