182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1444 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1444  cytochrome d1 heme region  100 
 
 		 397 aa  787    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1910  cytochrome d1, heme region  70.9 
 
 		 404 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1715  cytochrome d1 heme region  70.66 
 
 		 404 aa  580  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.792941  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5013  cytochrome d1, heme region  67.17 
 
 		 413 aa  508  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2080  cytochrome d1, heme region  65.27 
 
 		 390 aa  506  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79845  normal  0.193812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3270  cytochrome d1, heme region  60.81 
 
 		 387 aa  488  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2613  cytochrome d1 heme region  62.11 
 
 		 402 aa  489  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.683986  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0075  heme d1 biosynthesis protein NirF  60.47 
 
 		 391 aa  481  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.61983 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4223  nirF protein  54.74 
 
 		 413 aa  469  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3123  cytochrome d1, heme region  57.49 
 
 		 400 aa  457  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.475371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06720  heme d1 biosynthesis protein NirF  58.09 
 
 		 392 aa  450  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.729227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0617  heme d1 biosynthesis protein NirF  57.82 
 
 		 392 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3177  cytochrome cd1  57.49 
 
 		 388 aa  423  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.976412 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2490  cytochrome d1, heme region  56.52 
 
 		 384 aa  410  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0342  cytochrome d1 heme region  30.37 
 
 		 359 aa  160  4e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00493311  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0458  cytochrome d1 heme region  24.93 
 
 		 353 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000480254  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1988  nitrite reductase NirF  25.9 
 
 		 378 aa  123  6e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.250805  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2495  cytochrome d1, heme region  31.31 
 
 		 484 aa  113  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.399935 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3132  hydroxylamine reductase  29.34 
 
 		 504 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4229  heme-binding protein NirN  26.15 
 
 		 542 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0610  putative c-type cytochrome  27.44 
 
 		 493 aa  103  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3331  cytochrome d1, heme region  26.03 
 
 		 519 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3169  cytochrome d1, heme region  27.74 
 
 		 493 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06650  putative c-type cytochrome  27.13 
 
 		 493 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0252622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3172  nitrite reductase protein N  27.14 
 
 		 517 aa  98.6  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.854794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3029  cytochrome d1 heme subunit  26.43 
 
 		 527 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2608  cytochrome d1 heme region  27.37 
 
 		 547 aa  89.7  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213874  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0070  nitrite reductase (NO-forming)  24.79 
 
 		 517 aa  86.3  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.532245  normal  0.428629 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  28.73 
 
 		 776 aa  85.5  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5018  nitrite reductase (NO-forming)  25.68 
 
 		 503 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.15 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1985  nitrite reductase NirS  32.85 
 
 		 546 aa  84.3  0.000000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000493691  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4220  nitrite reductase  24.57 
 
 		 542 aa  83.6  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0434848  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  26.43 
 
 		 819 aa  83.2  0.000000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3260  cytochrome d1, heme region  23.51 
 
 		 528 aa  82.8  0.000000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.75 
 
 		 377 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1450  cytochrome d1 heme region  26.29 
 
 		 525 aa  79.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.593871 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.44 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.44 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.44 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  23.1 
 
 		 1667 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1905  cytochrome d1, heme region  26.15 
 
 		 542 aa  78.2  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275872  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1710  cytochrome d1 heme region  26.15 
 
 		 566 aa  78.2  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.111193  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  25.35 
 
 		 810 aa  75.5  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.41 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.22 
 
 		 354 aa  73.9  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.75 
 
 		 607 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  22.16 
 
 		 580 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.06 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5257  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.73 
 
 		 478 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.73 
 
 		 478 aa  72  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.73 
 
 		 478 aa  72  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.87 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  21.61 
 
 		 479 aa  70.5  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  27.96 
 
 		 556 aa  70.5  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.06 
 
 		 457 aa  70.5  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.57 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5399  hypothetical protein  27.65 
 
 		 500 aa  68.9  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3795  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.65 
 
 		 493 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  25.66 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  25.73 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.32 
 
 		 689 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  30.83 
 
 		 387 aa  65.1  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  26.54 
 
 		 1094 aa  65.5  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.98 
 
 		 517 aa  64.7  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.84 
 
 		 347 aa  63.9  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  30.86 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.19 
 
 		 752 aa  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.71 
 
 		 451 aa  63.2  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.55 
 
 		 317 aa  62.8  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.98 
 
 		 338 aa  62.8  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  21.41 
 
 		 391 aa  61.6  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.9 
 
 		 320 aa  62  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.43 
 
 		 348 aa  61.6  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.09 
 
 		 348 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.55 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.08 
 
 		 272 aa  59.3  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1976  hypothetical protein  33.33 
 
 		 640 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3685  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.43 
 
 		 384 aa  58.9  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.72 
 
 		 348 aa  58.9  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06180  YVTN family beta-propeller repeat protein  24.88 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.47 
 
 		 492 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484183 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1457  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.61 
 
 		 383 aa  55.8  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.803154  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.75 
 
 		 323 aa  55.8  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.83 
 
 		 406 aa  55.8  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4934  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.27 
 
 		 491 aa  55.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  24.91 
 
 		 332 aa  55.1  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  23.39 
 
 		 339 aa  55.1  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3857  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.27 
 
 		 491 aa  55.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.337785  normal  0.864513 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.73 
 
 		 366 aa  55.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.41 
 
 		 328 aa  55.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0103  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  32.23 
 
 		 192 aa  54.3  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.45 
 
 		 362 aa  53.9  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28 
 
 		 325 aa  53.9  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3533  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.76 
 
 		 488 aa  53.9  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.22 
 
 		 1170 aa  52.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.3 
 
 		 334 aa  52.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.75 
 
 		 332 aa  51.6  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.27 
 
 		 331 aa  51.2  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.11 
 
 		 943 aa  50.8  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>