129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1070 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1070  urease accessory protein UreF  100 
 
 
250 aa  487  1e-137  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3407  urease accessory protein UreF  61.16 
 
 
225 aa  276  3e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1348  urease accessory protein UreF  59.29 
 
 
233 aa  273  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0972  urease accessory protein UreF  62.4 
 
 
232 aa  268  5e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3532  urease accessory protein UreF  61.32 
 
 
251 aa  263  2e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510813  normal  0.516432 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4247  Urease accessory protein UreF  58.82 
 
 
223 aa  253  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1724  urease accessory protein UreF  53.09 
 
 
288 aa  242  5e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0664  urease accessory protein  62.08 
 
 
237 aa  219  3e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2492  urease accessory protein UreF  42.98 
 
 
226 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0788  urease accessory protein UreF  41.94 
 
 
226 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3696  putative urease accessory protein UreF  42.8 
 
 
226 aa  150  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.378168 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0419  urease accessory protein UreF  42.15 
 
 
226 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.885315  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0898  urease accessory protein UreF  42.15 
 
 
226 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4737  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0868  urease accessory protein UreF  42.15 
 
 
226 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.947799  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0777  urease accessory protein UreF  41.94 
 
 
226 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1191  urease accessory protein UreF  38.59 
 
 
230 aa  149  4e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.424033  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4004  urease accessory protein UreF  42.34 
 
 
226 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.471956 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1494  urease accessory protein UreF  42.34 
 
 
236 aa  146  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.36478  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0997  urease accessory protein UreF  39.58 
 
 
230 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.371175  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0963  urease accessory protein UreF  40.83 
 
 
230 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0374203 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0884  urease accessory protein UreF  39.27 
 
 
235 aa  144  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.782823  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0186  urease accessory protein UreF  38.8 
 
 
228 aa  142  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0926  Urease accessory protein UreF  42.8 
 
 
226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2186  urease accessory protein UreF  40.91 
 
 
226 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2555  urease accessory protein UreF  40.91 
 
 
226 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3137  urease accessory protein  40.91 
 
 
236 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0721  urease accessory protein UreF  40.91 
 
 
236 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3078  urease accessory protein UreF  41.53 
 
 
236 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3114  urease accessory protein UreF  41.53 
 
 
236 aa  137  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2059  urease accessory protein UreF  40.91 
 
 
236 aa  137  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.917688  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3941  Urease accessory protein UreF  41.81 
 
 
259 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.552118  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1425  urease accessory protein UreF  41.05 
 
 
228 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3106  Urease accessory protein UreF  38.37 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2262  urease accessory protein UreF  42.8 
 
 
226 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0223  urease accessory protein UreF  34.71 
 
 
221 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1180  urease accessory protein UreF  41.77 
 
 
238 aa  132  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801104  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2848  urease accessory protein UreF  39.66 
 
 
224 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2841  urease accessory protein UreF  39.66 
 
 
224 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2420  urease accessory protein UreF  38.43 
 
 
224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1243  urease accessory protein UreF  37.5 
 
 
226 aa  128  8.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2030  urease accessory protein UreF  40.96 
 
 
229 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.859598  normal  0.139287 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2303  urease accessory protein UreF  38.49 
 
 
230 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2991  urease accessory protein UreF  36.55 
 
 
231 aa  123  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.901747  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4635  urease accessory protein UreF  34.03 
 
 
229 aa  122  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00483851  normal  0.066113 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1859  Urease accessory protein UreF  38.74 
 
 
229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.148323 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2182  Urease accessory protein UreF  39.68 
 
 
229 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.349664  normal  0.124246 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1765  urease accessory protein UreF  33.88 
 
 
227 aa  117  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.858852  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2932  urease accessory protein UreF  38.79 
 
 
224 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.617644  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2878  urease accessory protein UreF  35.95 
 
 
224 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2439  urease accessory protein UreF  37.24 
 
 
227 aa  115  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.280457  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0984  urease accessory protein UreF  33.21 
 
