More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0054 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0054  histidine kinase  100 
 
 
215 aa  429  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.666913 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0047  histidine kinase  69.31 
 
 
508 aa  276  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.52 
 
 
1352 aa  186  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  49.25 
 
 
778 aa  175  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2901  GAF sensor hybrid histidine kinase  45.66 
 
 
733 aa  172  4e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.248575  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1168  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  46.23 
 
 
676 aa  171  7e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0950  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.93 
 
 
911 aa  170  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.666627 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1611  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.56 
 
 
442 aa  168  6e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1586  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.56 
 
 
442 aa  168  6e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0644  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.61 
 
 
754 aa  166  2e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2944  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  44.55 
 
 
573 aa  166  3e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.65 
 
 
1274 aa  164  7e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0613664  normal  0.609464 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1100  PAS  43.11 
 
 
576 aa  164  7e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897667  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0561  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.79 
 
 
640 aa  164  8e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.393536  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1834  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.22 
 
 
569 aa  164  1e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3431  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.72 
 
 
844 aa  163  2e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.737925 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2018  ATP-binding region, ATPase-like  45.73 
 
 
771 aa  163  2e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88254  normal  0.468508 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.5 
 
 
769 aa  161  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1418  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.29 
 
 
853 aa  159  3e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237881  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1052  sensory transduction histidine kinase  42.36 
 
 
1046 aa  159  4e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3600  histidine kinase  46.5 
 
 
548 aa  159  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.94225  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1885  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.5 
 
 
792 aa  159  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3328  GAF sensor hybrid histidine kinase  46.57 
 
 
1482 aa  158  6e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0639  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.11 
 
 
456 aa  157  9e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2403  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.69 
 
 
371 aa  157  1e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.39 
 
 
1977 aa  157  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.53 
 
 
765 aa  157  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2206  histidine kinase  43.5 
 
 
556 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1238  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.46 
 
 
579 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0280549 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4321  histidine kinase  44.6 
 
 
461 aa  156  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.332203  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4457  histidine kinase  44.13 
 
 
461 aa  156  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4476  histidine kinase  44.13 
 
 
461 aa  156  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0860551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1626  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.22 
 
 
770 aa  155  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.255804  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0540  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.49 
 
 
1816 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.46685  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3436  histidine kinase  44.72 
 
 
771 aa  155  5e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.416045  normal  0.0284383 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3009  histidine kinase  43.08 
 
 
603 aa  155  5e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0956  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.23 
 
 
600 aa  155  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0204  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.3 
 
 
687 aa  155  6e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.478023 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1847  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.06 
 
 
775 aa  154  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0491237  normal  0.422245 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1406  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.19 
 
 
484 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.197112  normal  0.954465 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3094  two-component sensor histidine kinase  41.51 
 
 
774 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1373  two component sensor kinase  42.16 
 
 
790 aa  153  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2725  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.35 
 
 
568 aa  154  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2814  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.15 
 
 
763 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.155467  normal  0.302046 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3302  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.64 
 
 
763 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2684  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  44.83 
 
 
645 aa  153  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1935  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.17 
 
 
523 aa  152  3e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.345754 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3270  histidine kinase  42.57 
 
 
565 aa  152  3e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1816  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  45.03 
 
 
977 aa  152  5e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218789  normal  0.39116 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0647  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.38 
 
 
1137 aa  151  6e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2257  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.3 
 
 
1162 aa  151  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  42.71 
 
 
818 aa  151  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3996  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.19 
 
 
1159 aa  151  9e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.374046  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1119  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 
502 aa  150  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.092302  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1705  histidine kinase  43.41 
 
 
910 aa  150  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1449  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.38 
 
 
775 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00109411  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2689  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.82 
 
 
646 aa  150  2e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.119288 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.07 
 
 
798 aa  149  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0658643 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.44 
 
 
781 aa  149  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2934  PAS  44.85 
 
 
955 aa  149  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.14767e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3007  two component system histidine kinase  43.43 
 
 
729 aa  149  3e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0422303  hitchhiker  0.00299589 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0617  histidine kinase  41.41 
 
 
525 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862925  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1943  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.93 
 
 
1468 aa  149  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0382  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.35 
 
 
843 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0626  histidine kinase  44.62 
 
 
1137 aa  149  4e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4466  histidine kinase  44.72 
 
 
464 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.734574  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1884  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  47 
 
 
389 aa  148  5e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.329348  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1284  histidine kinase  41.92 
 
 
560 aa  148  6e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0983353  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1053  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.09 
 
 
1458 aa  148  6e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2119  multisensor signal transduction histidine kinase  37.88 
 
 
582 aa  148  6e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5476  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.72 
 
 
782 aa  148  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0169  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.78 
 
 
1168 aa  147  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3493  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.99 
 
 
1782 aa  147  8e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0298684  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  45.64 
 
 
1299 aa  147  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0425  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.56 
 
 
893 aa  147  1e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0720  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.88 
 
 
882 aa  147  1e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488385  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3552  Cache sensor hybrid histidine kinase  43.01 
 
 
970 aa  146  2e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.71 
 
 
617 aa  146  2e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.422617  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.27 
 
 
763 aa  147  2e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.172925  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3217  ATP-binding region ATPase domain protein  41.63 
 
 
576 aa  147  2e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.644054  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.79 
 
 
818 aa  146  2e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4696  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 
1917 aa  146  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.257042  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2805  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.09 
 
 
927 aa  145  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0207  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.22 
 
 
837 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.749864  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1778  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.33 
 
 
606 aa  145  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.415214  decreased coverage  0.0072817 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3152  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.04 
 
 
468 aa  146  3e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.229393  normal  0.25439 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5073  CBS sensor hybrid histidine kinase  39.53 
 
 
1118 aa  145  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.749087  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  40.38 
 
 
1177 aa  145  4e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1989  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.55 
 
 
1937 aa  145  4e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0286  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.06 
 
 
1406 aa  145  4e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5254  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 
579 aa  145  4e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601488  normal  0.0228125 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0496  histidine kinase  39.6 
 
 
554 aa  145  4e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  4.34752e-05 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1942  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.92 
 
 
1038 aa  145  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2202  histidine kinase  41.03 
 
 
613 aa  145  5e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.143763  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4049  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.29 
 
 
1406 aa  145  5e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9103  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.13 
 
 
1145 aa  145  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0213  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.88 
 
 
974 aa  145  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0934932  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0215  sensor histidine kinase  39.38 
 
 
470 aa  144  7e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00343195  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  40.57 
 
 
794 aa  144  8e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1427  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.5 
 
 
717 aa  144  8e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>