More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1127 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1127  SNARE associated Golgi protein  100 
 
 
219 aa  440  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.325402 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2029  DedA protein (DSG-1 protein)  73.36 
 
 
218 aa  329  2e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3465  SNARE associated Golgi protein  69.16 
 
 
222 aa  323  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.133962  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1301  DedA protein (DSG-1 protein)  70.09 
 
 
230 aa  321  6e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0955835  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1467  SNARE associated Golgi protein  70.89 
 
 
213 aa  320  1e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3208  DedA protein (DSG-1 protein)  68.25 
 
 
215 aa  317  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.043821  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1167  DedA protein (DSG-1 protein)  66.82 
 
 
219 aa  314  5e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.482076  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5129  SNARE associated Golgi protein  67.76 
 
 
244 aa  313  1e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.958225 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3305  DedA protein (DSG-1 protein)  65.4 
 
 
215 aa  303  2e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25714  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4224  DedA protein (DSG-1 protein)  65.42 
 
 
220 aa  301  7e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0539738  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0980  DedA protein (DSG-1 protein)  69.59 
 
 
220 aa  296  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.275118  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0895  SNARE associated Golgi protein  69.59 
 
 
220 aa  296  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0575  DedA family protein  51.42 
 
 
213 aa  219  2e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.684924  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2799  hypothetical protein  51.39 
 
 
220 aa  219  4e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3163  hypothetical protein  53.81 
 
 
213 aa  218  6e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3395  SNARE associated Golgi protein  52.34 
 
 
216 aa  217  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2609  hypothetical protein  48.4 
 
 
219 aa  215  3e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36856  normal  0.051576 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2597  hypothetical protein  48.4 
 
 
219 aa  215  3e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.651507 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2509  hypothetical protein  48.4 
 
 
219 aa  215  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2718  hypothetical protein  48.4 
 
 
219 aa  215  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.261998  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2555  hypothetical protein  48.4 
 
 
219 aa  215  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2866  hypothetical protein  48.86 
 
 
219 aa  214  6e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.416299 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3333  hypothetical protein  49.09 
 
 
220 aa  214  1e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00119993  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1466  hypothetical protein  48.88 
 
 
221 aa  213  2e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1150  SNARE associated Golgi protein  48.64 
 
 
224 aa  212  3e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  3.66321e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1369  hypothetical protein  48.17 
 
 
221 aa  212  4e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25777  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1169  SNARE associated Golgi protein  46.15 
 
 
217 aa  212  4e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.922899  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2468  hypothetical protein  50.24 
 
 
219 aa  211  9e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02242  conserved inner membrane protein  50.24 
 
 
219 aa  211  9e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1335  hypothetical protein  50.24 
 
 
219 aa  211  9e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.64425 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1339  SNARE associated Golgi protein-like protein  50.24 
 
 
219 aa  211  9e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.217693  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02202  hypothetical protein  50.24 
 
 
219 aa  211  9e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3457  hypothetical protein  50.24 
 
 
219 aa  211  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2611  hypothetical protein  49.76 
 
 
219 aa  210  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2559  DEDA DSG-1 protein transmembrane  48.87 
 
 
218 aa  209  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0105855  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1987  SNARE associated Golgi protein  49.28 
 
 
222 aa  208  4e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.446526  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1530  hypothetical protein  50.47 
 
 
220 aa  209  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1421  hypothetical protein  50.47 
 
 
220 aa  209  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0360  hypothetical protein  50.47 
 
 
220 aa  209  4e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2835  SNARE associated Golgi protein  49.77 
 
 
215 aa  208  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2429  SNARE associated Golgi protein  49.3 
 
 
215 aa  208  6e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2695  hypothetical protein  49.76 
 
 
219 aa  207  9e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2473  hypothetical protein  48.8 
 
 
219 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2907  hypothetical protein  49.77 
 
 
219 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2715  SNARE associated Golgi protein  47.69 
 
 
221 aa  205  4e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.65306 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11720  hypothetical protein  49.01 
 
 
221 aa  201  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2768  hypothetical protein  49.06 
 
 
212 aa  201  7e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.375842  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1474  SNARE associated Golgi protein  46.98 
 
 
214 aa  199  2e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2575  hypothetical protein  47.49 
 
 
232 aa  197  1e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1076  hypothetical protein  48.02 
 
