165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0862 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  100 
 
 		 677 aa  1372    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  50.47 
 
 		 594 aa  491  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  50 
 
 		 593 aa  488  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  51.45 
 
 		 576 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  51.13 
 
 		 575 aa  478  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  49.34 
 
 		 583 aa  478  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  46.4 
 
 		 570 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  46.55 
 
 		 557 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  46.22 
 
 		 570 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6334  TRAG family protein  37.07 
 
 		 897 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  44.02 
 
 		 559 aa  424  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  42.65 
 
 		 651 aa  412  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  46.28 
 
 		 601 aa  391  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  42.94 
 
 		 758 aa  385  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  43.7 
 
 		 648 aa  372  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  38.73 
 
 		 713 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  38.95 
 
 		 670 aa  347  3e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  35.86 
 
 		 592 aa  339  9.999999999999999e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  36.36 
 
 		 598 aa  330  5.0000000000000004e-89  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0023  conjugal transfer protein  33.92 
 
 		 673 aa  327  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  35.96 
 
 		 603 aa  322  1.9999999999999998e-86  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  32.82 
 
 		 641 aa  285  2.0000000000000002e-75  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1677  type IV secretory pathway, VirD4 component  61.19 
 
 		 409 aa  270  8e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.250508 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  30.4 
 
 		 723 aa  266  7e-70  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  30.45 
 
 		 714 aa  266  1e-69  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  32.54 
 
 		 658 aa  265  1e-69  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  31.05 
 
 		 648 aa  265  2e-69  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0017  conjugal transfer protein TraK  33.27 
 
 		 655 aa  264  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0092  TaxB  31.54 
 
 		 611 aa  230  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.393332 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  32.05 
 
 		 678 aa  215  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  31.2 
 
 		 665 aa  212  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  29.74 
 
 		 674 aa  209  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  29.5 
 
 		 668 aa  208  2e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  31.12 
 
 		 687 aa  208  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  30.68 
 
 		 669 aa  208  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  31.3 
 
 		 662 aa  207  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  30.79 
 
 		 669 aa  207  7e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  30.37 
 
 		 675 aa  206  9e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  28.6 
 
 		 666 aa  206  9e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  30.12 
 
 		 659 aa  204  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  30.16 
 
 		 672 aa  203  8e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  31.43 
 
 		 661 aa  201  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  29.81 
 
 		 664 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  29.37 
 
 		 664 aa  201  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  32.27 
 
 		 666 aa  201  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  31.16 
 
 		 660 aa  201  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  29.61 
 
 		 665 aa  201  5e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  29.95 
 
 		 665 aa  200  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  29.94 
 
 		 661 aa  200  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  30.64 
 
 		 661 aa  200  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  29.55 
 
 		 666 aa  198  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  29.14 
 
 		 663 aa  198  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  30.04 
 
 		 659 aa  198  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  28.87 
 
 		 661 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  30.64 
 
 		 660 aa  197  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  29.27 
 
 		 673 aa  197  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  31.91 
 
 		 573 aa  197  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  29.1 
 
 		 665 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  29.96 
 
 		 667 aa  197  5.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  29.41 
 
 		 633 aa  197  6e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  31.79 
 
 		 661 aa  197  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  29.96 
 
 		 669 aa  197  7e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  28.92 
 
 		 666 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  29.61 
 
 		 661 aa  196  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  30.33 
 
 		 700 aa  195  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  28.7 
 
 		 669 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  31.33 
 
 		 664 aa  195  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  29.27 
 
 		 633 aa  194  6e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  28.46 
 
 		 699 aa  194  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  28.88 
 
 		 664 aa  193  8e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  29.4 
 
 		 663 aa  193  8e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  29.4 
 
 		 663 aa  193  8e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  29.94 
 
 		 676 aa  192  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  28.96 
 
 		 662 aa  192  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  29.82 
 
 		 548 aa  192  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  28.42 
 
 		 663 aa  191  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  27.09 
 
 		 630 aa  191  5e-47  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  29.18 
 
 		 687 aa  191  5e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  29.66 
 
 		 663 aa  191  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  29.55 
 
 		 670 aa  191  5e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  27.62 
 
 		 620 aa  190  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  28.53 
 
 		 678 aa  187  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  29.94 
 
 		 666 aa  187  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  28.95 
 
 		 661 aa  186  9e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  28.15 
 
 		 660 aa  186  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  28.43 
 
 		 668 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  28.63 
 
 		 667 aa  184  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  28.43 
 
 		 670 aa  184  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  30.84 
 
 		 661 aa  184  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  27.95 
 
 		 699 aa  184  6e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  29.59 
 
 		 695 aa  184  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  27.92 
 
 		 823 aa  183  7e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  29.07 
 
 		 662 aa  183  8.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  28.96 
 
 		 660 aa  181  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  26.96 
 
 		 627 aa  181  4e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  26.14 
 
 		 723 aa  177  6e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  27.23 
 
 		 756 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  30.09 
 
 		 834 aa  169  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  30.09 
 
 		 828 aa  169  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  30.09 
 
 		 809 aa  169  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>