126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LEUM_0130 on replicon NC_008531
Organism: Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008531  LEUM_0130  xylose isomerase  100 
 
 
448 aa  922  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00829449  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1871  xylose isomerase  60.9 
 
 
449 aa  559  1e-158  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.322052  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2180  xylose isomerase  57.86 
 
 
441 aa  518  1e-145  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000174675  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19530  xylose isomerase  57.48 
 
 
439 aa  497  1e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1124  xylose isomerase  52.46 
 
 
444 aa  491  1e-137  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  2.86004e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1162  xylose isomerase  52.68 
 
 
444 aa  488  1e-137  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000276678  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2443  xylose isomerase  54.38 
 
 
438 aa  491  1e-137  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3429  xylose isomerase  53.18 
 
 
439 aa  477  1e-133  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2688  xylose isomerase  55.78 
 
 
445 aa  476  1e-133  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  57.31 
 
 
445 aa  478  1e-133  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0153  xylose isomerase  53.08 
 
 
438 aa  476  1e-133  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  52.05 
 
 
444 aa  472  1e-132  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0603  xylose isomerase  51.91 
 
 
438 aa  463  1e-129  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3039  xylose isomerase  50.57 
 
 
440 aa  460  1e-128  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1287  xylose isomerase  49.77 
 
 
437 aa  457  1e-127  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0226  xylose isomerase  51.8 
 
 
438 aa  449  1e-125  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.829605  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1219  xylose isomerase  48.86 
 
 
438 aa  429  1e-119  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  3.57804e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2001  xylose isomerase  51.79 
 
 
441 aa  421  1e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3411  xylose isomerase  47.97 
 
 
436 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  48.45 
 
 
435 aa  418  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3709  xylose isomerase  47.73 
 
 
436 aa  416  1e-115  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3726  xylose isomerase  45.95 
 
 
439 aa  416  1e-115  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658908  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  47.97 
 
 
436 aa  415  1e-115  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  48.21 
 
 
435 aa  414  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  46.9 
 
 
440 aa  412  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  46.9 
 
 
440 aa  412  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  46.9 
 
 
440 aa  412  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  46.79 
 
 
440 aa  413  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  46.79 
 
 
440 aa  413  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  46.9 
 
 
440 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  46.9 
 
 
440 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4155  xylose isomerase  46.01 
 
 
440 aa  413  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0098  xylose isomerase  47.62 
 
 
439 aa  412  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  46.9 
 
 
440 aa  412  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  47.73 
 
 
436 aa  414  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4437  xylose isomerase  45.56 
 
 
440 aa  409  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4161  xylose isomerase  46.12 
 
 
439 aa  410  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.667715  normal  0.0336803 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0056  xylose isomerase  46.12 
 
 
439 aa  411  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  45.95 
 
 
440 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00110  xylose isomerase  46.12 
 
 
445 aa  410  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03848  xylose isomerase  46.12 
 
 
445 aa  410  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  45.72 
 
 
440 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  45.72 
 
 
440 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  45.72 
 
 
440 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  45.72 
 
 
440 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  46.9 
 
 
440 aa  411  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0307022 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  47.86 
 
 
439 aa  411  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3411  xylose isomerase  47.73 
 
 
435 aa  411  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0587  xylose isomerase  46.17 
 
 
441 aa  411  1e-113  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0156  xylose isomerase  47.14 
 
 
440 aa  411  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0549  xylose isomerase  47.73 
 
 
435 aa  410  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  46.12 
 
 
439 aa  411  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  46.43 
 
 
439 aa  406  1e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1876  xylose isomerase  45.72 
 
 
439 aa  406  1e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.554303  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  45.27 
 
 
440 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.527813 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0349  xylose isomerase  47.49 
 
 
443 aa  403  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  43.6 
 
 
440 aa  399  1e-110  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6633  xylose isomerase  44.82 
 
 
440 aa  400  1e-110  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0029  xylose isomerase  44.62 
 
 
436 aa  400  1e-110  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280107  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_30786  xylose isomerase  46.68 
 
 
445 aa  400  1e-110  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2714  xylose isomerase  47.02 
 
 
440 aa  400  1e-110  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0757735  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1733  xylose isomerase  46.28 
 
 
436 aa  396  1e-109  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.382603  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  43.37 
 
 
440 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  43.37 
 
 
440 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1996  xylose isomerase  44.24 
 
 
434 aa  395  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00412566  normal  0.553751 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1929  xylose isomerase  45.95 
 
 
442 aa  393  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116682  normal  0.849458 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  43.15 
 
 
440 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  43.15 
 
 
440 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1604  xylose isomerase  45.62 
 
 
442 aa  394  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  43.37 
 
 
440 aa  394  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3002  xylose isomerase  44.42 
 
 
438 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123977  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2342  xylose isomerase  43.24 
 
 
441 aa  386  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.158471 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2504  xylose isomerase  46.54 
 
 
443 aa  386  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.149653  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2883  xylose isomerase  45.13 
 
 
438 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4384  xylose isomerase  45 
 
 
446 aa  383  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0452947  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  43.94 
 
 
433 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2303  xylose isomerase  45.13 
 
 
438 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.618327  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0454  xylose isomerase  45.77 
 
 
399 aa  375  1e-103  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2338  xylose isomerase  42.02 
 
 
440 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1176  xylose isomerase  43.58 
 
 
433 aa  371  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0800628  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4723  xylose isomerase  45.35 
 
 
442 aa  370  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2838  xylose isomerase  43.35 
 
 
433 aa  370  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0695629  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0757  xylose isomerase  44.71 
 
 
437 aa  367  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1596  xylose isomerase  50.93 
 
 
389 aa  335  9e-91  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  30.51 
 
 
386 aa  111  2e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  27.83 
 
 
389 aa  111  2e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  28.57 
 
 
389 aa  111  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  29.36 
 
 
387 aa  109  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  29.91 
 
 
390 aa  107  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  30.31 
 
 
395 aa  107  3e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  29.22 
 
 
403 aa  107  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  29 
 
 
382 aa  106  8e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  29.39 
 
 
407 aa  106  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  27.98 
 
 
396 aa  105  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  30.38 
 
 
383 aa  103  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  30.67 
 
 
395 aa  103  6e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  29.33 
 
 
395 aa  102  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  28.08 
 
 
385 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  30.32 
 
 
382 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  29.24 
 
 
389 aa  100  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.39813 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>