28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1288 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1288  hypothetical protein  100 
 
 		 330 aa  634    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000550461 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2454  TPR repeat-containing protein  45.52 
 
 		 326 aa  202  9e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0869299  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0530  tetratricopeptide TPR_4  42.66 
 
 		 314 aa  196  6e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.491525  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2524  peptidase C39, bacteriocin processing  43 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.497952  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1828  TPR repeat-containing protein  43.88 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28150  hypothetical protein  43.57 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0121186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0294  TPR repeat-containing protein  42.35 
 
 		 339 aa  186  6e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.033214  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1110  TPR repeat-containing protein  48.78 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.166102  normal  0.864016 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0089  hypothetical protein  41.16 
 
 		 342 aa  183  3e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1974  hypothetical protein  45.23 
 
 		 317 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  normal  0.0442943 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0271  hypothetical protein  37.64 
 
 		 337 aa  172  6.999999999999999e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000357372  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2157  hypothetical protein  37.46 
 
 		 332 aa  172  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.97673  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4194  hypothetical protein  36.63 
 
 		 347 aa  142  9e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1043  hypothetical protein  32.74 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03118  FOG: TPR repeat 2396 protein  28.97 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20370  hypothetical protein  42.33 
 
 		 172 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3525  hypothetical protein  37.04 
 
 		 244 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.675078  normal  0.214556 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1948  hypothetical protein  37.38 
 
 		 267 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168356  hitchhiker  0.000258843 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3246  hypothetical protein  37.5 
 
 		 244 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310754  normal  0.875608 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2693  hypothetical protein  35.12 
 
 		 231 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2447  hypothetical protein  35.8 
 
 		 244 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3703  hypothetical protein  31.56 
 
 		 224 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2426  hypothetical protein  35.12 
 
 		 231 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.909088  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1104  hypothetical protein  30.67 
 
 		 223 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0738368 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0637  hypothetical protein  28.57 
 
 		 188 aa  67  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.323019  normal  0.918011 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0958  peptidase C39 bacteriocin processing  23.65 
 
 		 164 aa  61.2  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000835793  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0719  peptidase C39 bacteriocin processing  33.33 
 
 		 164 aa  54.3  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0069  TPR repeat-containing protein  19.32 
 
 		 320 aa  45.1  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>