274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0239 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0239  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  100 
 
 
221 aa  431  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000372034 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3823  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  54.27 
 
 
248 aa  226  3e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0478  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  52.92 
 
 
250 aa  219  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3353  hypothetical protein  68.59 
 
 
165 aa  203  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4348  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  67.3 
 
 
167 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3755  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  65.41 
 
 
162 aa  198  7e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.445295  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3036  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  65.41 
 
 
162 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.784305  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  51.82 
 
 
251 aa  195  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4709  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  64.94 
 
 
162 aa  192  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5963  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  62.89 
 
 
167 aa  188  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851834  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0515  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  65.41 
 
 
183 aa  177  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0151737  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  53.46 
 
 
174 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0312  ybaK/ebsC protein  55.13 
 
 
168 aa  159  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6310  YbaK/prolyl-tRNA synthetase like protein  55.19 
 
 
178 aa  158  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4271  hypothetical protein  53.95 
 
 
173 aa  158  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  51.57 
 
 
166 aa  157  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.615211 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0119  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  50.94 
 
 
165 aa  156  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0263477  normal  0.895889 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0113  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  50.31 
 
 
166 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0164  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  54.11 
 
 
177 aa  154  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0260  hypothetical protein  50.62 
 
 
170 aa  154  9e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.393792  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0439  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  54.42 
 
 
173 aa  154  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2871  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  52.12 
 
 
168 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.806354 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3008  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  52.12 
 
 
168 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2346  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  54.55 
 
 
168 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.654281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2960  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  54.55 
 
 
168 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.333843  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2956  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  54.19 
 
 
186 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2981  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  53.25 
 
 
168 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0365  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  55.21 
 
 
168 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.257011  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0351  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  55.21 
 
 
168 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0542  YbaK  55.21 
 
 
168 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2103  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  49.67 
 
 
162 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0899  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  52.85 
 
 
159 aa  119  3.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.0622589 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1128  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  52.27 
 
 
171 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0132  hypothetical protein  42 
 
 
163 aa  115  6e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0104828  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4036  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.65 
 
 
157 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2267  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.88 
 
 
164 aa  111  9e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1948  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.88 
 
 
164 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.93 
 
 
157 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.293972 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3288  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.67 
 
 
171 aa  103  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.545646  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.75 
 
 
156 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0466  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.51 
 
 
161 aa  100  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0335  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  47.2 
 
 
179 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1085  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.95 
 
 
156 aa  99  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549575  normal  0.623035 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1407  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.38 
 
 
167 aa  95.9  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3080  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  48.31 
 
 
157 aa  95.9  5e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304757  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3021  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44 
 
 
155 aa  94.7  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00107771  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5549  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.77 
 
 
159 aa  94.7  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.837846 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2512  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  48.67 
 
 
156 aa  92.4  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0327  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.14 
 
 
160 aa  92  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  47.79 
 
 
163 aa  92  6e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3470  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.7 
 
 
162 aa  90.1  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.116245  hitchhiker  0.00805861 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2447  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  49.22 
 
 
166 aa  89.4  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.106663  hitchhiker  0.000551583 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1048  hypothetical protein  43.87 
 
 
168 aa  89  5e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2174  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.46 
 
 
157 aa  86.3  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000343666 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1918  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.35 
 
 
158 aa  85.5  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0942433  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1347  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.79 
 
 
158 aa  85.5  6e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.949799  hitchhiker  0.00364047 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0764  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  47.75 
 
 
155 aa  85.5  6e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0345429  normal  0.0109204 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2791  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.56 
 
 
159 aa  85.1  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3926  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46 
 
 
163 aa  84.7  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3243  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.7 
 
 
162 aa  84.3  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156466  normal  0.0643244 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1299  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.67 
 
 
156 aa  84  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154481  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2642  hypothetical protein  45.67 
 
 
156 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0248057  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3551  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.19 
 
 
201 aa  82.4  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0146665  normal  0.0164615 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2044  YbaK/EbsC family protein  36.49 
 
 
156 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3482  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.15 
 
 
158 aa  79.7  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0441  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.02 
 
 
154 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0509  hypothetical protein  60 
 
 
55 aa  74.3  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903284  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0664  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.91 
 
 
155 aa  73.2  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0491998  hitchhiker  0.00288999 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2115  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.38 
 
 
160 aa  69.7  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.303981  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0548  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.4 
 
 
163 aa  68.2  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1624  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.64 
 
 
153 aa  66.6  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5318  protein of unknown function DUF1289  60 
 
 
76 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.48 
 
 
156 aa  66.2  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3616  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.17 
 
 
152 aa  65.9  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0163  hypothetical protein  52.46 
 
 
82 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1212  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.66 
 
 
151 aa  65.5  0.0000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0760914  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1868  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.05 
 
 
158 aa  65.5  0.0000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.11023 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0112  protein of unknown function DUF1289  63.83 
 
 
88 aa  65.1  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0156  hypothetical protein  57.41 
 
 
80 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0259  hypothetical protein  57.45 
 
 
88 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286682  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1376  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  26.92 
 
 
154 aa  63.5  0.000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2180  hypothetical protein  50 
 
 
78 aa  63.5  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.351139  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3822  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.41 
 
 
159 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.808721  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3961  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.97 
 
 
155 aa  62.8  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0119  protein of unknown function DUF1289  61.7 
 
 
88 aa  62.8  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.421597 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4290  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.43 
 
 
152 aa  62.4  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000309077  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2233  hypothetical protein  51.85 
 
 
61 aa  61.6  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0963736  normal  0.163995 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0438  protein of unknown function DUF1289  50 
 
 
79 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0821  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.33 
 
 
151 aa  60.8  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.811085  hitchhiker  0.0000000171458 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4380  hypothetical protein  56 
 
 
70 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109676  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6311  hypothetical protein  58.33 
 
 
70 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0966  hypothetical protein  50 
 
 
78 aa  59.7  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0561  hypothetical protein  33.1 
 
 
152 aa  59.3  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.155042  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0120  hypothetical protein  49.32 
 
 
84 aa  59.7  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0817335  normal  0.60667 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2872  hypothetical protein  58.33 
 
 
68 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2912  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.3 
 
 
155 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.14862  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3009  hypothetical protein  58.33 
 
 
68 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1057  hypothetical protein  56.25 
 
 
79 aa  59.3  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.350668  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1063  protein of unknown function DUF1289  46.67 
 
 
78 aa  59.3  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.336879  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0869  protein of unknown function DUF1289  55.56 
 
 
70 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.293603  normal  0.224383 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>