More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1001 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_1001  transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  657    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000235547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  34.21 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 312 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 314 aa  96.3  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 311 aa  96.3  6e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1417  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 318 aa  93.6  4e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 316 aa  92.8  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 305 aa  92.8  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 314 aa  92.8  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  26.5 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  30 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.2 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  37.69 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  30.46 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  30 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 327 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30 
 
 		 299 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30 
 
 		 299 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.92 
 
 		 325 aa  89.7  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 296 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1855  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 326 aa  89.7  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  33.33 
 
 		 288 aa  89.4  8e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 315 aa  89  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 309 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 309 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  30.2 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  33.33 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  33.33 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  33.33 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4436  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53692  normal  0.340151 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 311 aa  87  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 308 aa  87  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 291 aa  87  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.03 
 
 		 328 aa  87  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 320 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.82 
 
 		 316 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 304 aa  86.7  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  86.3  6e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 293 aa  86.3  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  34 
 
 		 316 aa  86.3  7e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 315 aa  86.3  7e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 311 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  32.24 
 
 		 294 aa  85.9  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1893  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 309 aa  85.9  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917792 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.17 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  25.33 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1975  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.65 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.77 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.77 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>