More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0794 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 386 aa  785    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  77.53 
 
 		 399 aa  560  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  67.53 
 
 		 390 aa  541  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  50.69 
 
 		 391 aa  381  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  47.38 
 
 		 389 aa  331  1e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  46.56 
 
 		 399 aa  330  3e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  44.29 
 
 		 388 aa  328  8e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  44.94 
 
 		 389 aa  327  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  48.76 
 
 		 396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  48.21 
 
 		 398 aa  323  4e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  42.28 
 
 		 389 aa  320  3e-86  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  44.66 
 
 		 390 aa  316  4e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  44.35 
 
 		 390 aa  309  5.9999999999999995e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  41.16 
 
 		 389 aa  305  7e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  40.26 
 
 		 388 aa  305  7e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  41.24 
 
 		 390 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  44.24 
 
 		 381 aa  301  1e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  43.09 
 
 		 407 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  43.67 
 
 		 391 aa  297  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  40.94 
 
 		 389 aa  295  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  43.25 
 
 		 401 aa  294  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  47.93 
 
 		 387 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  43.49 
 
 		 379 aa  290  3e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  43.77 
 
 		 376 aa  289  6e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  40.41 
 
 		 395 aa  286  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  40.31 
 
 		 393 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  39.74 
 
 		 395 aa  277  3e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  41.87 
 
 		 390 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  40.11 
 
 		 379 aa  272  9e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  36.6 
 
 		 402 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  37.13 
 
 		 402 aa  202  9e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  36.81 
 
 		 387 aa  192  9e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  35.01 
 
 		 387 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  33.67 
 
 		 395 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  34.42 
 
 		 389 aa  187  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  33.89 
 
 		 393 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 		 397 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  32.98 
 
 		 390 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 		 395 aa  179  7e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  32.88 
 
 		 392 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  33.43 
 
 		 395 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  34.14 
 
 		 390 aa  177  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  32.73 
 
 		 392 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  34.79 
 
 		 394 aa  176  8e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 392 aa  176  8e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  34.05 
 
 		 395 aa  175  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 		 410 aa  172  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 390 aa  169  8e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  32.63 
 
 		 390 aa  166  8e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 		 395 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 426 aa  157  3e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  30.83 
 
 		 423 aa  157  3e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  31.35 
 
 		 392 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  32.06 
 
 		 406 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 		 392 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  29.86 
 
 		 392 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 392 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 		 395 aa  144  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  29.29 
 
 		 400 aa  140  4.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 		 412 aa  139  7e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 		 401 aa  136  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 		 413 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 		 397 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 399 aa  130  5.0000000000000004e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 		 414 aa  129  6e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 413 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 		 390 aa  126  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 398 aa  124  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.9 
 
 		 399 aa  123  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1110  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.46 
 
 		 134 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 		 395 aa  115  8.999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 390 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  26.04 
 
 		 393 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 		 392 aa  113  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3891  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 415 aa  110  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 388 aa  106  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 388 aa  106  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  25.34 
 
 		 392 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 425 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 		 411 aa  104  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 378 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 384 aa  103  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.48 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 		 373 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 		 390 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 391 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 373 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 		 396 aa  99  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.12 
 
 		 373 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 		 384 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 396 aa  99.4  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 404 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.11 
 
 		 404 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 		 417 aa  97.8  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 		 387 aa  96.7  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 		 415 aa  96.3  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>