196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LEUM_t0409 on replicon NC_008531
Organism: Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008531  LEUM_t0409  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000026925  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0029  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0194  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1226  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.186423  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0025  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0169  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0442  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0054  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179281  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0035  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.640819  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00152659  hitchhiker  0.00055755 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_326  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00688078  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0007  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000187685  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R52  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R54  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0063  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.362704  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t067  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066415 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t037  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0007  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00275012  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0105  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00814632  normal  0.0357368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0105  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111925  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0084  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39434  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0075  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0071  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000476291  normal  0.709979 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00129722  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000332377  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0065  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0874306  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0052  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000639553  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  88.24 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>