 
221 aa  196  2e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.313022  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2620  SNARE associated Golgi protein  46.02 
 
 
227 aa  194  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1142  SNARE associated Golgi protein  48.57 
 
 
216 aa  194  7e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1321  hypothetical protein  45.41 
 
 
253 aa  194  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.777218  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2201  hypothetical protein  45.89 
 
 
218 aa  194  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2173  hypothetical protein  45.96 
 
 
218 aa  193  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1759  hypothetical protein  52.25 
 
 
213 aa  192  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.335415  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2484  SNARE associated Golgi protein  46.22 
 
 
229 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.87707  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1148  hypothetical protein  44.08 
 
 
211 aa  192  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1943  DedA protein  45.69 
 
 
220 aa  192  5e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.777005  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0086  SNARE associated Golgi protein  48.82 
 
 
216 aa  192  5e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.862215  hitchhiker  0.00916794 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2156  SNARE associated Golgi protein  48.98 
 
 
215 aa  191  6e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  1.42104e-05 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2527  membrane protein, DedA family  48.98 
 
 
215 aa  191  6e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0585  SNARE associated Golgi protein  50.26 
 
 
215 aa  191  7e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.654254 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0303  DedA protein  48.58 
 
 
222 aa  191  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0005  integral membrane protein; DedA family protein  46.98 
 
 
218 aa  189  2e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0244  SNARE associated Golgi protein  47.14 
 
 
237 aa  189  4e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.052895  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3933  DedA family transmembrane protein  45.95 
 
 
223 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.95062  hitchhiker  0.00056893 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3233  SNARE associated Golgi protein  43.24 
 
 
230 aa  189  4e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0801636 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1159  dedA protein  43.06 
 
 
214 aa  187  1e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  6.84044e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0994  DedA family protein  43.54 
 
 
214 aa  186  2e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00874601  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0751  SNARE associated Golgi protein  45.41 
 
 
223 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0667  DedA family protein  41.12 
 
 
227 aa  182  4e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.385755  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2191  DedA family membrane protein  45 
 
 
226 aa  181  5e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2313  dedA family protein  45 
 
 
226 aa  181  5e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485565  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0515  dedA family protein  45 
 
 
226 aa  181  5e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.557526  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3296  DedA family membrane protein  45 
 
 
226 aa  181  5e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0603316  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1084  dedA family protein  45 
 
 
226 aa  181  5e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0089  SNARE associated Golgi protein  47.44 
 
 
214 aa  181  6e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.061617 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3263  DedA family membrane protein  44.55 
 
 
242 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.666613  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2641  SNARE associated Golgi protein  50.82 
 
 
226 aa  180  1e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3307  hypothetical protein  44.55 
 
 
283 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0191  hypothetical protein  42.52 
 
 
220 aa  179  3e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0592  SNARE associated Golgi protein  50.27 
 
 
215 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0724  DedA family protein  46.31 
 
 
215 aa  178  5e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0626  hypothetical protein  46.31 
 
 
215 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27115  predicted protein  44.44 
 
 
252 aa  177  1e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000197052  normal  0.0145567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4994  hypothetical protein  47.52 
 
 
216 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.579773 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2987  hypothetical protein  42.01 
 
 
245 aa  176  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1452  hypothetical protein  44.76 
 
 
237 aa  176  2e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.00552947  normal  0.0731246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0579  SNARE associated Golgi protein  49.21 
 
 
215 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.6837  normal  0.582888 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0540  SNARE associated Golgi protein  49.21 
 
 
215 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3854  DedA family transmembrane protein  45.58 
 
 
227 aa  175  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0282  DedA family transmembrane protein  45.5 
 
 
244 aa  174  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0766  DedA family transmembrane protein  45.5 
 
 
244 aa  174  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0735  SNARE associated Golgi protein  45.5 
 
 
244 aa  174  1e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.633458  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2425  hypothetical protein  46.41 
 
 
262 aa  172  3e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0686  SNARE associated Golgi protein  45.98 
 
 
257 aa  172  3e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.47961  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0661  DedA family transmembrane protein  45.54 
 
 
257 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2971  SNARE associated Golgi protein-related protein  42.93 
 
 
286 aa  169  3e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0592  DedA family protein  44.02 
 
 
219 aa  169  3e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>