More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LEUM_1373 on replicon NC_008531
Organism: Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
312 aa  640    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.69 
 
 
303 aa  359  3e-98  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.19 
 
 
304 aa  349  4e-95  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.71 
 
 
301 aa  336  3.9999999999999995e-91  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  54.64 
 
 
304 aa  321  9.999999999999999e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.45 
 
 
296 aa  317  2e-85  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  53.95 
 
 
305 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  53.82 
 
 
306 aa  312  4.999999999999999e-84  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  53.82 
 
 
306 aa  310  2.9999999999999997e-83  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  54.7 
 
 
302 aa  309  2.9999999999999997e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  55.21 
 
 
304 aa  309  4e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.95 
 
 
296 aa  309  4e-83  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  53.31 
 
 
302 aa  308  5e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  53.31 
 
 
302 aa  309  5e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.31 
 
 
302 aa  308  6.999999999999999e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  53.31 
 
 
302 aa  308  6.999999999999999e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  53.31 
 
 
302 aa  308  6.999999999999999e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  51.72 
 
 
302 aa  308  9e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  53.31 
 
 
302 aa  308  9e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.31 
 
 
302 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  54.27 
 
 
304 aa  307  1.0000000000000001e-82  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  52.96 
 
 
302 aa  306  3e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.18 
 
 
303 aa  305  5.0000000000000004e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  52.49 
 
 
331 aa  305  6e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  52.61 
 
 
302 aa  305  7e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  52.6 
 
 
304 aa  304  1.0000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.96 
 
 
305 aa  297  2e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  53.57 
 
 
334 aa  296  3e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  53.12 
 
 
305 aa  295  6e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  53.02 
 
 
305 aa  294  1e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  53.02 
 
 
305 aa  294  1e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.94 
 
 
306 aa  293  2e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  49.01 
 
 
309 aa  294  2e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  51.03 
 
 
300 aa  293  3e-78  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  49.15 
 
 
303 aa  293  3e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  51.92 
 
 
305 aa  291  1e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  48.99 
 
 
313 aa  289  5.0000000000000004e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  52.43 
 
 
306 aa  288  5.0000000000000004e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.45 
 
 
319 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  44.11 
 
 
315 aa  268  5.9999999999999995e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  45.95 
 
 
306 aa  267  2e-70  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.75 
 
 
312 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  46.46 
 
 
315 aa  265  5.999999999999999e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  46.96 
 
 
305 aa  265  8e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  43.92 
 
 
316 aa  262  6.999999999999999e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.28 
 
 
313 aa  261  8.999999999999999e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  47.56 
 
 
318 aa  261  8.999999999999999e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  49.83 
 
 
320 aa  261  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  50.18 
 
 
311 aa  260  3e-68  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  46.91 
 
 
318 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  45.75 
 
 
325 aa  258  6e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  46.28 
 
 
320 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  46.18 
 
 
326 aa  258  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.44 
 
 
300 aa  256  2e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  46.53 
 
 
315 aa  256  4e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  46.79 
 
 
334 aa  255  7e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  47.19 
 
 
319 aa  255  7e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.58 
 
 
308 aa  255  9e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.27 
 
 
320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  45.95 
 
 
352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  45.27 
 
 
352 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  47.19 
 
 
319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  43.33 
 
 
311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  46.67 
 
 
324 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  45.66 
 
 
426 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  45.27 
 
 
352 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.3 
 
 
313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.27 
 
 
320 aa  253  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.97 
 
 
322 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  46.72 
 
 
314 aa  253  4.0000000000000004e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  45.18 
 
 
323 aa  252  5.000000000000001e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  46.15 
 
 
310 aa  252  5.000000000000001e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  45.85 
 
 
306 aa  252  6e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  45.27 
 
 
320 aa  251  7e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  45.27 
 
 
320 aa  252  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  45.86 
 
 
313 aa  251  8.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.36 
 
 
300 aa  251  1e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  42.67 
 
 
311 aa  251  1e-65  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.48 
 
 
324 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.13 
 
 
334 aa  249  3e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  45.67 
 
 
321 aa  249  4e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.23 
 
 
310 aa  249  5e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.48 
 
 
316 aa  249  6e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  44.44 
 
 
329 aa  247  2e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.26 
 
 
319 aa  247  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.85 
 
 
324 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  44.11 
 
 
340 aa  246  3e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  43.24 
 
 
336 aa  246  4.9999999999999997e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.3 
 
 
332 aa  246  4.9999999999999997e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  45.64 
 
 
326 aa  245  8e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  44.67 
 
 
321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  45.17 
 
 
327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  45.51 
 
 
391 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  45.61 
 
 
313 aa  242  6e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  43.81 
 
 
328 aa  241  9e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  43.4 
 
 
341 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  43.03 
 
 
342 aa  241  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  44.18 
 
 
302 aa  241  2e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.85 
 
 
326 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  41.88 
 
 
344 aa  241  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>