199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0772 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
1110 aa  2253    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000467672 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3765  helicase domain-containing protein  46.19 
 
 
1103 aa  826    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.197555  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3576  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.94 
 
 
1048 aa  521  1e-146  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1793  helicase-like protein  28.48 
 
 
882 aa  101  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0319232  normal  0.918397 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3053  DEAD/DEAH box helicase-like  27.65 
 
 
1173 aa  99.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.554309 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1063  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.98 
 
 
1032 aa  97.1  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3630  DEAD/DEAH box helicase-like  28.03 
 
 
1173 aa  96.3  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.890362 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_50709  predicted protein  25.42 
 
 
1055 aa  95.1  7e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.918381  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2042  DEAD/DEAH box helicase-like  25.52 
 
 
924 aa  93.2  3e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0627  DEAD/DEAH box helicase-like  26.2 
 
 
926 aa  92  5e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.675765  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0947  hypothetical protein  25.11 
 
 
1051 aa  82  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0339095  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04601  putative DNA helicase  23.9 
 
 
924 aa  81.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0918  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.23 
 
 
815 aa  80.1  0.0000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4384  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.13 
 
 
1166 aa  79.7  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0169007  normal  0.744052 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.97 
 
 
984 aa  79.3  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000527696 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2656  DSH domain-containing protein  26.28 
 
 
936 aa  78.6  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.294225  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5856  putative nuclear exosomal RNA helicase MTR4 ; K01529  24.89 
 
 
909 aa  78.2  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.169326  normal  0.918517 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04059  DEAD/DEAH box helicase domain protein  23.06 
 
 
1085 aa  77  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1600  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.06 
 
 
1197 aa  76.6  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.616777  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14030  superfamily II RNA helicase  24.84 
 
 
953 aa  75.1  0.000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00460424  normal  0.326096 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1672  superfamily II helicase-like protein  26.36 
 
 
1165 aa  75.1  0.000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.406776 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12127  ATP-dependent DNA helicase helY  25.66 
 
 
906 aa  73.6  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.511305 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3440  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.17 
 
 
929 aa  72.8  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0266  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.84 
 
 
715 aa  71.2  0.0000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0689  ski2-like helicase  35.09 
 
 
808 aa  70.9  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.167802 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_49799  predicted protein  29.35 
 
 
933 aa  70.1  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.238463 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2129  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.66 
 
 
988 aa  68.9  0.0000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND05090  conserved hypothetical protein  27.89 
 
 
1068 aa  68.2  0.0000000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.130071  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3736  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.53 
 
 
791 aa  68.2  0.0000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2692  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.33 
 
 
951 aa  68.2  0.0000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.517948  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2702  ski2-like helicase  29.5 
 
 
824 aa  67.8  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0998  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  29.69 
 
 
927 aa  67  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2476  DEAD/DEAH box helicase-like protein  24.56 
 
 
918 aa  67  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2521  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.56 
 
 
918 aa  67  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120154  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2513  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.56 
 
 
918 aa  67  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.701769 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10194  pre-mRNA splicing helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04740)  28.1 
 
 
2208 aa  66.6  0.000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0793  DEAD/DEAH box helicase  22.81 
 
 
877 aa  66.2  0.000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.575248 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18671  putative DNA helicase  29.26 
 
 
927 aa  66.6  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0478  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.79 
 
 
952 aa  65.9  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04412  ATP dependent RNA helicase (Dob1), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07160)  28.88 
 
 
1073 aa  65.5  0.000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54312  DNA-directed DNA polymerase  31.48 
 
 
1942 aa  65.5  0.000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.300419  normal  0.259296 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02482  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03070)  34.29 
 
 
2015 aa  65.1  0.000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.573711  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI01550  RNA helicase, putative  38.14 
 
 
1770 aa  63.9  0.00000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0243  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.65 
 
 
709 aa  63.2  0.00000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1151  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.35 
 
 
706 aa  62.8  0.00000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  decreased coverage  2.46627e-18 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16571  putative DNA helicase  28.18 
 
 
908 aa  63.2  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_50326  predicted protein  26.6 
 
 
998 aa  62.8  0.00000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.455166  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1560  DEAD/DEAH box helicase-like  28.18 
 
 
908 aa  62  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.14763  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.93 
 
 
951 aa  62  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.312521 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0318  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.81 
 
 
756 aa  62  0.00000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0078  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.51 
 
