More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0892 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  100 
 
 
399 aa  791    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000236762  decreased coverage  0.00000000000000302812 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  47.12 
 
 
416 aa  380  1e-104  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0639  30S ribosomal protein S1  46.37 
 
 
400 aa  331  2e-89  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.136649  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  44.78 
 
 
408 aa  325  7e-88  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  45.06 
 
 
396 aa  325  9e-88  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1563  30S ribosomal protein S1  43.25 
 
 
391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1533  30S ribosomal protein S1  43.25 
 
 
391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.920483  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1150  30S ribosomal protein S1  44.47 
 
 
400 aa  303  3.0000000000000004e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000136012  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.09 
 
 
736 aa  300  2e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  46.57 
 
 
491 aa  291  1e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  44.08 
 
 
382 aa  287  2e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  44.33 
 
 
382 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000102607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  44.33 
 
 
382 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107777  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  44.33 
 
 
382 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000385959  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  44.08 
 
 
382 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  44.33 
 
 
382 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000156073  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  44.33 
 
 
382 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0386100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  43.95 
 
 
382 aa  286  5e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  43.83 
 
 
382 aa  286  5e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  44.08 
 
 
382 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  44.33 
 
 
382 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  42.01 
 
 
385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1044  30S ribosomal protein S1  41.9 
 
 
392 aa  283  3.0000000000000004e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  40.36 
 
 
387 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0455  30S ribosomal protein S1  42.63 
 
 
387 aa  282  6.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  42.7 
 
 
487 aa  282  6.000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  46.45 
 
 
493 aa  280  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  43.84 
 
 
495 aa  280  3e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 
490 aa  280  3e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  47.1 
 
 
485 aa  280  4e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  43.34 
 
 
488 aa  279  6e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  45.07 
 
 
490 aa  279  7e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  45.07 
 
 
492 aa  279  7e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.59 
 
 
672 aa  279  7e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  43.27 
 
 
480 aa  279  7e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  42.3 
 
 
485 aa  279  8e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  41.44 
 
 
481 aa  278  1e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  43.06 
 
 
493 aa  278  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  41.44 
 
 
481 aa  278  2e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  43.27 
 
 
495 aa  276  4e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  42.78 
 
 
492 aa  276  4e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  44.78 
 
 
488 aa  276  4e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  48.26 
 
 
500 aa  276  4e-73  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  42.4 
 
 
481 aa  276  6e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  41.45 
 
 
479 aa  276  6e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  44.78 
 
 
496 aa  276  6e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  44.83 
 
 
488 aa  276  6e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  41.45 
 
 
479 aa  276  6e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  41.45 
 
 
479 aa  276  6e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  44.48 
 
 
493 aa  276  7e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  43.42 
 
 
487 aa  275  8e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  42.77 
 
 
500 aa  275  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  41.76 
 
 
492 aa  275  1.0000000000000001e-72  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  41.48 
 
 
515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  42.39 
 
 
499 aa  274  2.0000000000000002e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  43.71 
 
 
418 aa  273  6e-72  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  46.77 
 
 
491 aa  271  1e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  42.22 
 
 
405 aa  271  1e-71  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  46.77 
 
 
491 aa  272  1e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.95 
 
 
687 aa  269  7e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  40.48 
 
 
407 aa  268  1e-70  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  42.51 
 
 
403 aa  268  2e-70  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.73 
 
 
654 aa  268  2e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  42.98 
 
 
485 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  42.21 
 
 
496 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40 
 
 
677 aa  265  1e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  37.05 
 
 
678 aa  259  5.0000000000000005e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  43.55 
 
 
493 aa  259  8e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  43.55 
 
 
493 aa  259  8e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  38.64 
 
 
705 aa  258  2e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  43.7 
 
 
505 aa  255  1.0000000000000001e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  40.06 
 
 
529 aa  253  4.0000000000000004e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.75 
 
 
676 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  40.55 
 
 
686 aa  252  6e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  42.72 
 
 
427 aa  251  1e-65  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.07 
 
 
661 aa  249  6e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  44.01 
 
 
507 aa  248  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  40.83 
 
 
587 aa  247  2e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  42.86 
 
 
411 aa  244  3e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  35.7 
 
 
378 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  36.09 
 
 
720 aa  236  7e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.06 
 
 
411 aa  235  9e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  37.56 
 
 
557 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  35.37 
 
 
378 aa  233  3e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  38.15 
 
 
400 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  42.18 
 
 
539 aa  232  7.000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  38.51 
 
 
598 aa  230  4e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  36.5 
 
 
559 aa  228  1e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.18 
 
 
403 aa  228  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  35.67 
 
 
672 aa  226  6e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  37 
 
 
558 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  37 
 
 
558 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  36.71 
 
 
589 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  39.2 
 
 
558 aa  223  6e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  36.71 
 
 
571 aa  222  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  36.71 
 
 
577 aa  222  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1308  30S ribosomal protein S1  36.97 
 
 
557 aa  221  9.999999999999999e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.302956  hitchhiker  0.0000000365743 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  36.46 
 
 
576 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  36.46 
 
 
576 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  36.46 
 
 
576 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>