More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LEUM_0734 on replicon NC_008531
Organism: Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008531  LEUM_0734  tRNA-dihydrouridine synthase  100 
 
 		 365 aa  758    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531142  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1428  tRNA-dihydrouridine synthase  56.52 
 
 		 330 aa  402  1e-111  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.874518  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2413  hypothetical protein  53.44 
 
 		 326 aa  328  1.0000000000000001e-88  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0079  hypothetical protein  52.6 
 
 		 328 aa  324  1e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0077  hypothetical protein  52.6 
 
 		 328 aa  324  1e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0314  dihydrouridine synthase DuS  52.24 
 
 		 329 aa  309  5e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4937  probable tRNA-dihydrouridine synthase 2  52.26 
 
 		 329 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00645235  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0426  hypothetical protein  51.92 
 
 		 329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0408  hypothetical protein  51.92 
 
 		 329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0319  hypothetical protein  52.12 
 
 		 329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0302  dihydrouridine synthase  51.92 
 
 		 329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0306  dihydrouridine synthase  51.92 
 
 		 329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0334  hypothetical protein  52.12 
 
 		 329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.217194  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0312  dihydrouridine synthase DuS  52.44 
 
 		 319 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0382  hypothetical protein  52.26 
 
 		 329 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00282008  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0366  hypothetical protein  52.12 
 
 		 329 aa  306  3e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0761  putative histidine phosphokinase/phophatase  36.25 
 
 		 329 aa  184  3e-45  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.06 
 
 		 358 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  30.09 
 
 		 335 aa  122  7e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.15 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.52 
 
 		 345 aa  119  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.3 
 
 		 335 aa  119  7.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.27 
 
 		 346 aa  119  7.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  27.67 
 
 		 335 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  27.67 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  30.48 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  28.48 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  27.98 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.22 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.48 
 
 		 356 aa  112  7.000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.98 
 
 		 337 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  30 
 
 		 329 aa  112  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.45 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.48 
 
 		 328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  27.22 
 
 		 324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  27.47 
 
 		 378 aa  110  5e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.85 
 
 		 350 aa  109  9.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.21 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  29.39 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.34 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  29.07 
 
 		 327 aa  108  2e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  27.39 
 
 		 351 aa  108  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.56 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  31.38 
 
 		 384 aa  107  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.01 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.01 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.76 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.79 
 
 		 352 aa  107  4e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.77 
 
 		 370 aa  107  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  27.71 
 
 		 319 aa  106  5e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  28.3 
 
 		 322 aa  106  7e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4250  tRNA-dihydrouridine synthase A  32.39 
 
 		 330 aa  106  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.270848 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.39 
 
 		 334 aa  105  9e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.97 
 
 		 329 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  32.2 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.39 
 
 		 351 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.81 
 
 		 305 aa  104  3e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  30.55 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  24.52 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.15 
 
 		 308 aa  103  5e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1482  dihydrouridine synthase family protein  29.49 
 
 		 321 aa  103  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000217324  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.83 
 
 		 308 aa  103  6e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.06 
 
 		 326 aa  103  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1273  dihydrouridine synthase family protein  29.49 
 
 		 321 aa  103  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.843625  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  26.73 
 
 		 318 aa  103  7e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.8 
 
 		 347 aa  102  9e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.85 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  25.69 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.44 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.66 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.79 
 
 		 354 aa  101  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.4 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  29.88 
 
 		 335 aa  102  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  28.13 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  28.66 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  25.38 
 
 		 323 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.21 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.78 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  26.17 
 
 		 325 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4203  tRNA-dihydrouridine synthase A  27.8 
 
 		 331 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  hitchhiker  0.0000157643 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.05 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  29.05 
 
 		 354 aa  100  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.17 
 
 		 343 aa  99.8  6e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  27.63 
 
 		 326 aa  99.8  6e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  27.63 
 
 		 326 aa  99.8  6e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  25.38 
 
 		 323 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03597  tRNA-dihydrouridine synthase A  27.56 
 
 		 348 aa  99.8  7e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.263029  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.38 
 
 		 330 aa  99.4  8e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1210  tRNA-dihydrouridine synthase A  28.08 
 
 		 357 aa  99.4  9e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269604  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  28.89 
 
 		 319 aa  99.4  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  29.49 
 
 		 333 aa  99.4  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.01 
 
 		 322 aa  99  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  27.22 
 
 		 336 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  28.85 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.95 
 
 		 333 aa  99  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  30.47 
 
 		 335 aa  99  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  27.65 
 
 		 335 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  28.71 
 
 		 329 aa  98.6  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.36 
 
 		 315 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.62 
 
 		 330 aa  98.2  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>