More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1409 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_1409  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
172 aa  344  3e-94  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.37178e-16  unclonable  1.34184e-28 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  64.07 
 
 
186 aa  232  2e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  6.90292e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  64.07 
 
 
195 aa  231  3e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.45665e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  64.07 
 
 
195 aa  231  3e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.17232e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  64.07 
 
 
195 aa  231  3e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.20658e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  64.07 
 
 
195 aa  231  3e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.25648e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  64.07 
 
 
195 aa  231  3e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  4.32272e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1241  translation initiation factor 3  64.5 
 
 
170 aa  230  6e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  2.56408e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  63.86 
 
 
166 aa  229  1e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  2.60309e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  64.46 
 
 
166 aa  229  1e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.2216e-07  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  63.86 
 
 
166 aa  229  1e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  64.46 
 
 
166 aa  229  1e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.01645e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  63.86 
 
 
166 aa  228  3e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  1.11711e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  65.27 
 
 
190 aa  226  1e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  6.48528e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  65.64 
 
 
202 aa  224  4e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1244  translation initiation factor IF-3  70.3 
 
 
175 aa  218  4e-56  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  3.17297e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1772  translation initiation factor IF-3  70.3 
 
 
200 aa  217  8e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.39127e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1738  translation initiation factor IF-3  70.3 
 
 
200 aa  217  8e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  1.96833e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  51.76 
 
 
207 aa  187  9e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  1.88671e-05  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1089  translation initiation factor IF-3  56.29 
 
 
176 aa  182  2e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  1.88384e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1384  translation initiation factor IF-3  55.69 
 
 
176 aa  181  5e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000113221  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  54.66 
 
 
238 aa  179  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1225  translation initiation factor 3  54.32 
 
 
164 aa  179  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  3.14962e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  50.31 
 
 
179 aa  179  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  1.29093e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
198 aa  179  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  52.17 
 
 
172 aa  178  3e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  52.17 
 
 
175 aa  177  9e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  51.23 
 
 
198 aa  177  9e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  1.35112e-07  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  49.4 
 
 
197 aa  176  1e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  2.8162e-05  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  48.17 
 
 
164 aa  176  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  54.04 
 
 
225 aa  176  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  49.08 
 
 
202 aa  175  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  48.24 
 
 
219 aa  175  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  4.86529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0082  translation initiation factor IF-3  50.92 
 
 
171 aa  175  3e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  4.96209e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  50.93 
 
 
182 aa  175  3e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  53.42 
 
 
154 aa  173  9e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  8.64988e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2033  translation initiation factor IF-3  57.06 
 
 
216 aa  172  1e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  1.52468e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1311  translation initiation factor IF-3  48.77 
 
 
164 aa  172  2e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  6.44552e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
183 aa  171  4e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
177 aa  171  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
183 aa  171  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
183 aa  171  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  48.47 
 
 
194 aa  171  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  49.08 
 
 
194 aa  171  6e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  49.08 
 
 
194 aa  171  6e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 
219 aa  170  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  2.73336e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 
201 aa  170  1e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  50.93 
 
 
174 aa  170  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
357 aa  169  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
178 aa  168  3e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
178 aa  168  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2996  translation initiation factor 3  50.93 
 
 
238 aa  168  3e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171641  normal  0.0309942 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3025  translation initiation factor 3  50.93 
 
 
238 aa  168  3e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.335133 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2981  translation initiation factor 3  50.93 
 
 
238 aa  168  3e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1882  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
204 aa  168  4e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0284235  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  51.61 
 
 
174 aa  168  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3328  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
243 aa  168  4e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.825238  normal  0.390058 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  50.32 
 
 
177 aa  167  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3039  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
212 aa  167  6e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271102  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1875  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
239 aa  167  7e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.384688 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  47.2 
 
 
182 aa  166  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0447  translation initiation factor IF-3  54.94 
 
 
164 aa  166  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  4.72838e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2156  translation initiation factor IF-3  47.85 
 
 
175 aa  166  1e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  1.87486e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  47.2 
 
 
227 aa  166  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0983  translation initiation factor IF-3  45.73 
 
 
176 aa  166  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  46.58 
 
 
174 aa  165  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  45.51 
 
 
225 aa  165  3e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  46.58 
 
 
205 aa  165  3e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  44.1 
 
 
178 aa  165  3e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  46.58 
 
 
173 aa  164  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  47.2 
 
 
187 aa  164  5e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.11233e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  46.58 
 
 
173 aa  164  7e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20430  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 
177 aa  164  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1316  translation initiation factor IF-3  48.48 
 
 
351 aa  163  8e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  46.06 
 
 
199 aa  163  9e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5473  translation initiation factor IF-3  45.34 
 
 
204 aa  163  1e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1443  translation initiation factor 3  53.96 
 
 
143 aa  163  1e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  1.86833e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  48 
 
 
154 aa  163  1e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0522  translation initiation factor IF-3  45.68 
 
 
193 aa  163  1e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  6.92532e-08  hitchhiker  5.79185e-07 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
173 aa  162  2e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1218  translation initiation factor IF-3  49.36 
 
 
173 aa  162  2e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0326522  normal  0.465185 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  45.96 
 
 
222 aa  162  2e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  44.85 
 
 
243 aa  162  2e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  48.68 
 
 
156 aa  162  2e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  44.51 
 
 
173 aa  162  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0221  translation initiation factor IF-3  46.47 
 
 
186 aa  162  3e-39  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.00015702  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  45.62 
 
 
178 aa  162  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 
252 aa  161  4e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  45.96 
 
 
173 aa  161  4e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  46.58 
 
 
171 aa  161  4e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  9.64088e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1678  translation initiation factor IF-3  45.96 
 
 
170 aa  161  5e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0127847  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28660  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
177 aa  161  5e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  2.59634e-09 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  45.62 
 
 
173 aa  160  6e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  43.83 
 
 
173 aa  160  6e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14590  translation initiation factor 3  45.45 
 
 
401 aa  160  7e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  45 
 
 
204 aa  160  8e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2505  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
177 aa  160  8e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99075  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1932  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
177 aa  160  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00133999  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1977  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
177 aa  160  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269445  normal  0.0568676 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  47.2 
 
 
173 aa  159  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>