More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_2414 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  100 
 
 
290 aa  591  1e-168  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2067  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.86 
 
 
294 aa  296  2e-79  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0259  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  49.82 
 
 
290 aa  276  4e-73  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1453  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  40.84 
 
 
285 aa  191  9e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0046  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.5 
 
 
297 aa  190  2e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1825  pseudouridine synthase  38.3 
 
 
306 aa  189  4e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  36.9 
 
 
299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  36.49 
 
 
304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  38.6 
 
 
307 aa  180  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  35.29 
 
 
307 aa  175  9e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.29 
 
 
307 aa  175  9e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.29 
 
 
307 aa  175  9e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  35.05 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.64 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.64 
 
 
307 aa  172  5e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0176  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.08 
 
 
302 aa  172  6.999999999999999e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.54 
 
 
307 aa  170  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1938  pseudouridine synthase  38.35 
 
 
273 aa  165  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.153319  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1904  pseudouridine synthase  38.35 
 
 
273 aa  165  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.014884  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  34.69 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.92 
 
 
307 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.92 
 
 
307 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.929825  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1386  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.55 
 
 
274 aa  156  3e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.019865  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.91 
 
 
306 aa  153  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.96 
 
 
304 aa  152  4e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38.91 
 
 
306 aa  152  5e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.52 
 
 
304 aa  149  4e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  37.74 
 
 
320 aa  149  8e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  37.61 
 
 
226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.65 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.22 
 
 
296 aa  145  8.000000000000001e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  33.22 
 
 
298 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  33.33 
 
 
298 aa  143  3e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
298 aa  143  4e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  32.95 
 
 
304 aa  142  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.74 
 
 
303 aa  142  5e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  39.81 
 
 
310 aa  142  7e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  34.21 
 
 
311 aa  142  7e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0963  pseudouridine synthase  31.12 
 
 
314 aa  142  9e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.334173  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  34.1 
 
 
302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.85 
 
 
305 aa  140  3e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  34.56 
 
 
328 aa  140  3e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  38.54 
 
 
297 aa  139  7e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.63 
 
 
292 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  38.29 
 
 
306 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  37.68 
 
 
312 aa  138  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.1 
 
 
302 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  35.14 
 
 
305 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.82 
 
 
297 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  34.15 
 
 
297 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  35.14 
 
 
305 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 
302 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  33.33 
 
 
302 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 
302 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  35.71 
 
 
304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  36.32 
 
 
310 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
302 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
302 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.33 
 
 
302 aa  136  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.2 
 
 
302 aa  136  5e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  32.39 
 
 
334 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.82 
 
 
297 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  32.95 
 
 
302 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  32.67 
 
 
325 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  33.97 
 
 
304 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.98 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.53 
 
 
301 aa  134  9.999999999999999e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  33.63 
 
 
299 aa  134  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  39.01 
 
 
319 aa  135  9.999999999999999e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.94 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.95 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  34.82 
 
 
297 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.82 
 
 
297 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  38.79 
 
 
293 aa  133  3e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
306 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  36.89 
 
 
297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  36.49 
 
 
307 aa  132  6e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  31.1 
 
 
303 aa  132  6e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  33.71 
 
 
304 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.47 
 
 
319 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.47 
 
 
319 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.47 
 
 
319 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.47 
 
 
319 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.23 
 
 
316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.86 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.72 
 
 
306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  35.38 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  35.92 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  35.91 
 
 
327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  28.87 
 
 
309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  36.05 
 
 
301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  35.91 
 
 
331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  35.65 
 
 
318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  31.34 
 
 
319 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.34 
 
 
319 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  31.19 
 
 
318 aa  130  3e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  31.34 
 
 
319 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.34 
 
 
319 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.34 
 
 
319 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.34 
 
 
319 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>