85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LEUM_2054 on replicon NC_008531
Organism: Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008531  LEUM_2054  hypothetical protein  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000229491  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0067  hypothetical protein  27.35 
 
 
240 aa  97.1  2e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0532  hypothetical protein  36.94 
 
 
194 aa  69.3  5e-11  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000988933  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0733  putative transcriptional regulator  36.67 
 
 
161 aa  56.2  5e-07  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 
115 aa  54.3  2e-06  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.52617e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 
115 aa  54.3  2e-06  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.42648e-12  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
374 aa  51.6  1e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 
190 aa  51.2  1e-05  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  35.38 
 
 
190 aa  51.6  1e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  35.38 
 
 
190 aa  51.6  1e-05  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 
144 aa  51.6  1e-05  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  35.38 
 
 
190 aa  51.6  1e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  35.38 
 
 
190 aa  51.6  1e-05  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  35.38 
 
 
190 aa  51.6  1e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 
131 aa  51.6  1e-05  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  35.38 
 
 
190 aa  50.8  2e-05  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  35.38 
 
 
190 aa  50.8  2e-05  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  35.38 
 
 
190 aa  51.2  2e-05  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
183 aa  50.4  2e-05  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1264  hypothetical protein  20.45 
 
 
205 aa  51.2  2e-05  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  35.38 
 
 
190 aa  51.2  2e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  32.58 
 
 
374 aa  49.7  4e-05  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  32.58 
 
 
374 aa  49.7  4e-05  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  32.58 
 
 
374 aa  50.1  4e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  38.33 
 
 
149 aa  49.3  5e-05  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  31.46 
 
 
374 aa  49.7  5e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  31.46 
 
 
374 aa  49.7  5e-05  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  29.76 
 
 
374 aa  48.9  7e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  34.09 
 
 
374 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1445  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 
147 aa  48.5  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.432426 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
118 aa  47.8  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
123 aa  47.4  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  2.12762e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  37.5 
 
 
194 aa  47.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2593  transcriptional regulator  35 
 
 
116 aa  47  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4414  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 
99 aa  47  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.514306 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 
222 aa  47  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 
231 aa  46.6  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 
200 aa  46.6  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 
277 aa  46.6  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 
368 aa  46.2  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 
197 aa  46.2  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  30.95 
 
 
369 aa  45.8  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 
242 aa  45.8  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 
197 aa  45.8  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 
107 aa  45.8  0.0007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 
380 aa  45.8  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 
117 aa  45.4  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1531  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
189 aa  44.7  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  2.56618e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 
208 aa  45.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.56006e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  32.88 
 
 
338 aa  45.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 
200 aa  45.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3774  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 
94 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0502189  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0363  transcriptional regulator  36.67 
 
 
68 aa  43.9  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 
380 aa  44.3  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1390  transcriptional regulator  33.93 
 
 
252 aa  44.3  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  30 
 
 
181 aa  43.9  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
170 aa  44.3  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  35.71 
 
 
67 aa  44.7  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  30.68 
 
 
374 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0064  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
266 aa  44.7  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  30.38 
 
 
196 aa  43.9  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  2.0134e-07 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  26.39 
 
 
436 aa  43.5  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
192 aa  43.9  0.003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 
181 aa  43.9  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  35 
 
 
348 aa  43.9  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 
206 aa  43.5  0.004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  35.94 
 
 
197 aa  43.5  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 
205 aa  43.1  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3627  transcriptional regulator, XRE family  38 
 
 
87 aa  43.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 
178 aa  43.1  0.004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 
321 aa  42.7  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1789  transcriptional regulator, XRE family  27.87 
 
 
198 aa  43.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  7.70501e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12593  repressor protein  35.59 
 
 
67 aa  43.1  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  28.36 
 
 
272 aa  42.7  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  37.04 
 
 
293 aa  42.7  0.006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  5.39653e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1799  transcriptional regulator, XRE family  34.69 
 
 
103 aa  42.4  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
181 aa  42.4  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1213  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 
394 aa  42  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00829806  decreased coverage  4.99416e-05 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 
195 aa  42.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5169  DNA-binding protein  30.36 
 
 
79 aa  42  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4739  DNA-binding protein  30.36 
 
 
73 aa  42.4  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1172  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 
372 aa  42.4  0.008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.38155 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4758  DNA-binding protein  30.36 
 
 
73 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0571449  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  31.88 
 
 
459 aa  42.4  0.008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 
204 aa  42  0.009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>