More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0888 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  100 
 
 
245 aa  499  1e-140  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  61.02 
 
 
243 aa  296  1e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  62.71 
 
 
242 aa  297  1e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  61.44 
 
 
243 aa  293  2e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  62.29 
 
 
242 aa  291  5e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  62.29 
 
 
242 aa  291  5e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  62.29 
 
 
242 aa  291  5e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  62.29 
 
 
242 aa  291  5e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  62.29 
 
 
242 aa  291  5e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  62.71 
 
 
242 aa  291  5e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  62.29 
 
 
242 aa  291  5e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  61.86 
 
 
242 aa  290  2e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  61.86 
 
 
242 aa  290  2e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  61.86 
 
 
242 aa  288  5.0000000000000004e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  61.04 
 
 
238 aa  269  2.9999999999999997e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.27 
 
 
249 aa  265  5e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.62 
 
 
240 aa  264  8e-70  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.47 
 
 
255 aa  263  1e-69  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  53.53 
 
 
245 aa  253  2.0000000000000002e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.04 
 
 
239 aa  249  2e-65  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.53 
 
 
245 aa  239  2.9999999999999997e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.53 
 
 
245 aa  239  2.9999999999999997e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  50.42 
 
 
266 aa  235  6e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  50.42 
 
 
266 aa  234  7e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  47.88 
 
 
271 aa  224  1e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  47.48 
 
 
239 aa  222  4e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  46.41 
 
 
274 aa  216  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.19 
 
 
247 aa  215  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.41 
 
 
258 aa  215  4e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  47.48 
 
 
273 aa  215  4e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  46.44 
 
 
309 aa  215  5e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  46.38 
 
 
239 aa  211  5.999999999999999e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  45.8 
 
 
251 aa  208  6e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl548  23S rRNA pseudouridine synthase  49.35 
 
 
251 aa  207  9e-53  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00558647  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50 
 
 
237 aa  206  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.61 
 
 
240 aa  207  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.6 
 
 
239 aa  207  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  48.1 
 
 
236 aa  205  5e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0600  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.34 
 
 
252 aa  204  1e-51  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.168278  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  42.86 
 
 
264 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.1 
 
 
237 aa  198  7.999999999999999e-50  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  44.26 
 
 
238 aa  197  1.0000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.77 
 
 
236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  42.59 
 
 
680 aa  196  3e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  45.11 
 
 
255 aa  196  3e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  47.32 
 
 
230 aa  195  4.0000000000000005e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  43.88 
 
 
238 aa  195  5.000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  43.7 
 
 
296 aa  191  1e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  42.62 
 
 
329 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  42.62 
 
 
324 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  43.75 
 
 
268 aa  189  4e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.19 
 
 
328 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  43.23 
 
 
235 aa  187  2e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.21 
 
 
251 aa  185  6e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.53 
 
 
249 aa  183  2.0000000000000003e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  45.26 
 
 
556 aa  182  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  42.91 
 
 
250 aa  182  6e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  42.5 
 
 
233 aa  182  6e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  40.17 
 
 
241 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  40.91 
 
 
245 aa  181  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.97 
 
 
236 aa  181  1e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  43.97 
 
 
236 aa  180  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  41.92 
 
 
253 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  44.83 
 
 
624 aa  177  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.53 
 
 
269 aa  177  1e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  42.62 
 
 
284 aa  177  2e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  44.07 
 
 
262 aa  176  3e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.53 
 
 
252 aa  176  4e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  40.26 
 
 
354 aa  175  5e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  41.95 
 
 
375 aa  175  6e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  40.59 
 
 
250 aa  175  6e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  39.92 
 
 
553 aa  175  6e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  42.86 
 
 
379 aa  175  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  39.23 
 
 
279 aa  174  9.999999999999999e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.74 
 
 
567 aa  174  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  40.83 
 
 
251 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.16 
 
 
243 aa  173  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  36.98 
 
 
282 aa  173  1.9999999999999998e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  43.22 
 
 
256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.86 
 
 
247 aa  173  2.9999999999999996e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  41.84 
 
 
280 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  40.43 
 
 
228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  41.88 
 
 
243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  41.28 
 
 
555 aa  172  5.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  42.08 
 
 
254 aa  171  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  42.23 
 
 
247 aa  171  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  39.58 
 
 
274 aa  168  6e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  43.64 
 
 
252 aa  168  6e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  44.35 
 
 
250 aa  168  7e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.52 
 
 
243 aa  168  8e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  40.34 
 
 
694 aa  167  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  40.85 
 
 
248 aa  166  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  42.98 
 
 
259 aa  167  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  42.8 
 
 
329 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  41 
 
 
426 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  43.04 
 
 
247 aa  166  4e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  43.04 
 
 
247 aa  165  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  41.39 
 
 
243 aa  165  5.9999999999999996e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  38.98 
 
 
228 aa  164  9e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  41.18 
 
 
403 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>