 
708 aa  62  0.00000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.605857 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2231  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.04 
 
 
710 aa  61.2  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.588321  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02710  translation repressor, putative  28.08 
 
 
1185 aa  60.8  0.0000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.708185  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16691  putative DNA helicase  27.4 
 
 
908 aa  61.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6200  putative ATP-dependent helicase  38.46 
 
 
830 aa  61.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0671676  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3743  DSH domain protein  23.39 
 
 
889 aa  61.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0800  ski2-like helicase  25.87 
 
 
693 aa  60.1  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16471  putative DNA helicase  27.23 
 
 
908 aa  60.1  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1280  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25 
 
 
707 aa  60.1  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42332  predicted protein  35.42 
 
 
1767 aa  60.5  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15871  putative DNA helicase  27.95 
 
 
924 aa  60.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.273978  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21930  superfamily II RNA helicase  28.32 
 
 
918 aa  60.1  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0392753  normal  0.495503 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1820  DSH domain-containing protein  28.9 
 
 
904 aa  60.5  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.473261  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18660  superfamily II RNA helicase  30.65 
 
 
853 aa  59.7  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103147  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1964  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.73 
 
 
799 aa  60.1  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.27 
 
 
700 aa  59.7  0.0000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0378845 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3508  ski2-like helicase  31.03 
 
 
729 aa  59.3  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.197475  normal  0.39746 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_44002  predicted protein  27.88 
 
 
2157 aa  59.3  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.507692  normal  0.466679 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2254  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.74 
 
 
996 aa  58.9  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.462314  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1324  DEAD/DEAH box helicase-like  29.24 
 
 
919 aa  58.9  0.0000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2185  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.72 
 
 
964 aa  58.9  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.510547  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05480  superfamily II RNA helicase  34.35 
 
 
842 aa  58.9  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1028  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.28 
 
 
709 aa  58.9  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06007  DEAD/DEAH box RNA helicase (Ski2), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10000)  27.17 
 
 
1293 aa  58.5  0.0000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.542014  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2321  DSH domain protein  29.48 
 
 
916 aa  58.5  0.0000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000521506  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_39994  Mer3 meiotic cross-over helicase  39.18 
 
 
1710 aa  58.9  0.0000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51353  RNA helicase-related protein required for pre-mRNA splicing  31.34 
 
 
2111 aa  58.5  0.0000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  34.48 
 
 
838 aa  58.2  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.8 
 
 
832 aa  58.2  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.451486  normal  0.464159 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2373  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.18 
 
 
894 aa  58.2  0.0000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.385543  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2815  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.59 
 
 
837 aa  58.2  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.164928  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2283  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.34 
 
 
1220 aa  58.2  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000268234 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0498  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.85 
 
 
739 aa  58.2  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2490  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.19 
 
 
865 aa  57.8  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.33618  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11250  superfamily II RNA helicase  40.38 
 
 
877 aa  57.4  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.303042  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2501  ski2-like helicase  31.52 
 
 
712 aa  57.8  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0662  DEAD/DEAH box helicase domain protein  21.61 
 
 
1032 aa  56.6  0.000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_36809  Dead-box family helicase required for mRNA export from nucleus  27.81 
 
 
1068 aa  57.4  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.787056 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1292  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.14 
 
 
950 aa  56.6  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.459724  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0937  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.34 
 
 
707 aa  57  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0865986  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3167  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.52 
 
 
919 aa  57  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0976741  hitchhiker  0.00000193784 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1885  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.55 
 
 
931 aa  57  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49846  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16000  superfamily II RNA helicase  30.18 
 
 
961 aa  57  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0348006  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1444  helicase domain protein  36.27 
 
 
885 aa  56.6  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10920  superfamily II RNA helicase  33.33 
 
 
869 aa  56.2  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.769865  normal  0.737548 
 
 
-
 
NC_006691  CNF04330  pre-mRNA splicing factor, putative  34.48 
 
 
2152 aa  55.8  0.000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.743243  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1765  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  27.75 
 
 
947 aa  55.8  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_50379  predicted protein  26.11 
 
 
1023 aa  55.8  0.000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0819342  normal  0.0284916 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1987  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  23.96 
 
 
1064 aa  55.8  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0686231  normal  0.184545 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_33072  predicted protein  32.73 
 
 
872 aa  55.5  0.000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.988083  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>