More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_1015 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  45.21 
 
 		 792 aa  638    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  53.97 
 
 		 801 aa  835    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  45.15 
 
 		 790 aa  648    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  45.15 
 
 		 790 aa  648    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  47.22 
 
 		 801 aa  669    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  45.6 
 
 		 758 aa  649    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  100 
 
 		 810 aa  1657    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  51.82 
 
 		 817 aa  820    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  44.82 
 
 		 762 aa  634  1e-180  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  46.07 
 
 		 806 aa  620  1e-176  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  46.07 
 
 		 808 aa  619  1e-176  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  46.07 
 
 		 804 aa  619  1e-176  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  46.07 
 
 		 810 aa  619  1e-176  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  46.07 
 
 		 808 aa  619  1e-176  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  46.21 
 
 		 808 aa  620  1e-176  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  46.22 
 
 		 814 aa  621  1e-176  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  46.21 
 
 		 806 aa  619  1e-176  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  45.79 
 
 		 806 aa  617  1e-175  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  45.8 
 
 		 812 aa  617  1e-175  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  44.16 
 
 		 792 aa  612  9.999999999999999e-175  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  44.17 
 
 		 774 aa  615  9.999999999999999e-175  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1303  exoribonuclease R  43.95 
 
 		 779 aa  608  9.999999999999999e-173  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00042422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  45.97 
 
 		 667 aa  581  1e-164  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  45.56 
 
 		 726 aa  579  1e-164  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  43.06 
 
 		 716 aa  567  1e-160  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  43.26 
 
 		 903 aa  552  1e-156  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  43.74 
 
 		 751 aa  546  1e-154  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  43.96 
 
 		 751 aa  547  1e-154  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  40.83 
 
 		 788 aa  539  9.999999999999999e-153  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  42.36 
 
 		 706 aa  530  1e-149  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  44.53 
 
 		 757 aa  525  1e-147  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  40.48 
 
 		 706 aa  518  1.0000000000000001e-145  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  42.88 
 
 		 716 aa  503  1e-141  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  40.59 
 
 		 709 aa  501  1e-140  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  40.36 
 
 		 770 aa  501  1e-140  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  43.41 
 
 		 710 aa  486  1e-136  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  43.34 
 
 		 737 aa  488  1e-136  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  39.33 
 
 		 705 aa  488  1e-136  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  43.25 
 
 		 710 aa  485  1e-135  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  38.68 
 
 		 759 aa  480  1e-134  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  42.93 
 
 		 704 aa  482  1e-134  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  39.14 
 
 		 763 aa  476  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  38.27 
 
 		 715 aa  478  1e-133  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  42.79 
 
 		 722 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  38.51 
 
 		 751 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  41.8 
 
 		 766 aa  465  1e-129  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  36.24 
 
 		 827 aa  464  1e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  37.73 
 
 		 763 aa  462  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  38.22 
 
 		 708 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  40.12 
 
 		 752 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  35.77 
 
 		 818 aa  445  1e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  38.51 
 
 		 777 aa  446  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  35.14 
 
 		 857 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  35.19 
 
 		 828 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  34.3 
 
 		 863 aa  441  9.999999999999999e-123  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  35.27 
 
 		 801 aa  438  1e-121  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  37.44 
 
 		 737 aa  434  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  34.45 
 
 		 859 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  36.95 
 
 		 813 aa  436  1e-120  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  34.75 
 
 		 857 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  34.63 
 
 		 857 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  34.86 
 
 		 876 aa  432  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  36.98 
 
 		 737 aa  429  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  37.32 
 
 		 771 aa  428  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  36.83 
 
 		 709 aa  429  1e-118  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  35.9 
 
 		 877 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  34.55 
 
 		 877 aa  425  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  38.25 
 
 		 805 aa  424  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  36.24 
 
 		 1182 aa  424  1e-117  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  33.64 
 
 		 848 aa  426  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  33.57 
 
 		 864 aa  421  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  34.77 
 
 		 871 aa  420  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  35.89 
 
 		 758 aa  422  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  36.26 
 
 		 840 aa  422  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  33.86 
 
 		 824 aa  420  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  35.16 
 
 		 861 aa  417  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  36.11 
 
 		 770 aa  419  9.999999999999999e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  36.15 
 
 		 701 aa  418  9.999999999999999e-116  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  33.89 
 
 		 937 aa  416  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  37.61 
 
 		 770 aa  419  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  36.78 
 
 		 910 aa  414  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  34.75 
 
 		 720 aa  415  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  35.11 
 
 		 804 aa  413  1e-114  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  38.06 
 
 		 1055 aa  416  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  35.47 
 
 		 906 aa  412  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  36.13 
 
 		 746 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  34.99 
 
 		 726 aa  410  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  36.13 
 
 		 746 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  34.48 
 
 		 808 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  33.04 
 
 		 870 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  34.93 
 
 		 795 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  33.66 
 
 		 876 aa  409  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  34.24 
 
 		 808 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  33.9 
 
 		 812 aa  409  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  35.47 
 
 		 907 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  33.77 
 
 		 812 aa  405  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  33.62 
 
 		 819 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.17 
 
 		 735 aa  404  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  37.58 
 
 		 858 aa  403  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  33.66 
 
 		 833 aa  405  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>