291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_2247 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_2247  transcriptional regulator  100 
 
 		 250 aa  497  1e-140  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0147  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 263 aa  158  9e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905215 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1962  transcriptional regulator, RpiR family  34.62 
 
 		 248 aa  121  9e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 280 aa  89.4  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 289 aa  87.4  2e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1522  transcriptional regulator, RpiR family  27.35 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0181901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  27.35 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  32.31 
 
 		 272 aa  81.6  0.00000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3319  RpiR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  27.32 
 
 		 280 aa  75.1  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2604  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3071  transcriptional regulator, RpiR family  29.91 
 
 		 261 aa  73.2  0.000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  31 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.2 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.23 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.23 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.23 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  21.66 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  29.34 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.65 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.27 
 
 		 288 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0042  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.11 
 
 		 267 aa  69.3  0.00000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  26.82 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  24.89 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 284 aa  68.6  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 289 aa  68.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  28.93 
 
 		 284 aa  68.6  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.7 
 
 		 290 aa  68.6  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3022  transcriptional regulator, RpiR family  26.58 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  26.58 
 
 		 283 aa  67  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.11 
 
 		 289 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  22.62 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.83 
 
 		 286 aa  66.2  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  23.61 
 
 		 333 aa  65.9  0.0000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  26.37 
 
 		 282 aa  65.5  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 266 aa  64.7  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  26.23 
 
 		 290 aa  64.7  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2499  RpiR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 244 aa  64.3  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  28.02 
 
 		 283 aa  63.9  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.61 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.61 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.61 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0876  transcriptional regulator  30.09 
 
 		 251 aa  62.4  0.000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0549202  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.11 
 
 		 290 aa  62  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  26.15 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  26.05 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  20.93 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  22.11 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  21.92 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.51 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0467  transcriptional regulator  27.94 
 
 		 242 aa  60.8  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00031412  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1541  transcriptional regulator  26.73 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.83 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  23.42 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 312 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2730  RpiR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.69775  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  21.33 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 273 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3311  transcriptional regulator, RpiR family  25.22 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2807  RpiR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1477  RpiR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.26952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.77 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 281 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  23.9 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.72 
 
 		 284 aa  59.3  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.51 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  24.58 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 338 aa  58.9  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.51 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  24.04 
 
 		 272 aa  58.9  0.00000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  22.92 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 281 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.51 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2674  transcriptional regulator, RpiR family  22.75 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0539121 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2047  RpiR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.573042  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0151  transcriptional regulator, RpiR family  27.57 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4018  RpiR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.772645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.66 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 281 aa  57  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>