17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0084 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0084  restriction endonuclease  100 
 
 		 196 aa  388  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00892855 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1543  hypothetical protein  43.78 
 
 		 192 aa  145  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3831  restriction endonuclease  46.56 
 
 		 222 aa  144  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.504665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1845  restriction endonuclease  42.47 
 
 		 190 aa  142  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.261975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2804  restriction endonuclease  45.71 
 
 		 189 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3481  restriction endonuclease  45.71 
 
 		 189 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  28.06 
 
 		 271 aa  71.6  0.000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  23.27 
 
 		 252 aa  57.8  0.00000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3899  restriction endonuclease  27.4 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.146985  normal  0.0281314 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  25.69 
 
 		 355 aa  53.5  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0116  restriction endonuclease  23.53 
 
 		 262 aa  49.7  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  26.43 
 
 		 287 aa  48.5  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  28.16 
 
 		 285 aa  46.2  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  27.34 
 
 		 230 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  27.12 
 
 		 310 aa  44.3  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2388  restriction endonuclease  24.06 
 
 		 327 aa  42  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2769  restriction endonuclease, putative  24.06 
 
 		 440 aa  41.6  0.008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>