267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0410 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0410  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  100 
 
 
149 aa  301  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.52921 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2042  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  76.67 
 
 
159 aa  236  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4584  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  66.9 
 
 
157 aa  205  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.782125  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1460  ribose-5-phosphate isomerase  66.67 
 
 
149 aa  190  6e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.293951 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1334  ribose-5-phosphate isomerase  63.45 
 
 
148 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.126498  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2572  ribose/galactose isomerase  59.31 
 
 
153 aa  173  7e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1815  ribose 5-phosphate isomerase  59.06 
 
 
164 aa  168  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12125  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1791  ribose 5-phosphate isomerase B  59.06 
 
 
164 aa  168  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0813  ribose 5-phosphate isomerase  59.06 
 
 
164 aa  168  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1104  ribose 5-phosphate isomerase  59.06 
 
 
164 aa  168  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0454  ribose 5-phosphate isomerase B  59.06 
 
 
164 aa  168  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0359  ribose 5-phosphate isomerase B  59.06 
 
 
164 aa  168  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2077  ribose 5-phosphate isomerase  59.06 
 
 
164 aa  168  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22120  Ribose 5-phosphate isomerase B protein  55.03 
 
 
157 aa  166  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1640  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  51.68 
 
 
152 aa  163  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000194465  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0357  ribose-5-phosphate isomerase  54.97 
 
 
166 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1922  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  54.05 
 
 
153 aa  154  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0652  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  53.12 
 
 
149 aa  150  5e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.867126  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0070  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  52.41 
 
 
149 aa  144  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.212167  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3289  ribose-5-phosphate isomerase B  49.32 
 
 
151 aa  144  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3422  ribose-5-phosphate isomerase B  49.32 
 
 
151 aa  144  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208549  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0952  ribose-5-phosphate isomerase B  49.32 
 
 
151 aa  144  5e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4652  ribose-5-phosphate isomerase B  57.04 
 
 
148 aa  142  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.278077 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4071  ribose 5-phosphate isomerase  48.32 
 
 
156 aa  142  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204632  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2149  ribose-5-phosphate isomerase B  54.93 
 
 
145 aa  141  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2463  ribose-5-phosphate isomerase B  46.31 
 
 
149 aa  138  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2173  ribose-5-phosphate isomerase B  46.31 
 
 
149 aa  138  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0388966  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32090  ribose 5-phosphate isomerase  52.55 
 
 
153 aa  136  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.124709  normal  0.300701 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2561  ribose 5-phosphate isomerase  46.31 
 
 
159 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2606  ribose 5-phosphate isomerase  46.31 
 
 
159 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2600  ribose 5-phosphate isomerase  46.31 
 
 
159 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1263  ribose-5-phosphate isomerase  49.32 
 
 
152 aa  134  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0885  ribose 5-phosphate isomerase  48.98 
 
 
163 aa  134  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0405085  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0983  ribose-5-phosphate isomerase B  49.66 
 
 
152 aa  133  7.000000000000001e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2150  ribose-5-phosphate isomerase B  51.56 
 
 
152 aa  132  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0747  ribose-5-phosphate isomerase B  47.59 
 
 
152 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17930  ribose-5-phosphate isomerase  46.21 
 
 
322 aa  130  5e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2148  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  46.58 
 
 
152 aa  130  7.999999999999999e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1359  ribose-5-phosphate isomerase  47.66 
 
 
158 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.632474  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08060  conserved hypothetical protein  48.65 
 
 
169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2597  ribose-5-phosphate isomerase  47.29 
 
 
149 aa  127  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0696545  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0632  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  48.57 
 
 
148 aa  127  7.000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1918  ribose 5-phosphate isomerase  47.3 
 
 
167 aa  126  9.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0809  ribose 5-phosphate isomerase B  42.76 
 
 
148 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4226  ribose 5-phosphate isomerase  47.3 
 
 
167 aa  126  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.245693  normal  0.688481 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0881  ribose 5-phosphate isomerase  47.3 
 
 
165 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.729816  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3103  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.45 
 
 
151 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00677478  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0488  ribose-5-phosphate isomerase B  42.18 
 
 
149 aa  125  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.136003  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4178  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  47.66 
 
 
149 aa  124  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811694  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1548  ribose 5-phosphate isomerase  45.64 
 
