More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0165 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 200 aa  415  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  74.87 
 
 		 208 aa  314  6e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  59.28 
 
 		 213 aa  258  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  61.08 
 
 		 218 aa  252  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  61.78 
 
 		 212 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  59.56 
 
 		 220 aa  245  4e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 198 aa  217  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  55.43 
 
 		 201 aa  215  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  55.43 
 
 		 197 aa  215  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  54.89 
 
 		 209 aa  214  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 197 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  54.49 
 
 		 230 aa  206  1e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  45.5 
 
 		 227 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 234 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 219 aa  178  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 219 aa  178  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 219 aa  178  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  44.97 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  45.74 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  43.88 
 
 		 215 aa  173  9.999999999999999e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  44.79 
 
 		 225 aa  173  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 222 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  43.92 
 
 		 217 aa  171  9e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 219 aa  168  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 201 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 222 aa  165  5e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  43.09 
 
 		 232 aa  162  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  42.02 
 
 		 233 aa  161  7e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  42.86 
 
 		 215 aa  161  7e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  43.32 
 
 		 201 aa  160  9e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  42.47 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 210 aa  149  3e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  37.36 
 
 		 198 aa  139  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 182 aa  111  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  33.15 
 
 		 187 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 		 190 aa  109  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 190 aa  107  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 187 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  33.52 
 
 		 190 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  35.76 
 
 		 173 aa  105  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  35.4 
 
 		 173 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  35.15 
 
 		 173 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  35.15 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  35.15 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  92.8  3e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 187 aa  90.1  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 187 aa  89  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  88.6  5e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 187 aa  87.8  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  31.91 
 
 		 192 aa  87  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  34.44 
 
 		 196 aa  86.3  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  29.12 
 
 		 184 aa  86.3  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 192 aa  84  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.81 
 
 		 189 aa  84  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 193 aa  84.3  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 		 186 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  31.95 
 
 		 197 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 196 aa  82  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 198 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  28.9 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 204 aa  80.1  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  31.29 
 
 		 192 aa  79.7  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  30.6 
 
 		 197 aa  79  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  30.72 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  27.17 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  26.59 
 
 		 188 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  29.83 
 
 		 181 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  28.24 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  28.07 
 
 		 188 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  29.73 
 
 		 186 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 192 aa  75.5  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  30.06 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  30.06 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  30.06 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 194 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  30.06 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  30.06 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 182 aa  74.3  0.000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  30.06 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  30.06 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  28.33 
 
 		 183 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  28.07 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1468  transcriptional regulator, XRE family  29.28 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0100935  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 179 aa  73.2  0.000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  30.59 
 
 		 197 aa  72.8  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 		 194 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 193 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  28.07 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 199 aa  72.4  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  28.72 
 
 		 192 aa  71.6  0.000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>