More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LEUM_1168 on replicon NC_008531
Organism: Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  100 
 
 
274 aa  566  1e-160  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  40.51 
 
 
277 aa  181  9e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  40.73 
 
 
277 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  40.51 
 
 
277 aa  179  3e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  39.29 
 
 
277 aa  179  5e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  40.88 
 
 
277 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  42.31 
 
 
308 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  40.88 
 
 
277 aa  177  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  40.88 
 
 
277 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  38.93 
 
 
277 aa  176  4e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  4.96147e-05 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  39.78 
 
 
277 aa  176  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 
293 aa  176  5e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  39.57 
 
 
277 aa  173  3e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  36.64 
 
 
283 aa  164  1e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.32 
 
 
284 aa  163  4e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
279 aa  158  8e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 
277 aa  157  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.34489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 
288 aa  157  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  38.11 
 
 
288 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  37.64 
 
 
288 aa  156  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 
288 aa  157  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 
288 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  38.11 
 
 
288 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  38.11 
 
 
288 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  37.74 
 
 
288 aa  156  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  37.74 
 
 
288 aa  156  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  35 
 
 
280 aa  154  1e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 
279 aa  153  3e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  34.75 
 
 
285 aa  153  4e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 
289 aa  151  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  36.94 
 
 
286 aa  149  4e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  5.76763e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 
286 aa  149  4e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 
288 aa  149  4e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 
280 aa  149  6e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 
291 aa  148  1e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  34.17 
 
 
289 aa  148  1e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  36.2 
 
 
278 aa  147  2e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
289 aa  147  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  38.72 
 
 
288 aa  145  7e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  38.72 
 
 
288 aa  145  7e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  38.72 
 
 
288 aa  145  7e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  35.23 
 
 
298 aa  145  7e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  38.72 
 
 
288 aa  145  7e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  38.72 
 
 
288 aa  145  7e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
275 aa  145  9e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 
298 aa  144  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 
286 aa  144  2e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.41 
 
 
286 aa  143  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 
292 aa  143  3e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 
298 aa  142  5e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  34.33 
 
 
289 aa  141  1e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
290 aa  140  2e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 
289 aa  140  2e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.87 
 
 
284 aa  139  5e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.79 
 
 
294 aa  138  7e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 
284 aa  138  8e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 
288 aa  138  8e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 
288 aa  138  8e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.52 
 
 
280 aa  137  1e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 
295 aa  138  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 
271 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.01 
 
 
276 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 
280 aa  136  3e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 
283 aa  136  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 
292 aa  135  5e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  37.93 
 
 
283 aa  135  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 
273 aa  135  1e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  30.55 
 
 
283 aa  134  1e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 
290 aa  134  1e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 
288 aa  132  4e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  36.64 
 
 
279 aa  132  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 
291 aa  132  6e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  33.58 
 
 
286 aa  132  6e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 
290 aa  132  9e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 
283 aa  131  1e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  31.27 
 
 
273 aa  131  1e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 
271 aa  130  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 
289 aa  130  3e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 
283 aa  129  4e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
288 aa  129  6e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 
311 aa  128  8e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 
286 aa  128  9e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
288 aa  127  1e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 
305 aa  127  1e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 
283 aa  128  1e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  32.07 
 
 
301 aa  127  1e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 
286 aa  127  2e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 
278 aa  127  2e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.7 
 
 
295 aa  127  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 
286 aa  126  4e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 
297 aa  126  5e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 
286 aa  125  8e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1838  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 
285 aa  125  8e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 
269 aa  125  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
296 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.19 
 
 
285 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  31.37 
 
 
289 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  29.02 
 
 
276 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  35.85 
 
 
278 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.32 
 
 
271 aa  123  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>