More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LEUM_0004 on replicon NC_008531
Organism: Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  100 
 
 
374 aa  762    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  57.68 
 
 
374 aa  452  1.0000000000000001e-126  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  53.66 
 
 
372 aa  419  1e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  52.42 
 
 
370 aa  404  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  52.42 
 
 
370 aa  404  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  52.01 
 
 
371 aa  402  1e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  51.22 
 
 
374 aa  402  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  52.28 
 
 
373 aa  404  1e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  51.47 
 
 
375 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  50.94 
 
 
375 aa  397  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  50.94 
 
 
375 aa  397  1e-109  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  50.94 
 
 
375 aa  397  1e-109  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  50.94 
 
 
375 aa  395  1e-109  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  50.94 
 
 
375 aa  396  1e-109  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  50.94 
 
 
375 aa  397  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  50.94 
 
 
375 aa  397  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  50.94 
 
 
375 aa  397  1e-109  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  50.94 
 
 
375 aa  397  1e-109  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  50.4 
 
 
373 aa  390  1e-107  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  49.73 
 
 
374 aa  375  1e-103  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  49.87 
 
 
359 aa  351  1e-95  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  47.44 
 
 
366 aa  340  2e-92  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  46.76 
 
 
369 aa  338  8e-92  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  39.84 
 
 
361 aa  293  5e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  39.84 
 
 
361 aa  293  5e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  41.35 
 
 
375 aa  289  5.0000000000000004e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  41.94 
 
 
371 aa  286  2.9999999999999996e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.43 
 
 
386 aa  285  1.0000000000000001e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.27 
 
 
360 aa  281  1e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  39.02 
 
 
369 aa  265  1e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.8 
 
 
376 aa  260  3e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.56 
 
 
372 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.21 
 
 
365 aa  249  6e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  37.2 
 
 
371 aa  243  3e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  37.4 
 
 
371 aa  242  6e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  39.84 
 
 
376 aa  235  9e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  35.92 
 
 
362 aa  233  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.04 
 
 
382 aa  233  3e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  33.51 
 
 
364 aa  231  1e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  37.4 
 
 
392 aa  228  1e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.92 
 
 
364 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  36.72 
 
 
384 aa  223  4e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  35.68 
 
 
364 aa  223  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  31.35 
 
 
365 aa  222  8e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  32.71 
 
 
365 aa  222  8e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.58 
 
 
362 aa  222  9e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  37.4 
 
 
390 aa  215  9.999999999999999e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  34.91 
 
 
398 aa  207  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  39.19 
 
 
387 aa  207  2e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.62 
 
 
370 aa  207  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  32.89 
 
 
368 aa  206  6e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  36.24 
 
 
380 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  36.24 
 
 
380 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  36.16 
 
 
377 aa  204  2e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.87 
 
 
360 aa  204  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  34.97 
 
 
370 aa  204  3e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.68 
 
 
377 aa  203  3e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  34.23 
 
 
386 aa  202  6e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.35 
 
 
359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.07 
 
 
397 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.72 
 
 
381 aa  196  8.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.78 
 
 
399 aa  195  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.69 
 
 
401 aa  195  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.88 
 
 
358 aa  194  2e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  36.86 
 
 
377 aa  193  4e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.94 
 
 
398 aa  192  6e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  36.39 
 
 
385 aa  192  7e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 
363 aa  191  1e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  33.06 
 
 
365 aa  192  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  34.32 
 
 
363 aa  191  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.6 
 
 
397 aa  191  2e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  37.85 
 
 
352 aa  191  2e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  32.41 
 
 
402 aa  191  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  32.55 
 
 
390 aa  191  2.9999999999999997e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  34.77 
 
 
371 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20191  recombination protein F  34.19 
 
 
348 aa  189  5e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1145  recombination protein F  33.9 
 
 
348 aa  189  7e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  31.64 
 
 
377 aa  188  1e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.97 
 
 
380 aa  186  4e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  30.81 
 
 
401 aa  186  5e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  30.64 
 
 
369 aa  186  6e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.42 
 
 
415 aa  186  6e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  29.72 
 
 
358 aa  186  7e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 
420 aa  186  8e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  32.88 
 
 
371 aa  185  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  32.89 
 
 
377 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  33.06 
 
 
386 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  31.22 
 
 
380 aa  184  3e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  31.27 
 
 
390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  30.95 
 
 
380 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  30.95 
 
 
380 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.08 
 
 
374 aa  182  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  29.02 
 
 
376 aa  181  2e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.55 
 
 
365 aa  181  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.39 
 
 
363 aa  180  4e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  31.58 
 
 
387 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  32.73 
 
 
399 aa  179  5.999999999999999e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.03 
 
 
369 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.23 
 
 
378 aa  179  9e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  33.59 
 
 
394 aa  178  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>