More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0260 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  608  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 302 aa  404  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  62.75 
 
 		 300 aa  392  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 		 305 aa  347  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 302 aa  228  7e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.75 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.75 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 308 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 335 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  201  8e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  201  8e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.56 
 
 		 304 aa  199  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5323  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 313 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  37.24 
 
 		 312 aa  198  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 312 aa  199  7e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 304 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 294 aa  195  8.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 292 aa  195  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 322 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 297 aa  193  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 306 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 302 aa  193  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 298 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.54 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 291 aa  190  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.46 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.73 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 319 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.21 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0721  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 326 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15311  normal  0.129513 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.47 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.23 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 289 aa  186  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  186  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 295 aa  185  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 300 aa  186  6e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2674  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 294 aa  185  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 293 aa  185  7e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>