 
269 aa  113  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.341569  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0958  urease accessory protein UreF  33.04 
 
 
230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09390  Urease accessory protein UreF  39.08 
 
 
224 aa  102  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2996  urease accessory protein UreF  31.58 
 
 
232 aa  102  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2267  Urease accessory protein UreF  31.74 
 
 
227 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3468  urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
224 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000115011  normal  0.208076 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4910  urease accessory protein UreF  36.67 
 
 
224 aa  99  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1325  UreF  34.02 
 
 
224 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0665  urease accessory protein UreF  37.02 
 
 
224 aa  99  7e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.675417  normal  0.0233838 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0562  urease accessory protein UreF  35.56 
 
 
224 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64660  urease accessory protein UreF  38.36 
 
 
223 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0385936  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5615  urease accessory protein UreF  37.5 
 
 
223 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2866  urease accessory protein UreF  37.97 
 
 
229 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669452  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4452  urease accessory protein UreF  35.56 
 
 
224 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0722  Urease accessory protein UreF  26.69 
 
 
240 aa  91.7  1e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3203  Urease accessory protein UreF  33.89 
 
 
224 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3014  urease accessory protein UreF  33.76 
 
 
244 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.347135  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1702  Urease accessory protein UreF  31.82 
 
 
225 aa  90.5  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000278425 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1868  urease accessory protein UreF  34.31 
 
 
237 aa  89.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.113809  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29761  urease accessory protein UreF  34.01 
 
 
227 aa  89.4  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00891  Urease accessory protein UreF  30.22 
 
 
208 aa  88.2  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.42714  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0831  urease accessory protein UreF  24.19 
 
 
228 aa  87  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7006  urease accessory protein UreF  32.92 
 
 
240 aa  86.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3690  urease accessory protein UreF  34.75 
 
 
241 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4159  urease accessory protein UreF  34.85 
 
 
309 aa  86.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896165  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3239  Urease accessory protein UreF  32.91 
 
 
238 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.525319 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2120  urease accessory protein UreF  37.3 
 
 
250 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.481302  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1092  Urease accessory protein UreF  37.7 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827823  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3497  urease accessory protein UreF  35.74 
 
 
288 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.977341  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4833  urease accessory protein UreF  26.92 
 
 
228 aa  84.7  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08901  urease accessory protein UreF  23.79 
 
 
228 aa  83.6  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.460278  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0394  Urease accessory protein UreF  31.6 
 
 
227 aa  82  0.000000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2252  urease accessory protein F  33.59 
 
 
223 aa  82  0.000000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2622  urease accessory protein F  31.69 
 
 
223 aa  81.6  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0673782  normal  0.796864 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4179  Urease accessory protein UreF  33.06 
 
 
240 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08881  urease accessory protein UreF  24.19 
 
 
228 aa  80.9  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.751902  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3558  urease accessory protein  28.69 
 
 
228 aa  79  0.00000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.45506  normal  0.0231315 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1135  urease accessory protein UreF  28.69 
 
 
228 aa  79  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0245  urease accessory protein UreF  30.71 
 
 
225 aa  78.6  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1081  urease accessory protein UreF  28.69 
 
 
228 aa  78.6  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0381  urease accessory protein UreF  31.97 
 
 
214 aa  75.9  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11359  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1947  urease accessory protein UreF  32.42 
 
 
210 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1360  urease accessory protein UreF, putative  29.46 
 
 
243 aa  73.6  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0303  urease accessory protein UreF  32.03 
 
 
210 aa  73.6  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0991  urease accessory protein UreF  31.33 
 
 
210 aa  73.2  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1476  Urease accessory protein UreF  30.21 
 
 
228 aa  71.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0566307  normal  0.716543 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0327  urease accessory protein  23.77 
 
 
237 aa  70.9  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2009  Urease accessory protein UreF  31.38 
 
 
231 aa  68.9  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1029  urease accessory protein UreF  27.56 
 
 
231 aa  68.2  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.185094 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5118  Urease accessory protein UreF  29.75 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>