More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1453 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_1453  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  100 
 
 
285 aa  589  1e-167  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0259  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  44.32 
 
 
290 aa  198  7e-50  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2067  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.82 
 
 
294 aa  194  2e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  40.84 
 
 
290 aa  191  8e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1825  pseudouridine synthase  40.38 
 
 
306 aa  187  1e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0046  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.91 
 
 
297 aa  171  1e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0176  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  42.47 
 
 
302 aa  171  2e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1938  pseudouridine synthase  38.99 
 
 
273 aa  154  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.153319  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1904  pseudouridine synthase  38.99 
 
 
273 aa  154  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.014884  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1386  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.52 
 
 
274 aa  152  8e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.019865  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.11 
 
 
304 aa  149  5e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.14 
 
 
307 aa  142  9e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.78 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  34.53 
 
 
307 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  34.16 
 
 
307 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.16 
 
 
307 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.16 
 
 
307 aa  139  6e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  34.52 
 
 
307 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.18 
 
 
301 aa  137  1e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 
307 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.57 
 
 
304 aa  136  4e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.42 
 
 
307 aa  135  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  35.29 
 
 
299 aa  136  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  37.17 
 
 
298 aa  136  5e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  37.45 
 
 
298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  36.32 
 
 
328 aa  135  8e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  36.02 
 
 
314 aa  135  9e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  38.14 
 
 
297 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.85 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.21 
 
 
296 aa  133  3e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
307 aa  132  6e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.32 
 
 
292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  35.8 
 
 
304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.13 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.36 
 
 
296 aa  130  3e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.69 
 
 
318 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  37.98 
 
 
305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  37.82 
 
 
331 aa  129  7.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.89 
 
 
306 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  36.12 
 
 
306 aa  129  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  35.74 
 
 
334 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.04 
 
 
297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  35.96 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38.43 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  31.87 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.61 
 
 
307 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.929825  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.21 
 
 
310 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  34.75 
 
 
323 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  34.89 
 
 
297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  38.91 
 
 
346 aa  125  6e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  34.63 
 
 
327 aa  125  6e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  34.04 
 
 
297 aa  125  7e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  34.04 
 
 
297 aa  125  7e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  34.62 
 
 
285 aa  125  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.58 
 
 
297 aa  125  7e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  39.3 
 
 
318 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  34.47 
 
 
297 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.47 
 
 
297 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  37.22 
 
 
299 aa  125  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  37.55 
 
 
320 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38 
 
 
319 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.2 
 
 
356 aa  124  2e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.89 
 
 
325 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  38 
 
 
310 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  43.02 
 
 
315 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  37.61 
 
 
305 aa  124  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  37.61 
 
 
305 aa  124  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.71 
 
 
313 aa  123  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  43.2 
 
 
352 aa  122  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.62 
 
 
297 aa  122  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4086  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.74 
 
 
275 aa  122  6e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  34.5 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  35.15 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  33.85 
 
 
316 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.14 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  39.88 
 
 
319 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.31 
 
 
333 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  35.94 
 
 
309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.38 
 
 
339 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  37.44 
 
 
327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  35.06 
 
 
297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  36.84 
 
 
302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.65 
 
 
305 aa  120  3e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  37.16 
 
 
304 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  36.77 
 
 
306 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.65 
 
 
356 aa  120  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.65 
 
 
334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.57 
 
 
313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  38.34 
 
 
217 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  34 
 
 
299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 
334 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  38.24 
 
 
311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0803  RluA family pseudouridine synthase  34.48 
 
 
318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0330464  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
303 aa  119  6e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  34.94 
 
 
329 aa  119  6e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.21 
 
 
294 aa  119  7e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  36.61 
 
 
304 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  38.28 
 
 
304 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.71 
 
 
344 aa  118  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>