More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0129 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0129  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 297 aa  603  1.0000000000000001e-171  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0648318 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  64.97 
 
 		 299 aa  367  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3245  diaminopimelate epimerase  63.33 
 
 		 296 aa  358  6e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  63.61 
 
 		 315 aa  357  9e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  64.19 
 
 		 295 aa  356  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  63.95 
 
 		 292 aa  356  2.9999999999999997e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  64.53 
 
 		 294 aa  354  1e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3444  diaminopimelate epimerase  61.77 
 
 		 291 aa  343  2e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  61.3 
 
 		 286 aa  335  5e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  62.24 
 
 		 292 aa  332  4e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  57.91 
 
 		 292 aa  325  4.0000000000000003e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  57.91 
 
 		 292 aa  324  9e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  56.9 
 
 		 299 aa  318  9e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  56.7 
 
 		 276 aa  316  3e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  56.8 
 
 		 287 aa  316  3e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6435  diaminopimelate epimerase  57.09 
 
 		 289 aa  315  5e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  57 
 
 		 288 aa  314  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  57.29 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  57.29 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  58.42 
 
 		 277 aa  312  3.9999999999999997e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  56.76 
 
 		 289 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  56.85 
 
 		 286 aa  310  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  56.27 
 
 		 289 aa  310  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  56.61 
 
 		 309 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  54.95 
 
 		 290 aa  305  4.0000000000000004e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3260  diaminopimelate epimerase  56.08 
 
 		 289 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2922  diaminopimelate epimerase  56.08 
 
 		 289 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.513817  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2167  diaminopimelate epimerase  56.08 
 
 		 289 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  55.22 
 
 		 387 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0209  diaminopimelate epimerase  56.08 
 
 		 289 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0197  diaminopimelate epimerase  56.42 
 
 		 289 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.925339  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3426  diaminopimelate epimerase  56.08 
 
 		 289 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  56.23 
 
 		 288 aa  305  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  54.95 
 
 		 278 aa  301  1e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0137  diaminopimelate epimerase  56.9 
 
 		 292 aa  300  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2994  diaminopimelate epimerase  55.9 
 
 		 282 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0384566 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1723  Diaminopimelate epimerase  54.67 
 
 		 284 aa  299  4e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.714915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2006  diaminopimelate epimerase  54.67 
 
 		 284 aa  296  4e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2526  diaminopimelate epimerase  57.24 
 
 		 288 aa  292  5e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  54.45 
 
 		 277 aa  290  1e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  52.07 
 
 		 308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  51.89 
 
 		 277 aa  283  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  51.03 
 
 		 281 aa  276  4e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  51.88 
 
 		 279 aa  272  5.000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0316  diaminopimelate epimerase  52.23 
 
 		 276 aa  270  2e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 275 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1200  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 287 aa  267  2e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0570214  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 275 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 275 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 275 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 275 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  51.03 
 
 		 297 aa  265  5.999999999999999e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 276 aa  265  7e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 293 aa  265  7e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  51.03 
 
 		 288 aa  265  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  49.83 
 
 		 275 aa  263  2e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  48.96 
 
 		 283 aa  263  3e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  52.56 
 
 		 276 aa  263  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  49.13 
 
 		 275 aa  262  6e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 274 aa  260  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  49.48 
 
 		 275 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  49.48 
 
 		 275 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5289  diaminopimelate epimerase  53.92 
 
 		 276 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  46.53 
 
 		 276 aa  259  4e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  46.53 
 
 		 276 aa  259  4e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  49.13 
 
 		 274 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  49.13 
 
 		 274 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  49.13 
 
 		 274 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  49.13 
 
 		 274 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  49.13 
 
 		 274 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  49.48 
 
 		 274 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  49.48 
 
 		 274 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5228  diaminopimelate epimerase  53.58 
 
 		 287 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  49.48 
 
 		 274 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  49.48 
 
 		 274 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  49.48 
 
 		 274 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  49.48 
 
 		 274 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  49.48 
 
 		 274 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  49.48 
 
 		 274 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6021  diaminopimelate epimerase  51.55 
 
 		 276 aa  259  6e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.449975  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69690  diaminopimelate epimerase  51.55 
 
 		 276 aa  259  6e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0119345  normal  0.292475 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  48.79 
 
 		 274 aa  257  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  49.83 
 
 		 295 aa  257  2e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  48.43 
 
 		 278 aa  256  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  49.83 
 
 		 295 aa  255  6e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  48.79 
 
 		 276 aa  255  7e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5137  diaminopimelate epimerase  51.89 
 
 		 276 aa  254  8e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.91439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  50.85 
 
 		 278 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47710  diaminopimelate epimerase  52.23 
 
 		 276 aa  254  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2542  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 277 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0244  diaminopimelate epimerase  52.9 
 
 		 276 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0867905  normal  0.652879 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  47.75 
 
 		 274 aa  253  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  47.04 
 
 		 279 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  48.44 
 
 		 274 aa  251  8.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0183  diaminopimelate epimerase  49.83 
 
 		 276 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0224  diaminopimelate epimerase  49.48 
 
 		 276 aa  250  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5499  diaminopimelate epimerase  50.52 
 
 		 276 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00309  diaminopimelate epimerase  49.83 
 
 		 276 aa  250  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1610  diaminopimelate epimerase  46.37 
 
 		 274 aa  250  2e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002111  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 276 aa  249  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>