More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0740 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
209 aa  422  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  68.93 
 
 
209 aa  284  5e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.96 
 
 
221 aa  280  9e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.48 
 
 
217 aa  277  9e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.34 
 
 
216 aa  268  4e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.08 
 
 
220 aa  266  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  63.16 
 
 
221 aa  263  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5372  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  69.63 
 
 
192 aa  263  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  63.59 
 
 
220 aa  263  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.08 
 
 
220 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  63.59 
 
 
220 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.08 
 
 
220 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  63.59 
 
 
220 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.08 
 
 
220 aa  258  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.84 
 
 
218 aa  256  3e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  69.35 
 
 
194 aa  254  6e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62.86 
 
 
220 aa  254  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  69.35 
 
 
194 aa  253  1.0000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  63.45 
 
 
216 aa  251  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.67 
 
 
198 aa  250  1e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62.44 
 
 
216 aa  248  5e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3437  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.74 
 
 
192 aa  245  4e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  64.58 
 
 
198 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1649  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  65.45 
 
 
197 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.69 
 
 
213 aa  237  9e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.71 
 
 
210 aa  237  9e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.39 
 
 
215 aa  236  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3843  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.49 
 
 
199 aa  236  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0791842  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62.5 
 
 
203 aa  237  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.39 
 
 
212 aa  236  2e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.02 
 
 
220 aa  235  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  65.53 
 
 
220 aa  235  4e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0973  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.02 
 
 
220 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.881367  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0969  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.02 
 
 
220 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2656  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.02 
 
 
220 aa  234  8e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.682807  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.02 
 
 
220 aa  234  8e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1031  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.02 
 
 
220 aa  234  8e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.723337  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2110  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  66.02 
 
 
220 aa  234  8e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.487388  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2101  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.2 
 
 
207 aa  229  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388501  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.84 
 
 
209 aa  227  9e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.93 
 
 
219 aa  225  3e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.43 
 
 
219 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.44 
 
 
219 aa  221  4e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.65 
 
 
213 aa  221  6e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.3 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.42 
 
 
214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.14 
 
 
222 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.32 
 
 
219 aa  218  5e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57 
 
 
219 aa  218  6e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57 
 
 
219 aa  218  6e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57 
 
 
219 aa  218  6e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.53 
 
 
220 aa  217  7.999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.61 
 
 
222 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.67 
 
 
217 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.14 
 
 
217 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.41 
 
 
222 aa  212  2.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.32 
 
 
205 aa  212  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.98 
 
 
215 aa  211  4.9999999999999996e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.61 
 
 
217 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.22 
 
 
220 aa  210  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.79 
 
 
205 aa  209  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.77 
 
 
223 aa  209  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2113  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.45 
 
 
249 aa  209  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.26 
 
 
217 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.94 
 
 
220 aa  209  3e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.58 
 
 
210 aa  208  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.49 
 
 
212 aa  207  9e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.68 
 
 
212 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.68 
 
 
212 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.68 
 
 
212 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
223 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.27 
 
 
229 aa  206  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.68 
 
 
212 aa  206  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.68 
 
 
212 aa  206  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3525  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.31 
 
 
212 aa  206  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0302516  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.49 
 
 
218 aa  206  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.68 
 
 
212 aa  206  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.68 
 
 
212 aa  206  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  53.68 
 
 
212 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.22 
 
 
223 aa  206  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.37 
 
 
226 aa  205  4e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.03 
 
 
216 aa  204  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.88 
 
 
245 aa  203  1e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.16 
 
 
212 aa  203  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1512  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.79 
 
 
214 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374503  normal  0.459598 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.02 
 
 
198 aa  203  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
216 aa  202  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.6 
 
 
212 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03201  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.55 
 
 
212 aa  202  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.56 
 
 
213 aa  202  4e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.23 
 
 
224 aa  201  7e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.68 
 
 
216 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2696  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.08 
 
 
212 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5165  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.72 
 
 
218 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820799  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.08 
 
 
212 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0073  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.24 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2760  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.08 
 
 
212 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.08 
 
 
212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1451  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
214 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00170053  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
222 aa  199  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>