More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1014 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  100 
 
 
304 aa  623  1e-177  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.8 
 
 
303 aa  353  2e-96  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.5 
 
 
296 aa  345  4e-94  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  59.44 
 
 
302 aa  338  8e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  54.97 
 
 
302 aa  336  2.9999999999999997e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.76 
 
 
304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.39 
 
 
296 aa  335  5e-91  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.76 
 
 
301 aa  334  1e-90  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  56.99 
 
 
302 aa  331  1e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.97 
 
 
302 aa  330  2e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  54.97 
 
 
302 aa  330  2e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.97 
 
 
302 aa  330  2e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  54.97 
 
 
302 aa  330  2e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  54.97 
 
 
302 aa  330  2e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  54.97 
 
 
302 aa  330  2e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  56.01 
 
 
302 aa  328  8e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  54.64 
 
 
302 aa  328  9e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.37 
 
 
305 aa  321  9.999999999999999e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  55.33 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  56.04 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  51.83 
 
 
306 aa  308  5.9999999999999995e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  54.33 
 
 
305 aa  306  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  54.33 
 
 
305 aa  306  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  55.1 
 
 
306 aa  305  6e-82  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  54.76 
 
 
306 aa  301  7.000000000000001e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  52.74 
 
 
334 aa  301  9e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  52.86 
 
 
323 aa  298  8e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  51.38 
 
 
305 aa  295  6e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  51.7 
 
 
331 aa  291  8e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.27 
 
 
312 aa  286  2.9999999999999996e-76  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.14 
 
 
300 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  49.83 
 
 
305 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.97 
 
 
300 aa  280  2e-74  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  47.77 
 
 
309 aa  279  3e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  46.91 
 
 
316 aa  279  4e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.17 
 
 
303 aa  278  1e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  47 
 
 
313 aa  275  6e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.65 
 
 
306 aa  275  9e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  45.85 
 
 
310 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  46.38 
 
 
315 aa  273  3e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  47.12 
 
 
305 aa  272  5.000000000000001e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  45.97 
 
 
303 aa  271  7e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  46.58 
 
 
302 aa  271  8.000000000000001e-72  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.85 
 
 
308 aa  271  1e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.81 
 
 
312 aa  269  5e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  49.32 
 
 
300 aa  269  5e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  47 
 
 
306 aa  265  5e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  47.06 
 
 
305 aa  265  8.999999999999999e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  48.61 
 
 
304 aa  261  8e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  46.03 
 
 
314 aa  260  2e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  47.95 
 
 
323 aa  258  7e-68  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  42.81 
 
 
329 aa  254  9e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  47.47 
 
 
306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  44.48 
 
 
328 aa  253  2.0000000000000002e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  43.12 
 
 
342 aa  249  5e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  42.09 
 
 
326 aa  248  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  45 
 
 
313 aa  246  3e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  44.7 
 
 
325 aa  246  4e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.74 
 
 
319 aa  242  5e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.58 
 
 
313 aa  242  5e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  44.74 
 
 
310 aa  242  7e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.33 
 
 
320 aa  242  7e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  46.31 
 
 
376 aa  242  7e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.81 
 
 
324 aa  241  7.999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.38 
 
 
318 aa  241  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  41.72 
 
 
343 aa  241  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  43.3 
 
 
339 aa  240  2e-62  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.57 
 
 
356 aa  241  2e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  44.19 
 
 
352 aa  239  2.9999999999999997e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.14 
 
 
319 aa  239  5e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.47 
 
 
333 aa  239  5e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  40.06 
 
 
348 aa  238  8e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.79 
 
 
319 aa  238  8e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  46.08 
 
 
334 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.07 
 
 
319 aa  237  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.48 
 
 
326 aa  237  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.48 
 
 
326 aa  237  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  43.14 
 
 
326 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  43.14 
 
 
326 aa  236  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  44.67 
 
 
311 aa  236  3e-61  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.14 
 
 
326 aa  236  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  42 
 
 
311 aa  236  3e-61  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.14 
 
 
326 aa  236  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.48 
 
 
326 aa  236  3e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  43.14 
 
 
326 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.79 
 
 
319 aa  235  9e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.13 
 
 
322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.17 
 
 
356 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  45.14 
 
 
325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.27 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  43.46 
 
 
318 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.14 
 
 
326 aa  233  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  41.67 
 
 
311 aa  233  3e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  43.46 
 
 
318 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  43.58 
 
 
314 aa  233  4.0000000000000004e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  43.09 
 
 
319 aa  232  5e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.52 
 
 
316 aa  232  5e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.59 
 
 
325 aa  232  5e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.56 
 
 
325 aa  231  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  43.86 
 
 
318 aa  231  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>