More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0665 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  100 
 
 
200 aa  390  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  67.51 
 
 
196 aa  234  4e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  51.18 
 
 
232 aa  194  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  47.6 
 
 
220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  48.08 
 
 
220 aa  183  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  48.77 
 
 
224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  45.5 
 
 
273 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  41.86 
 
 
226 aa  160  9e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  43.13 
 
 
226 aa  160  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  42.92 
 
 
228 aa  159  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  48.76 
 
 
220 aa  159  3e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  47.4 
 
 
273 aa  159  4e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  46.88 
 
 
276 aa  148  4e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  44.5 
 
 
278 aa  145  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  43.81 
 
 
264 aa  145  6e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  41.78 
 
 
283 aa  144  7.0000000000000006e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  46.63 
 
 
197 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  40.51 
 
 
198 aa  142  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  42.71 
 
 
197 aa  142  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  45.64 
 
 
197 aa  136  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  45.64 
 
 
197 aa  136  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  43.98 
 
 
273 aa  136  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  43.72 
 
 
238 aa  134  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  38.42 
 
 
234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  31.43 
 
 
247 aa  125  3e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  37.7 
 
 
260 aa  121  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  37.7 
 
 
260 aa  121  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  37.31 
 
 
202 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  37.7 
 
 
229 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  37.31 
 
 
202 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  37.31 
 
 
202 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  37.31 
 
 
202 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  40.37 
 
 
238 aa  118  7e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  35.11 
 
 
241 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  31.08 
 
 
249 aa  109  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  31.96 
 
 
258 aa  105  4e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  38.65 
 
 
285 aa  99.8  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5568  Rhomboid family protein  50 
 
 
259 aa  89.4  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  35.57 
 
 
209 aa  88.6  5e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  37.04 
 
 
247 aa  84.7  7e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3810  Rhomboid family protein  51.22 
 
 
261 aa  83.6  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.450903  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  34.76 
 
 
291 aa  83.6  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  37.65 
 
 
221 aa  82.4  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0633  hypothetical protein  41.51 
 
 
263 aa  79.3  0.00000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  30.85 
 
 
444 aa  77.8  0.00000000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  32.39 
 
 
279 aa  77.4  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  35.33 
 
 
252 aa  77.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  40.16 
 
 
155 aa  76.6  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0015  rhomboid family membrane protein  43.75 
 
 
264 aa  76.6  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0861  Rhomboid family protein  43.69 
 
 
277 aa  77  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  36.08 
 
 
205 aa  77  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  32.88 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  36.02 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  32.26 
 
 
248 aa  75.5  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  37.8 
 
 
228 aa  75.9  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  38.41 
 
 
211 aa  75.5  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  36.3 
 
 
263 aa  74.7  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  29.61 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  33.16 
 
 
315 aa  73.9  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  34.81 
 
 
237 aa  74.3  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  36.05 
 
 
220 aa  73.6  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  33.17 
 
 
231 aa  73.9  0.000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  33.77 
 
 
237 aa  72.4  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  39.17 
 
 
238 aa  72.4  0.000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  33.77 
 
 
245 aa  71.6  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  35.1 
 
 
246 aa  71.6  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  36.25 
 
 
241 aa  70.5  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  37.2 
 
 
227 aa  70.9  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  32.08 
 
 
237 aa  70.1  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  31.28 
 
 
231 aa  70.1  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  30.98 
 
 
267 aa  70.5  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  34.36 
 
 
249 aa  70.1  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  37.14 
 
 
211 aa  69.7  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  34.46 
 
 
265 aa  69.3  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  27.23 
 
 
218 aa  68.9  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  30.46 
 
 
218 aa  68.9  0.00000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  34.91 
 
 
292 aa  68.9  0.00000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  34.78 
 
 
246 aa  68.6  0.00000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  34.78 
 
 
246 aa  68.6  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  33.58 
 
 
271 aa  68.6  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  34.36 
 
 
238 aa  68.2  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  33.73 
 
 
229 aa  67.4  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  34.16 
 
 
246 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  33.78 
 
 
261 aa  65.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  34.15 
 
 
223 aa  65.9  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  29.95 
 
 
222 aa  65.5  0.0000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  37.84 
 
 
292 aa  65.5  0.0000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  31.76 
 
 
227 aa  65.5  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  32.93 
 
 
260 aa  65.5  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  31 
 
 
232 aa  65.5  0.0000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  31.93 
 
 
247 aa  65.1  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  34.9 
 
 
251 aa  65.1  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0987  rhomboid-like protein  33.01 
 
 
211 aa  65.1  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.769886  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  34.78 
 
 
293 aa  65.1  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  33.51 
 
 
286 aa  65.1  0.0000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  33.17 
 
 
306 aa  64.7  0.0000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  38.76 
 
 
282 aa  64.7  0.0000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  33.94 
 
 
541 aa  64.3  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  30.05 
 
 
231 aa  64.3  0.000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0158  intramembrane serine protease GlpG  30.27 
 
 
278 aa  63.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>