284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_t0282 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0018  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 78 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0012  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.189557  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0083  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000950748  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0010  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0571351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0018  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0768542  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0083  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000012865  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0077  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.98508e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0033  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0034  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000537169  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0022  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.099872 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.000299303  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0050  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0056  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0048  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.917101  hitchhiker  0.00792166 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0044  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0044  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0037  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0042  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0030  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135671  decreased coverage  0.0000000375958 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0010  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>