290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_20690 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  100 
 
 
60 aa  120  5e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0645  ribosomal protein L30  71.67 
 
 
60 aa  87.4  6e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2641  ribosomal protein L30  74.58 
 
 
60 aa  87.4  6e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  68.33 
 
 
60 aa  87  7e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29560  LSU ribosomal protein L30P  72.88 
 
 
60 aa  85.5  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.349049  normal  0.73381 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  61.67 
 
 
60 aa  82.4  2e-15  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0580  50S ribosomal protein L30  67.8 
 
 
65 aa  81.3  4e-15  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.868195  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0706  ribosomal protein L30  65 
 
 
60 aa  81.3  4e-15  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.214746 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  67.8 
 
 
60 aa  80.5  7e-15  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23620  LSU ribosomal protein L30P  68.42 
 
 
59 aa  80.1  9e-15  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.844957  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4297  50S ribosomal protein L30  67.8 
 
 
60 aa  80.1  1e-14  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0949  50S ribosomal protein L30  65 
 
 
60 aa  78.6  3e-14  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235553  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  65 
 
 
60 aa  77.8  5e-14  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3887  50S ribosomal protein L30  66.1 
 
 
60 aa  77.4  6e-14  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 
61 aa  75.5  2e-13  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  60.71 
 
 
59 aa  74.7  4e-13  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0416  ribosomal protein L30  63.64 
 
 
63 aa  74.3  5e-13  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  58.93 
 
 
61 aa  73.9  6e-13  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  73.9  7e-13  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  73.9  7e-13  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  73.2  1e-12  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.88891e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  73.2  1e-12  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  72.8  1e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  73.2  1e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.58772e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  73.2  1e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.35964e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  73.2  1e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.4288e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  58.93 
 
 
59 aa  73.2  1e-12  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  73.2  1e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  2.43699e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  73.2  1e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  72.8  1e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  72.8  1e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  72.8  1e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  72.8  1e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  73.2  1e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  72  2e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4303  ribosomal protein L30  55 
 
 
60 aa  72.4  2e-12  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1203  50S ribosomal protein L30  61.02 
 
 
60 aa  72.8  2e-12  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0386344 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  56.9 
 
 
58 aa  71.2  4e-12  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  8.60316e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1104  ribosomal protein L30p/L7e  71.67 
 
 
60 aa  71.2  4e-12  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0840523 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6031  50S ribosomal protein L30  53.33 
 
 
61 aa  70.9  5e-12  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
60 aa  71.2  5e-12  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  59.65 
 
 
58 aa  70.9  6e-12  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  7.5211e-08 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3125  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 
62 aa  70.5  7e-12  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  55.17 
 
 
58 aa  70.5  7e-12  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  55.17 
 
 
58 aa  70.5  7e-12  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.99402e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
60 aa  70.5  8e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6596  ribosomal protein L30  53.33 
 
 
61 aa  70.5  8e-12  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1340  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 
59 aa  69.7  1e-11  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168719  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  56.14 
 
 
62 aa  69.7  1e-11  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.87774e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  57.14 
 
 
59 aa  69.7  1e-11  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.35954e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  57.14 
 
 
59 aa  70.1  1e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  8.79323e-06  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  57.14 
 
 
60 aa  69.7  1e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  1.26926e-11 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  57.14 
 
 
59 aa  69.7  1e-11  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09135e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  57.14 
 
 
60 aa  69.7  1e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.99433e-10  hitchhiker  9.56055e-10 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  58.18 
 
 
60 aa  69.7  1e-11  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.58011e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2628  50S ribosomal protein L30  56.67 
 
 
61 aa  69.3  2e-11  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115062  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
59 aa  68.9  2e-11  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.64159e-09  unclonable  7.31174e-06 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04160  LSU ribosomal protein L30P  53.33 
 
 
60 aa  69.3  2e-11  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0439  50S ribosomal protein L30P  58.93 
 
 
61 aa  68.9  2e-11  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.188702  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
60 aa  68.2  4e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.26837e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16990  50S ribosomal protein L30  59.32 
 
 
74 aa  68.2  4e-11  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  4.9489e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
60 aa  68.2  4e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
60 aa  68.2  4e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  2.00607e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
60 aa  68.2  4e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.15518e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
60 aa  68.2  4e-11  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  7.17278e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  55.36 
 
 
60 aa  68.2  4e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.14653e-05  hitchhiker  9.35583e-05 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  53.57 
 
 
61 aa  67.8  5e-11  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5029  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
61 aa  67.4  6e-11  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  1.28267e-05  normal  0.550586 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1358  ribosomal protein L30  54.39 
 
 
61 aa  67.4  6e-11  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  55.36 
 
 
60 aa  67.4  7e-11  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.91615e-05  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
62 aa  65.9  2e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  4.91198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5142  ribosomal protein L30  54.24 
 
 
61 aa  65.5  2e-10  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.632245 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  65.1  3e-10  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  51.79 
 
 
60 aa  65.1  3e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.04117e-05  unclonable  8.20737e-09 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0733  ribosomal protein L30  51.79 
 
 
62 aa  64.3  5e-10  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  56.14 
 
 
66 aa  64.3  5e-10  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0346  ribosomal protein L30  46.43 
 
 
60 aa  64.3  5e-10  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0149627  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  53.33 
 
 
61 aa  63.9  6e-10  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3399  ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.34793  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3688  ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  62  2e-09  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  2.84143e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1889  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
60 aa  62.4  2e-09  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2958  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
68 aa  62.8  2e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0270162  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  47.46 
 
 
59 aa  62  3e-09  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10736  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
65 aa  62  3e-09  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.07725e-06  normal  0.417501 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2670  50S ribosomal protein L30  54.39 
 
 
68 aa  61.6  3e-09  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  51.67 
 
 
61 aa  62  3e-09  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2160  ribosomal protein L30  49.12 
 
 
63 aa  61.6  4e-09  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0544492  normal  0.73473 
 
 
-
 
NC_002936  DET0492  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 
60 aa  60.8  5e-09  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278097  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0076  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
59 aa  61.2  5e-09  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.663543  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0644  ribosomal protein L30  49.12 
 
 
58 aa  60.8  6e-09  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104733  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23290  LSU ribosomal protein L30P  55.36 
 
 
64 aa  60.8  6e-09  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0884067  hitchhiker  5.65029e-06 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0977  50S ribosomal protein L30P  50.91 
 
 
61 aa  60.8  6e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00293682  hitchhiker  0.00137611 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4530  50S ribosomal protein L30  49.12 
 
 
58 aa  60.8  6e-09  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0070404  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05810  ribosomal protein L30  53.45 
 
 
59 aa  60.5  7e-09  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06430  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
58 aa  60.5  8e-09  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340792  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
59 aa  60.5  9e-09  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0505  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 
58 aa  59.7  1e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00113735  normal  0.0573997 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2046  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
62 aa  60.1  1e-08  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00780916  normal  0.406407 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0502  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 
58 aa  59.7  1e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  1.22641e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 
61 aa  59.7  1e-08  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>