More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_15190 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  100 
 
 
284 aa  564  1e-160  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  62.5 
 
 
322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  60.82 
 
 
306 aa  292  4e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  55.22 
 
 
403 aa  290  2e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  59.43 
 
 
318 aa  287  1e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  60.66 
 
 
247 aa  287  2e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  54.21 
 
 
406 aa  284  9e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  59.02 
 
 
247 aa  279  3e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  54.65 
 
 
263 aa  276  2e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.51 
 
 
247 aa  276  2e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5425  pseudouridine synthase  60.58 
 
 
246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.974125  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.68 
 
 
247 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.68 
 
 
247 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  58.51 
 
 
245 aa  273  2.0000000000000002e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.68 
 
 
247 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  56.43 
 
 
621 aa  267  1e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  57.2 
 
 
254 aa  267  1e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  58.58 
 
 
249 aa  265  5e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.51659 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  56.49 
 
 
426 aa  264  1e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  52.4 
 
 
329 aa  262  4.999999999999999e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  50.94 
 
 
265 aa  261  8e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  54.36 
 
 
250 aa  260  2e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2371  pseudouridine synthase  60.42 
 
 
319 aa  259  3e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.588015  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  54.66 
 
 
694 aa  258  6e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  55.82 
 
 
262 aa  256  2e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  54.62 
 
 
256 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  52.89 
 
 
375 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  50.36 
 
 
306 aa  253  3e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.85 
 
 
269 aa  249  4e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  53.31 
 
 
280 aa  248  6e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  53.75 
 
 
244 aa  248  9e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  54.17 
 
 
243 aa  244  9.999999999999999e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2458  pseudouridine synthase  52.07 
 
 
332 aa  239  2.9999999999999997e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51 
 
 
252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  47.93 
 
 
256 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  45.17 
 
 
284 aa  228  7e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.51 
 
 
251 aa  228  9e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  50.62 
 
 
259 aa  225  6e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  51.68 
 
 
251 aa  224  9e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  49.38 
 
 
273 aa  208  8e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  45.75 
 
 
554 aa  203  2e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  44.54 
 
 
309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.39 
 
 
258 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  43.28 
 
 
238 aa  196  5.000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  45.73 
 
 
239 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.96 
 
 
247 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  44.59 
 
 
266 aa  194  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  44.16 
 
 
266 aa  192  4e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  41.49 
 
 
264 aa  192  5e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  44.35 
 
 
242 aa  192  6e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  43.93 
 
 
242 aa  190  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  43.91 
 
 
236 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.51 
 
 
242 aa  188  9e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  43.51 
 
 
242 aa  187  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.51 
 
 
242 aa  187  1e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.51 
 
 
242 aa  187  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.59 
 
 
242 aa  187  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.53 
 
 
236 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.59 
 
 
242 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  43.51 
 
 
242 aa  187  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  44.16 
 
 
242 aa  186  4e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  44.63 
 
 
243 aa  186  4e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.16 
 
 
242 aa  186  4e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  45.26 
 
 
243 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.54 
 
 
239 aa  183  3e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.29 
 
 
249 aa  182  6e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.73 
 
 
240 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.46 
 
 
249 aa  179  7e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  47.16 
 
 
233 aa  178  9e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.64 
 
 
238 aa  178  9e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  42.44 
 
 
296 aa  178  1e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.85 
 
 
245 aa  177  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.85 
 
 
245 aa  177  2e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  42.62 
 
 
245 aa  177  2e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.23 
 
 
237 aa  176  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  42.44 
 
 
324 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  44.58 
 
 
238 aa  176  5e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  42.44 
 
 
329 aa  176  6e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.86 
 
 
328 aa  175  7e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  41.7 
 
 
245 aa  175  9e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  42.61 
 
 
271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  41.67 
 
 
274 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  43.78 
 
 
624 aa  170  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  42.26 
 
 
354 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  40.95 
 
 
241 aa  170  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  43.1 
 
 
556 aa  169  5e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  38.43 
 
 
230 aa  169  7e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  44.54 
 
 
250 aa  169  7e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  41.35 
 
 
252 aa  168  8e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  42.44 
 
 
253 aa  167  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.61 
 
 
567 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_695  pseudouridine synthase, RsuA family  39.5 
 
 
249 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  40 
 
 
235 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  40.85 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  43.15 
 
 
268 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  40.25 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  40.89 
 
 
282 aa  163  3e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  40.08 
 
 
250 aa  162  7e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  40.17 
 
 
251 aa  161  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.93 
 
 
243 aa  161  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>