86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1311 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 578 aa  1156    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  42.96 
 
 		 571 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  41.62 
 
 		 575 aa  329  7e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  35.45 
 
 		 577 aa  276  9e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  35.49 
 
 		 633 aa  261  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  36.02 
 
 		 563 aa  261  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  36.02 
 
 		 561 aa  261  3e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  34.94 
 
 		 612 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  35.4 
 
 		 589 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  33.39 
 
 		 584 aa  253  9.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  32.99 
 
 		 547 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  33.98 
 
 		 611 aa  243  6e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  34.04 
 
 		 585 aa  243  9e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  32.4 
 
 		 561 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  47.77 
 
 		 557 aa  221  3e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  31.9 
 
 		 616 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  30.11 
 
 		 557 aa  212  1e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.22 
 
 		 565 aa  211  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  39.36 
 
 		 576 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  32.49 
 
 		 564 aa  193  8e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  30 
 
 		 572 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  29.24 
 
 		 590 aa  169  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  29.49 
 
 		 575 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.61 
 
 		 532 aa  159  2e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  30.02 
 
 		 597 aa  159  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  27.32 
 
 		 565 aa  141  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.7 
 
 		 528 aa  138  2e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  30.28 
 
 		 398 aa  135  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.53 
 
 		 423 aa  130  6e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.58 
 
 		 556 aa  119  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  35.21 
 
 		 436 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  31.46 
 
 		 447 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  33.17 
 
 		 315 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  33.33 
 
 		 354 aa  107  5e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  40.67 
 
 		 404 aa  99.8  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  30.88 
 
 		 418 aa  97.1  8e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  34.08 
 
 		 434 aa  92.8  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  29.21 
 
 		 402 aa  92.8  1e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  24.07 
 
 		 323 aa  93.6  1e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  25.4 
 
 		 477 aa  90.9  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.44 
 
 		 520 aa  84.7  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  31 
 
 		 435 aa  84  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  29.79 
 
 		 399 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  24.71 
 
 		 479 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  35.32 
 
 		 420 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.66 
 
 		 386 aa  77.8  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  25.52 
 
 		 547 aa  72  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  25.56 
 
 		 595 aa  71.6  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  24.01 
 
 		 457 aa  70.5  0.00000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  26.21 
 
 		 501 aa  68.6  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  27.87 
 
 		 453 aa  68.2  0.0000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3533  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit-like protein  52.94 
 
 		 86 aa  67.8  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.000840506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  20.77 
 
 		 492 aa  67  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  24.31 
 
 		 450 aa  63.9  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.76 
 
 		 493 aa  63.2  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.92 
 
 		 495 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  24.25 
 
 		 514 aa  62.4  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.23 
 
 		 419 aa  61.6  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.23 
 
 		 419 aa  61.6  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24.57 
 
 		 490 aa  60.1  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  28.67 
 
 		 380 aa  59.3  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  23.73 
 
 		 444 aa  59.3  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.57 
 
 		 464 aa  58.2  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  44.44 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  24.8 
 
 		 538 aa  55.5  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  22.32 
 
 		 587 aa  53.9  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.3 
 
 		 471 aa  53.5  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.04 
 
 		 413 aa  53.5  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  60.53 
 
 		 460 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0005  putative type I restriction enzyme, R subunit  71.43 
 
 		 119 aa  51.2  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 		 385 aa  51.2  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  24.18 
 
 		 380 aa  50.4  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.16 
 
 		 532 aa  48.9  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  20.17 
 
 		 485 aa  48.5  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  28.28 
 
 		 392 aa  48.5  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23 
 
 		 438 aa  47.4  0.0007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.47 
 
 		 237 aa  46.6  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.4 
 
 		 390 aa  47  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  29.19 
 
 		 396 aa  47  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  23.04 
 
 		 442 aa  46.6  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  27.81 
 
 		 162 aa  46.2  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.22 
 
 		 388 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  28.24 
 
 		 394 aa  45.8  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1280  type I restriction-modification system, S subunit  50 
 
 		 58 aa  44.7  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.64 
 
 		 400 aa  45.1  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.26 
 
 		 388 aa  44.3  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>