More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1226 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
263 aa  525  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16730  glucose/ribitol dehydrogenase family protein  75.29 
 
 
262 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.681173  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.1 
 
 
258 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.298877  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.2 
 
 
258 aa  362  3e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.567568 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3195  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.68 
 
 
264 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.857266  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2540  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.2 
 
 
258 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.48 
 
 
259 aa  355  2.9999999999999997e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3053  oxidoreductase  74.14 
 
 
260 aa  353  2e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.42458  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.68 
 
 
259 aa  352  2e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.17 
 
 
264 aa  352  2.9999999999999997e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  68.06 
 
 
259 aa  352  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.06 
 
 
276 aa  350  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.04 
 
 
265 aa  349  3e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.602708  normal  0.800249 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.53 
 
 
264 aa  344  1e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  68.82 
 
 
325 aa  343  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03629  oxidoreductase  67.43 
 
 
258 aa  342  4e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.82 
 
 
278 aa  341  7e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.3 
 
 
259 aa  340  9e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.3 
 
 
259 aa  340  9e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.68 
 
 
259 aa  339  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.78 
 
 
277 aa  338  7e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  65.17 
 
 
263 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.54 
 
 
262 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.16 
 
 
259 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.54 
 
 
264 aa  334  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.54 
 
 
260 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.78 
 
 
259 aa  333  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.78 
 
 
285 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1388  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.58 
 
 
259 aa  332  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.03 
 
 
276 aa  331  6e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.2 
 
 
259 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0730868  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0789  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.2 
 
 
259 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0355352  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1882  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.2 
 
 
259 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1234  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.2 
 
 
259 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.2 
 
 
259 aa  330  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00809972  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1078  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.2 
 
 
259 aa  330  2e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.296983  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.02 
 
 
260 aa  324  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  62.74 
 
 
260 aa  322  3e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.42 
 
 
263 aa  321  8e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.42 
 
 
263 aa  321  8e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.06 
 
 
259 aa  319  3e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.736401  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.88 
 
 
260 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.5 
 
 
260 aa  305  7e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
259 aa  285  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.930185  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
259 aa  281  5.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511281  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.73 
 
 
238 aa  278  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.53 
 
 
264 aa  271  7e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0866404 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.47 
 
 
259 aa  271  7e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460679  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.59 
 
 
261 aa  270  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.274604 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.03 
 
 
259 aa  270  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0406347 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2538  Short-chain dehydrogenase/reductase  59.14 
 
 
259 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.22 
 
 
260 aa  270  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.285403  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
259 aa  270  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
259 aa  264  8.999999999999999e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.560822  normal  0.0105475 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
260 aa  259  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.61 
 
 
259 aa  253  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.95 
 
 
259 aa  250  2e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.66 
 
 
259 aa  240  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000437524  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.56 
 
 
259 aa  224  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.3 
 
 
247 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.417621 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0589  putative short-chain dehydrogenase/reductase  49.62 
 
 
259 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398549  normal  0.212573 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.32 
 
 
248 aa  183  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0734499  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
261 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
261 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
261 aa  168  8e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
261 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
267 aa  165  5e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
262 aa  165  8e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
262 aa  160  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
263 aa  160  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
260 aa  159  4e-38  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
259 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199675 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 
245 aa  157  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.35981 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1391  NAD/NADP dependent oxidoreductase  39.54 
 
 
261 aa  156  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
259 aa  156  4e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.274647 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07435  putative short-chain dehydrogenase/reductase  36.36 
 
 
269 aa  155  6e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.492431  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
266 aa  154  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
237 aa  153  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
260 aa  151  8e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 
262 aa  150  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
262 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209308  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
262 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
263 aa  149  6e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
237 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
260 aa  145  5e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
294 aa  144  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
261 aa  142  5e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.63 
 
 
271 aa  140  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
261 aa  139  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
255 aa  139  6e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0149136  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
257 aa  139  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0315057  normal  0.582541 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
262 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.538623 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
261 aa  138  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
262 aa  138  1e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
259 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00522333  unclonable  4.08177e-18 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
262 aa  137  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
261 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433657 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
260 aa  135  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.389039  normal  0.0700115 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>