More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0025 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0025  transcriptional regulator  100 
 
 		 481 aa  941    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  49.24 
 
 		 496 aa  356  5.999999999999999e-97  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  41.74 
 
 		 503 aa  323  5e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 501 aa  321  1.9999999999999998e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 502 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 502 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  40.71 
 
 		 502 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 490 aa  317  3e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 494 aa  311  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 503 aa  310  5e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 490 aa  309  8e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 502 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 492 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  40.64 
 
 		 502 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  40.5 
 
 		 509 aa  306  7e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 494 aa  306  7e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 494 aa  306  7e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  40.55 
 
 		 508 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  42.11 
 
 		 494 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 494 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  42.05 
 
 		 509 aa  302  9e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3107  transcriptional regulator  41.61 
 
 		 478 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.936861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.45 
 
 		 497 aa  302  1e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  38.19 
 
 		 501 aa  301  1e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 501 aa  301  3e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  39.15 
 
 		 497 aa  300  3e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.16 
 
 		 503 aa  300  4e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0552603  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 507 aa  298  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.36 
 
 		 495 aa  298  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2795  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.66 
 
 		 500 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77384  normal  0.599586 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 501 aa  298  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0495  transcriptional regulator  39.26 
 
 		 561 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.885427  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  40.67 
 
 		 509 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  42.32 
 
 		 495 aa  298  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0811  GntR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 564 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.482303  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1478.1  GntR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 546 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2128  GntR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 564 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 569 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5345  transcriptional regulator  42.92 
 
 		 506 aa  296  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0493543 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.75 
 
 		 515 aa  296  8e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 513 aa  296  8e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4619  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 520 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.232866 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3397  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  39.75 
 
 		 504 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.53 
 
 		 485 aa  294  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4721  GntR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 492 aa  293  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967408  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4320  transcriptional regulator  39.2 
 
 		 521 aa  293  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2118  GntR family transcriptional regulator  39.96 
 
 		 562 aa  293  5e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0506592  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3711  transcriptional regulator  38.19 
 
 		 504 aa  293  6e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0129081 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  39.45 
 
 		 523 aa  293  6e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0397  transcriptional regulator  39.26 
 
 		 564 aa  292  7e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.493491  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1824  GntR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 564 aa  292  7e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  37.31 
 
 		 485 aa  293  7e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3295  GntR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 507 aa  292  7e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.761418 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.82 
 
 		 501 aa  292  8e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3811  transcriptional regulator  39.7 
 
 		 507 aa  292  9e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1108  GntR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 492 aa  291  2e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.851329 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 477 aa  291  2e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3352  GntR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 485 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3003  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 487 aa  291  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.32  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  38.09 
 
 		 509 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  38.09 
 
 		 506 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 509 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  38.09 
 
 		 506 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6170  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.62 
 
 		 523 aa  290  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0989  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 485 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 501 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  40.51 
 
 		 489 aa  289  7e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  38.11 
 
 		 507 aa  289  8e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 507 aa  289  8e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 507 aa  289  8e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0192  GntR family regulatory protein  41.72 
 
 		 570 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0641  GntR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 506 aa  288  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.55 
 
 		 485 aa  288  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4666  transcriptional regulator  38.19 
 
 		 511 aa  288  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0817  GntR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 506 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.389843  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2364  GntR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 506 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0684851  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1682  transcriptional regulator  41.72 
 
 		 493 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 509 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3720  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.88 
 
 		 507 aa  287  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.57 
 
 		 501 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  40.34 
 
 		 485 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2503  GntR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 506 aa  286  8e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10010  putative transcriptional regulator  40.68 
 
 		 496 aa  286  8e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1600  GntR family regulatory protein  41.72 
 
 		 493 aa  285  9e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2866  GntR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 492 aa  285  9e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.156549  normal  0.161976 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.15 
 
 		 472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 517 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 574 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 504 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3719  transcriptional regulator  40.6 
 
 		 476 aa  285  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0569  transcriptional regulator  37.47 
 
 		 499 aa  284  2.0000000000000002e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  37.25 
 
 		 520 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3519  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.3 
 
 		 471 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  38.18 
 
 		 520 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 504 aa  283  5.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0661  transcriptional regulator  44.01 
 
 		 513 aa  283  6.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5145  transcriptional regulator  41.08 
 
 		 516 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 491 aa  281  3e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6135  GntR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 469 aa  279  6e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3136  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.46 
 
 		 496 aa  280  6e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>