More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_0491 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 253 aa  527  1e-149  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  62.25 
 
 		 258 aa  313  9.999999999999999e-85  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  60.64 
 
 		 248 aa  309  2.9999999999999997e-83  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 		 256 aa  216  4e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  45.82 
 
 		 264 aa  214  8e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 258 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 		 252 aa  203  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  45.78 
 
 		 252 aa  203  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  41.46 
 
 		 248 aa  201  9e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 247 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 247 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 247 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 247 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 		 252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 247 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 		 252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  42.35 
 
 		 255 aa  198  7.999999999999999e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 		 247 aa  192  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  43.02 
 
 		 252 aa  191  1e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 270 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 		 245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 267 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  39.6 
 
 		 250 aa  181  9.000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 250 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 275 aa  179  4e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 265 aa  178  9e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 270 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 244 aa  176  4e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 261 aa  176  4e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 		 267 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 		 267 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 252 aa  172  5e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 		 244 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 271 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 271 aa  171  7.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 269 aa  171  7.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  41.8 
 
 		 246 aa  171  9e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  41.8 
 
 		 246 aa  171  9e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  38.74 
 
 		 274 aa  171  9e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 259 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  38.74 
 
 		 274 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 		 351 aa  169  5e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 		 261 aa  168  6e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 274 aa  168  7e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 		 276 aa  166  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 262 aa  165  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  37.15 
 
 		 251 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 270 aa  165  8e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.96 
 
 		 278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 259 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  36 
 
 		 278 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 263 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 245 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  35.91 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 244 aa  160  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 253 aa  161  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 244 aa  160  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  159  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  33.86 
 
 		 259 aa  159  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 264 aa  159  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 270 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  159  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  159  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 247 aa  159  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.73 
 
 		 244 aa  158  7e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  36.03 
 
 		 249 aa  158  7e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  158  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  158  8e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  158  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 271 aa  158  8e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  36.25 
 
 		 270 aa  158  8e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 270 aa  158  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 262 aa  158  9e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 267 aa  157  1e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 270 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 270 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 		 262 aa  156  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>