 
152 aa  124  6e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.672639  normal  0.270598 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1604  ribose-5-phosphate isomerase  42.18 
 
 
148 aa  123  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0025055  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0621  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.26 
 
 
152 aa  123  9e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2692  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.5 
 
 
157 aa  122  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0651624  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3427  ribose-5-phosphate isomerase B  43.15 
 
 
149 aa  122  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0369  ribose 5-phosphate isomerase B  42.18 
 
 
148 aa  122  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0259  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.53 
 
 
149 aa  122  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000129497  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1159  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.45 
 
 
151 aa  122  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.832991 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0098  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  42.18 
 
 
148 aa  122  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2392  ribose-5-phosphate isomerase  44.59 
 
 
181 aa  121  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.73759  normal  0.0712618 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4221  ribose 5-phosphate isomerase  46.26 
 
 
158 aa  120  5e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4828  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.07 
 
 
149 aa  120  5e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000305549  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3163  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.1 
 
 
152 aa  120  5e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000204659  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1880  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.22 
 
 
149 aa  120  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0757  ribose-5-phosphate isomerase B  42.22 
 
 
148 aa  120  7e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2385  ribose 5-phosphate isomerase B  44.44 
 
 
149 aa  119  9.999999999999999e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000941182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4556  ribose-5-phosphate isomerase B  44.83 
 
 
149 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2450  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.15 
 
 
149 aa  119  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.618106 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0412  ribose 5-phosphate isomerase  43.14 
 
 
163 aa  119  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3952  ribose-5-phosphate isomerase  43.42 
 
 
163 aa  119  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1376  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.43 
 
 
146 aa  119  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03962  ribose-5-phosphate isomerase B  44.14 
 
 
149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3901  ribose 5-phosphate isomerase B  44.14 
 
 
149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1606  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  42.07 
 
 
148 aa  118  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.350324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3936  ribose-5-phosphate isomerase B  44.14 
 
 
149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03922  hypothetical protein  44.14 
 
 
149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2515  ribose-5-phosphate isomerase B  42.96 
 
 
148 aa  118  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499695  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0185  ribose 5-phosphate isomerase  47.26 
 
 
171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000979367 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3746  ribose-5-phosphate isomerase B  43.75 
 
 
148 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.307071  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05907  conserved hypothetical protein  43.24 
 
 
157 aa  117  6e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0790  ribose 5-phosphate isomerase B  44.59 
 
 
145 aa  117  6e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3131  ribose-5-phosphate isomerase B  41.1 
 
 
148 aa  116  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00448812 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28680  ribose 5-phosphate isomerase  45.33 
 
 
152 aa  116  9e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.786447  normal  0.033398 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03270  ribose-5-phosphate isomerase  42.76 
 
 
158 aa  116  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000645996  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3315  ribose-5-phosphate isomerase B  40.41 
 
 
148 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.16807  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2209  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.41 
 
 
143 aa  116  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.922372  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5329  ribose-5-phosphate isomerase B  47.01 
 
 
151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.594587 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0942  uracil phosphoribosyltransferase  43.36 
 
 
370 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57049  Ribose-5-phosphate isomerase B (Phosphoriboisomerase B) (LACB) (RPIB)  43.07 
 
 
156 aa  114  3.9999999999999997e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.392593  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1441  ribose 5-phosphate isomerase B  38.89 
 
 
151 aa  114  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2482  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.86 
 
 
163 aa  114  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1747  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  43.75 
 
 
148 aa  114  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0569698  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2026  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.72 
 
 
161 aa  114  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.359244  normal  0.295669 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1505  ribose 5-phosphate isomerase  43.88 
 
 
156 aa  113  7.999999999999999e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.562135  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1117  ribose-5-phosphate isomerase B  41.09 
 
 
150 aa  112  1.0000000000000001e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0859  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.78 
 
 
147 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.43121  normal  0.347651 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4630  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  46.9 
 
 
147 aa  113  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.136383 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1794  galactose-6-phosphate isomerase subunit LacB  38.96 
 
 
171 aa  112  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.623849  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0792  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.38 
 
 
150 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0447104  normal  0.0700549 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2905  ribose-5-phosphate isomerase B  44.44 
 
 
152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2648  ribose 5-phosphate isomerase  44.2 
 
 
160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>