79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0063 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0063  putative cytochrome c  100 
 
 		 261 aa  525  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2761  putative diheme cytochrome C  57.58 
 
 		 258 aa  273  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7671  putative diheme cytochrome c; sulfur oxidizing protein SoxA  60.61 
 
 		 258 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1154  putative cytochrome c  48.25 
 
 		 261 aa  255  4e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.689886  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6959  putative diheme cytochrome c; sulfur oxidizing protein SoxA  58.44 
 
 		 262 aa  248  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0338469 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4159  putative sulfur oxidation protein (SoxA); cytochrome c precursor  45.76 
 
 		 288 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3674  putative sulfur oxidation protein (SoxA)  39.91 
 
 		 274 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3915  secreted protein-like protein  34.14 
 
 		 285 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.536069 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3714  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  34.03 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.873772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1906  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  34.03 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.556317  normal  0.0839186 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2804  diheme cytochrome c  32.75 
 
 		 284 aa  142  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.244051 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4153  diheme cytochrome c SoxA  34.25 
 
 		 290 aa  138  7.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0514  hypothetical protein  27.62 
 
 		 268 aa  112  5e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000430045  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0694  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  28.93 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3673  sulfur oxidation protein  28.82 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0143  sulfur oxidation protein  29.44 
 
 		 286 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3256  hypothetical protein  29.52 
 
 		 270 aa  95.1  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3454  hypothetical protein  29.14 
 
 		 273 aa  95.1  9e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3126  hypothetical protein  29.14 
 
 		 273 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0814  sulfur oxidation protein SoxA  30.99 
 
 		 285 aa  93.6  3e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00022188  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3046  hypothetical protein  32.29 
 
 		 296 aa  92.8  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0564  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  29.57 
 
 		 281 aa  91.7  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000710636  normal  0.452243 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4256  hypothetical protein  26.24 
 
 		 272 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.430021  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1522  hypothetical protein  27.92 
 
 		 276 aa  85.9  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.56386 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1925  sulfur oxidation protein SoxA  26.89 
 
 		 285 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1908  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  26.29 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000720789  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0857  hypothetical protein  30.17 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.798826  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4961  hypothetical protein  28.1 
 
 		 273 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379362  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0601  sulfur oxidation protein SoxA  26.76 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0517322  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3252  hypothetical protein  27.75 
 
 		 275 aa  79  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1034  hypothetical protein  25.56 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.53712  normal  0.936486 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3449  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  27.8 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3130  hypothetical protein  27.63 
 
 		 271 aa  77.8  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0237199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0855  hypothetical protein  27.5 
 
 		 280 aa  77  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.102489  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3420  hypothetical protein  26.87 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0918  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  28.37 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.222213  normal  0.890143 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4372  hypothetical protein  26.67 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.692073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0313  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  25 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450378  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0853  hypothetical protein  28 
 
 		 277 aa  75.1  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00963426  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0805  hypothetical protein  25.55 
 
 		 270 aa  74.3  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2863  hypothetical protein  26.55 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2281  hypothetical protein  28.95 
 
 		 271 aa  72  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.870849  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2627  hypothetical protein  28.22 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1948  hypothetical protein  27.43 
 
 		 484 aa  70.5  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1670  hypothetical protein  28.51 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3780  hypothetical protein  27.83 
 
 		 269 aa  69.3  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1594  hypothetical protein  28.07 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0731663  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2434  hypothetical protein  26.05 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0432  hypothetical protein  27.39 
 
 		 284 aa  65.1  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2859  hypothetical protein  23.48 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3453  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  24 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0327  cytochrome c class I  26.29 
 
 		 269 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5347  putative cytochrome c  24.71 
 
 		 272 aa  54.7  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.118303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1278  cytochrome c, class I  27.72 
 
 		 407 aa  52.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0536255  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  28.69 
 
 		 669 aa  51.6  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0263  diheme cytochrome SoxA  25.47 
 
 		 256 aa  50.1  0.00004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000154217  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2583  cytochrome c class I  28.19 
 
 		 407 aa  49.3  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.333903  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2490  cytochrome c class I  27.56 
 
 		 343 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103358 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  25.81 
 
 		 329 aa  45.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  30.68 
 
 		 317 aa  44.7  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4047  cytochrome c family protein  30.23 
 
 		 351 aa  44.3  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  27.54 
 
 		 773 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  31.65 
 
 		 352 aa  44.3  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  29.01 
 
 		 675 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0408  cytochrome c, class I  34.57 
 
 		 313 aa  43.9  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.74 
 
 		 689 aa  43.5  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  25.73 
 
 		 708 aa  42.7  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0520  cytochrome c, class I  30.49 
 
 		 351 aa  43.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  29.27 
 
 		 728 aa  42.7  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3606  cytochrome c family protein  30.49 
 
 		 352 aa  42.7  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  32.09 
 
 		 226 aa  42.7  0.006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0524  cytochrome c, class I  31.76 
 
 		 353 aa  42.7  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  25 
 
 		 327 aa  42.4  0.007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  25 
 
 		 327 aa  42.4  0.007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  28.8 
 
 		 721 aa  42  0.01  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0624  cytochrome c, class I  30.38 
 
 		 355 aa  42  0.01  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000503789  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  28.8 
 
 		 327 aa  42  0.01  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0544  cytochrome c class I  30.38 
 
 		 355 aa  42  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4236  cytochrome c class I  28.71 
 
 		 343 aa  42  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00185461  normal  0.468789 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>