144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0357 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 101 aa  200  5e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  54.17 
 
 		 100 aa  103  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  50.53 
 
 		 99 aa  96.7  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  47.47 
 
 		 103 aa  83.2  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  41.41 
 
 		 102 aa  78.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  44.44 
 
 		 116 aa  77.4  0.00000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 		 96 aa  76.3  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  42.53 
 
 		 98 aa  72.4  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  38.95 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  45.98 
 
 		 100 aa  68.2  0.00000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  38.24 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  39.18 
 
 		 99 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4407  DNA polymerase beta domain protein region  35.71 
 
 		 112 aa  66.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.622454  hitchhiker  0.00236557 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  37.23 
 
 		 98 aa  64.3  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  40.45 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  44.58 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  36.26 
 
 		 102 aa  62.8  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4345  DNA polymerase beta domain protein region  35.42 
 
 		 112 aa  62.8  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5352  DNA polymerase, beta-like region  50.67 
 
 		 98 aa  62.8  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  36.26 
 
 		 102 aa  62.8  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  46.84 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  45.78 
 
 		 109 aa  60.5  0.000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  37.37 
 
 		 112 aa  60.1  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2288  DNA polymerase, beta-like region  52.17 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  40.96 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2148  DNA polymerase beta domain protein region  56.52 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1408  DNA polymerase beta subunit  56.52 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  34.94 
 
 		 110 aa  58.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  35.24 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3484  DNA polymerase beta domain protein region  35.79 
 
 		 115 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.628631 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  38.2 
 
 		 98 aa  58.2  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  42.22 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0033  hypothetical protein  35.92 
 
 		 110 aa  57.8  0.00000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0854  DNA polymerase beta subunit  35.79 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  38.64 
 
 		 131 aa  57  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  38.38 
 
 		 104 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  32.29 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  35.48 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  32.29 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 98 aa  55.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  36.05 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  43.42 
 
 		 254 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  41.33 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  39.76 
 
 		 93 aa  54.3  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  34.91 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0929  DNA polymerase beta domain protein region  32.5 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.887181  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  35.37 
 
 		 109 aa  53.9  0.0000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  34.91 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  37.35 
 
 		 103 aa  53.5  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  36.46 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  35.05 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1102  hypothetical protein  33.33 
 
 		 100 aa  53.1  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.836571  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  43.24 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2192  DNA polymerase, beta-like region  38.38 
 
 		 110 aa  52  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.479342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  32.32 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  44.3 
 
 		 100 aa  52.4  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3743  DNA polymerase beta domain protein region  37.35 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  36.71 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1812  DNA polymerase beta subunit  49.28 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.337517  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  32.14 
 
 		 102 aa  50.8  0.000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  28.42 
 
 		 97 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0028  nucleotidyltransferase family protein  42.25 
 
 		 96 aa  50.8  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.422617  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  43.37 
 
 		 169 aa  50.8  0.000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2793  DNA polymerase, beta-like region  30.67 
 
 		 270 aa  50.1  0.000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 96 aa  50.1  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  32.63 
 
 		 97 aa  50.4  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  28.75 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  35.44 
 
 		 103 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  39.19 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  39.19 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1475  DNA polymerase beta domain protein region  31.96 
 
 		 129 aa  48.9  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125283  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  37.33 
 
 		 115 aa  48.9  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  46.43 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0862  DNA polymerase beta domain protein region  33.75 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000634599  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  34.52 
 
 		 115 aa  48.5  0.00003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0369  DNA polymerase beta subunit  34.57 
 
 		 105 aa  48.5  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.832865  normal  0.194305 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4370  DNA polymerase beta domain protein region  32.98 
 
 		 132 aa  48.9  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.541368 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3539  DNA polymerase, beta-like region  36.49 
 
 		 104 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.418484  normal  0.469828 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1188  DNA polymerase beta domain protein region  30.53 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  40.79 
 
 		 102 aa  47.8  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  34.74 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  30.53 
 
 		 97 aa  46.2  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  33.68 
 
 		 105 aa  47  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2615  hypothetical protein  33.33 
 
 		 109 aa  46.2  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.111377 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2452  DNA polymerase, beta-like region  43.48 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219498  normal  0.98292 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  29.11 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2529  DNA polymerase beta subunit  38.46 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2532  DNA polymerase beta subunit  38.46 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0127103 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  33.71 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3654  hypothetical protein  42.19 
 
 		 137 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.544333  normal  0.731043 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3538  DNA polymerase beta subunit  34.57 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  39.02 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  36.49 
 
 		 93 aa  45.8  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  31.58 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  33.75 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  35.21 
 
 		 86 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3907  DNA polymerase beta domain protein region  27.84 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>