More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0043 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0043  transcriptional regulator domain-containing protein  100 
 
 		 543 aa  1074    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.930122 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3721  transcriptional regulatory protein-like  42.35 
 
 		 515 aa  355  2e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  38.3 
 
 		 522 aa  291  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  37.06 
 
 		 531 aa  277  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1956  transcriptional regulator domain protein  37.16 
 
 		 502 aa  249  9e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00706169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1779  transcriptional regulator domain protein  37.39 
 
 		 502 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.304542  normal  0.0409676 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  33.58 
 
 		 499 aa  231  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  34.39 
 
 		 525 aa  224  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  36.22 
 
 		 510 aa  218  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3222  transcriptional regulator domain-containing protein  36.07 
 
 		 531 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0589938  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  35.18 
 
 		 518 aa  214  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3146  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  34.64 
 
 		 598 aa  210  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  34.11 
 
 		 631 aa  202  1.9999999999999998e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5729  transcriptional regulator domain-containing protein  32.18 
 
 		 508 aa  199  7e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1942  TPR repeat-containing protein  33.09 
 
 		 626 aa  192  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.420919 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  33.56 
 
 		 738 aa  190  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3418  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  35.15 
 
 		 595 aa  187  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2885  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  34.33 
 
 		 588 aa  187  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3831  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  35.77 
 
 		 643 aa  177  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6629  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  37.2 
 
 		 568 aa  166  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3473  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  34.51 
 
 		 596 aa  163  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2321  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  35.58 
 
 		 568 aa  162  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154208  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  31.62 
 
 		 624 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  37.46 
 
 		 622 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  42.49 
 
 		 622 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  32.74 
 
 		 634 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  30.09 
 
 		 522 aa  152  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3419  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  34.11 
 
 		 723 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  29.31 
 
 		 521 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  28.06 
 
 		 521 aa  139  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1549  protein kinase  32.92 
 
 		 784 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0320573 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0527  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  31.9 
 
 		 647 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0681662  normal  0.0228705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0096  adenylate/guanylate cyclase  28.9 
 
 		 647 aa  128  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.019026  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  30.53 
 
 		 736 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2813  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  33.98 
 
 		 648 aa  127  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5448  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  36.89 
 
 		 629 aa  127  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.296082 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0861  TPR repeat-containing protein  30.73 
 
 		 580 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3936  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  35.24 
 
 		 746 aa  125  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5193  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.64 
 
 		 582 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117733  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0089  adenylate/guanylate cyclase  30.23 
 
 		 647 aa  124  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0968  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 584 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3337  putative adenylate cyclase  34.97 
 
 		 686 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5779  tetratricopeptide TPR_4  30.23 
 
 		 594 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.179451  normal  0.65033 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1383  putative adenylate cyclase  29.93 
 
 		 603 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1135  TPR repeat-containing protein  29.89 
 
 		 597 aa  121  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.449493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0770  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  32.53 
 
 		 757 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.424396 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  25.44 
 
 		 527 aa  120  7.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0645  TPR repeat-containing protein  32.26 
 
 		 470 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.165063 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0334  integral membrane protein-like protein  33.91 
 
 		 605 aa  118  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.901439  hitchhiker  0.00276659 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0534  adenylate/guanylate cyclase  29.56 
 
 		 642 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.397996  normal  0.0249995 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1384  putative adenylate cyclase  31.72 
 
 		 581 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.316041  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4117  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.93 
 
 		 769 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.555121  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3450  adenylate/guanylate cyclase  34.78 
 
 		 652 aa  115  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0331  TPR repeat-containing protein  31.49 
 
 		 644 aa  108  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00856051 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4701  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  29.52 
 
 		 658 aa  106  9e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.946311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  53.06 
 
 		 966 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1952  tetratricopeptide TPR_2  29.25 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal  0.0284663 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1457  integral membrane protein-like protein  32.47 
 
 		 646 aa  103  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60002  normal  0.0210149 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  53.26 
 
 		 972 aa  103  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2399  hypothetical protein  32.17 
 
 		 606 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.797611  hitchhiker  0.00673398 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  45.53 
 
 		 1001 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  29.15 
 
 		 479 aa  101  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1735  SARP family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 636 aa  99.8  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.271583 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  47.32 
 
 		 468 aa  98.2  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0330  integral membrane protein-like protein  32.09 
 
 		 608 aa  98.2  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0218745 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  51.14 
 
 		 481 aa  96.3  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  43.9 
 
 		 1010 aa  95.5  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  39.47 
 
 		 1014 aa  95.9  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4488  transcriptional regulator domain protein  30.62 
 
 		 404 aa  94.7  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.309141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  45.87 
 
 		 493 aa  94  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  45.87 
 
 		 493 aa  94  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 591 aa  93.6  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  42.5 
 
 		 973 aa  92.4  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  22.69 
 
 		 425 aa  92  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.41 
 
 		 798 aa  92.4  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  46.23 
 
 		 493 aa  92.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  43.07 
 
 		 330 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  42.74 
 
 		 591 aa  91.3  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  25.95 
 
 		 619 aa  90.9  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  28.03 
 
 		 821 aa  91.3  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5151  response regulator receiver protein  52.87 
 
 		 330 aa  90.1  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.347676 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4881  hypothetical protein  28.09 
 
 		 605 aa  90.1  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59857  normal  0.792267 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5241  LuxR family DNA-binding response regulator  52.87 
 
 		 330 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6958  hypothetical protein  26.87 
 
 		 600 aa  89  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2315  adenylate/guanylate cyclase  27.75 
 
 		 667 aa  88.6  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6439  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  28.22 
 
 		 664 aa  87.8  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  52.7 
 
 		 921 aa  87.4  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3116  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.48 
 
 		 878 aa  87  9e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4216  integral membrane protein-like  25.45 
 
 		 607 aa  86.3  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  47.19 
 
 		 618 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3797  SARP family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 584 aa  86.3  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.231924  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5105  hypothetical protein  26.82 
 
 		 603 aa  85.9  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1736  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.42 
 
 		 737 aa  85.9  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1551  response regulator receiver protein  46.07 
 
 		 277 aa  85.1  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  hitchhiker  0.0028864 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  46.81 
 
 		 877 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 961 aa  84.7  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 601 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 601 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 601 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  38.58 
 
 		 954 aa  81.6  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>