184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0613 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0613  50S ribosomal protein L32  100 
 
 
60 aa  125  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000739879 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0634  50S ribosomal protein L32  95 
 
 
60 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.307696  normal  0.0979505 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3078  50S ribosomal protein L32  90 
 
 
60 aa  116  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3652  50S ribosomal protein L32  86.67 
 
 
60 aa  111  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5274  50S ribosomal protein L32  83.33 
 
 
60 aa  109  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1181  50S ribosomal protein L32  83.33 
 
 
60 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1387  50S ribosomal protein L32  83.33 
 
 
60 aa  108  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2635  50S ribosomal protein L32  81.67 
 
 
60 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3282  50S ribosomal protein L32  81.67 
 
 
60 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3254  ribosomal protein L32  83.33 
 
 
60 aa  108  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000244715  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1728  50S ribosomal protein L32  81.67 
 
 
60 aa  106  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0913  50S ribosomal protein L32  79.66 
 
 
59 aa  101  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0957314 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0396  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
59 aa  101  4e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1553  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
59 aa  100  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.198496  normal  0.0691397 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0826  ribosomal protein L32  77.97 
 
 
59 aa  100  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.784617  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0528  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
59 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2909  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
59 aa  99.8  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180854  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0978  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
59 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0979958 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2482  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
59 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.130811  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2800  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
59 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.223415  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2794  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
59 aa  99.8  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317349  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2855  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
59 aa  99.8  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1805  50S ribosomal protein L32  77.97 
 
 
59 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2267  50S ribosomal protein L32  76.27 
 
 
59 aa  98.2  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1715  50S ribosomal protein L32  76.27 
 
 
59 aa  98.6  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2432  50S ribosomal protein L32  76.27 
 
 
59 aa  98.2  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1048  50S ribosomal protein L32  76.27 
 
 
59 aa  97.8  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2185  50S ribosomal protein L32  76.27 
 
 
59 aa  97.8  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.409214  normal  0.0976531 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4231  50S ribosomal protein L32  74.58 
 
 
59 aa  97.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0358913  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2914  50S ribosomal protein L32  74.58 
 
 
59 aa  97.4  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161302  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1070  50S ribosomal protein L32  74.58 
 
 
59 aa  97.4  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.793355  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0639  50S ribosomal protein L32  74.58 
 
 
59 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0492807  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1119  50S ribosomal protein L32  74.58 
 
 
59 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0999  50S ribosomal protein L32  74.58 
 
 
59 aa  97.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.852349  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1077  50S ribosomal protein L32  74.58 
 
 
59 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.990769 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0403  50S ribosomal protein L32  74.58 
 
 
59 aa  97.4  7e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1509  50S ribosomal protein L32  72.88 
 
 
59 aa  97.1  7e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0171128  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0995  50S ribosomal protein L32  74.58 
 
 
59 aa  97.1  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2430  ribosomal protein L32  72.88 
 
 
59 aa  96.3  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0972633  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1070  50S ribosomal protein L32  74.58 
 
 
59 aa  95.9  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.772826  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2013  50S ribosomal protein L32  74.58 
 
 
59 aa  94.4  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1425  50S ribosomal protein L32  64.41 
 
 
59 aa  89.7  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.249628  normal  0.503054 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1913  50S ribosomal protein L32P  70.18 
 
 
62 aa  88.2  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25630  50S ribosomal protein L32  64.41 
 
 
60 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000532355  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2191  50S ribosomal protein L32  64.41 
 
 
60 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14890  50S ribosomal protein L32  64.41 
 
 
60 aa  85.1  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1522  50S ribosomal protein L32  66.1 
 
 
60 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.484698 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1911  50S ribosomal protein L32  66.1 
 
 
60 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.361385  unclonable  0.000000174861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4160  50S ribosomal protein L32  66.1 
 
 
60 aa  84.3  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.340521  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3803  50S ribosomal protein L32  66.1 
 
 
60 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1487  50S ribosomal protein L32  66.1 
 
 
60 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3835  ribosomal protein L32  64.41 
 
 
60 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.460634  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1644  50S ribosomal protein L32  64.41 
 
 
60 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.119469  normal  0.262777 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1625  50S ribosomal protein L32  64.41 
 
 
60 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.701038 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0868  50S ribosomal protein L32  58.33 
 
 
64 aa  81.6  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2005  50S ribosomal protein L32  61.4 
 
 
64 aa  80.9  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2780  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2400  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000318296  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2470  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000146933  hitchhiker  0.00550798 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2562  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000144666  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2297  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000139706  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1870  ribosomal protein L32  59.65 
 
 
59 aa  80.5  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.819487  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2652  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000778579  hitchhiker  0.0000333205 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1755  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000534053  normal  0.279951 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1712  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000329996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1715  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000625062  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1578  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000427195  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1237  50S ribosomal protein L32  61.02 
 
 
59 aa  80.1  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.409262  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1626  50S ribosomal protein L32  57.63 
 
 
60 aa  79  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.904867  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1495  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237731  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1984  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  79  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000709039  decreased coverage  0.000595562 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2628  ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  79  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000100434  hitchhiker  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1682  50S ribosomal protein L32  64.81 
 
 
55 aa  77.8  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000176962  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1574  50S ribosomal protein L32  64.81 
 
 
55 aa  77.8  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000166965  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3503  50S ribosomal protein L32  64.81 
 
 
55 aa  77.8  0.00000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000266571  hitchhiker  0.00520609 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2812  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  77.8  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.000000738596  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1669  ribosomal protein S32  54.24 
 
 
65 aa  77.8  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.545135  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2507  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
56 aa  77.8  0.00000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000163859  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2498  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  77  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000463288  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1583  50S ribosomal protein L32  59.26 
 
 
56 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000129748  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1902  50S ribosomal protein L32  62.96 
 
 
55 aa  76.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000663482  hitchhiker  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2237  50S ribosomal protein L32  61.11 
 
 
56 aa  76.6  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0287764  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1619  50S ribosomal protein L32  59.26 
 
 
56 aa  75.9  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000529201  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0708  50S ribosomal protein L32  52.63 
 
 
57 aa  75.5  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0117733  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1113  50S ribosomal protein L32  53.45 
 
 
64 aa  75.5  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1207  50S ribosomal protein L32  53.45 
 
 
64 aa  75.5  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0438  ribosomal protein L32  61.82 
 
 
56 aa  75.5  0.0000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1599  50S ribosomal protein L32  59.26 
 
 
56 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000342659  hitchhiker  0.00352794 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1603  ribosomal protein L32  53.33 
 
 
65 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0931242  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2038  ribosomal protein L32  59.26 
 
 
56 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000023625  normal  0.0132901 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1598  50S ribosomal protein L32P  61.11 
 
 
56 aa  74.3  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.208872  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002992  LSU ribosomal protein L32p  55.56 
 
 
56 aa  73.9  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000126442  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2126  ribosomal protein L32  55.56 
 
 
56 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.625409  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02912  50S ribosomal protein L32  55.56 
 
 
56 aa  73.9  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0600  50S ribosomal protein L32  57.89 
 
 
64 aa  73.9  0.0000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113317  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1585  50S ribosomal protein L32  57.89 
 
 
64 aa  73.9  0.0000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0810373  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1611  50S ribosomal protein L32  53.7 
 
 
56 aa  73.6  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000123515  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1604  50S ribosomal protein L32  61.82 
 
 
57 aa  71.6  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000354666  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02705  50S ribosomal protein L32  50 
 
 
62 aa  70.9  0.000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02335  50S ribosomal protein L32  53.7 
 
 
56 aa  70.5  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000084206  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>