More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0109 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0109  histidine kinase  100 
 
 
461 aa  924    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000786251 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2520  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 
497 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.269832  normal  0.064704 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2342  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
497 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2789  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.03 
 
 
498 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.439829  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3420  sensor histidine kinase  34.3 
 
 
497 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.74408  normal  0.373896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2003  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.15 
 
 
497 aa  241  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2790  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 
486 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.350218  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3421  sensor histidine kinase  34.19 
 
 
483 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.73861 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2341  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 
483 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2519  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
486 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392146  normal  0.0436072 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2000  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 
482 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.141075 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29010  periplasmic sensory histidine protein kinase, two-component  33.85 
 
 
423 aa  149  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0437  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
412 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.148474  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0201  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.41 
 
 
408 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0505  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
498 aa  136  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1662  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 
396 aa  133  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2551  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 
396 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.14529e-19 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2932  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
394 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000651793  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.54 
 
 
598 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1119  sensor histidine kinase/response regulator  31.78 
 
 
420 aa  131  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2454  histidine kinase  36.44 
 
 
367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000691569  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  32.77 
 
 
369 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0233  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.2 
 
 
553 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.446176  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0531  sensory histidine kinase AtoS  34.38 
 
 
611 aa  127  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2270  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
661 aa  127  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0631  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.99 
 
 
588 aa  126  7e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3601  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.54 
 
 
399 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3074  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
378 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 
586 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  34.33 
 
 
673 aa  124  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1094  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
364 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1953  histidine kinase  32.92 
 
 
661 aa  123  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1733  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.42 
 
 
594 aa  123  7e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.756975 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
372 aa  123  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3392  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
662 aa  123  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000136214  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2038  histidine kinase  30.71 
 
 
552 aa  123  9e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1016  sensor protein ZraS  36.23 
 
 
450 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0625472  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2677  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.49 
 
 
395 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.971959  normal  0.344308 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0828  sensory histidine kinase AtoS  34.2 
 
 
613 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.167481 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0714  C4-dicarboxylate transport sensor protein ATPase subunit  30.96 
 
 
594 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 
491 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1138  histidine kinase  36.36 
 
 
234 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0854  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.78 
 
 
490 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 
540 aa  122  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.948735  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2916  sensor histidine kinase  35.19 
 
 
487 aa  121  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.691073  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1846  histidine kinase  35.44 
 
 
501 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.390703 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1952  histidine kinase  35.02 
 
 
560 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0282  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
494 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0554  histidine kinase  33.86 
 
 
499 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1885  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 
502 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0302487  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1970  histidine kinase  34.98 
 
 
502 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1384  sensory histidine kinase AtoS  34.26 
 
 
617 aa  120  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1700  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 
591 aa  120  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2057  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.06 
 
 
747 aa  120  7e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376311  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1972  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.06 
 
 
747 aa  120  7e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.466348  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3681  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 
713 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0360535  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1012  sensory histidine kinase AtoS  31.22 
 
 
611 aa  119  9e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0763097 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 
630 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.449456  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1993  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.57 
 
 
457 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.61631  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1487  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.77 
 
 
491 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.470629  normal  0.424816 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2017  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.2 
 
 
422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2159  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 
498 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  29.86 
 
 
358 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0267  histidine kinase  33.2 
 
 
517 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0229879 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3826  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
492 aa  119  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.873199  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2584  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
654 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1033  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.95 
 
 
581 aa  119  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.487661 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0775  sensor histidine kinase  34.2 
 
 
674 aa  118  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1422  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 
655 aa  118  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957952  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4084  histidine kinase  34.78 
 
 
705 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2908  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.41 
 
 
604 aa  118  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.293686  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.76 
 
 
544 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0471  sensor histidine kinase  31.95 
 
 
419 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.328588  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1440  histidine kinase  23.34 
 
 
427 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.7 
 
 
673 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03880  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with ZraR  30.9 
 
 
458 aa  117  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0731183  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3990  histidine kinase  30.47 
 
 
465 aa  117  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4452  sensor protein ZraS  30.47 
 
 
458 aa  117  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.260374  hitchhiker  0.000970682 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1029  two-component sensor CbrA  33.47 
 
 
986 aa  116  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.211087  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2808  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.52 
 
 
595 aa  117  6e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.277541  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0172  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
565 aa  117  6e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3018  Signal transduction histidine kinase, NtrY  32.05 
 
 
712 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4506  sensor protein ZraS  34.55 
 
 
465 aa  116  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0449014 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0126  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
705 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4384  sensor protein ZraS  34.55 
 
 
465 aa  116  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.528671 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1396  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.2 
 
 
547 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4580  sensor protein ZraS  34.09 
 
 
465 aa  116  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.910728 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1867  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.9 
 
 
586 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
738 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1993  two component sensor histidine kinase  35.74 
 
 
366 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4825  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 
582 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.924426 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1907  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.66 
 
 
747 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4237  sensor protein ZraS  30.04 
 
 
458 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.355168  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1650  histidine kinase  30.45 
 
 
612 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0420  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
458 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00956949  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2821  sensory box histidine kinase  32.02 
 
 
604 aa  116  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4022  sensor protein ZraS  30.47 
 
 
458 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.425845  normal  0.0216302 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3376  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 
691 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4547  sensor protein ZraS  30.04 
 
 
458 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00542205  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3741  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
367 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.49679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>