178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_00610 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_0890  hypothetical protein  40.66 
 
 
1215 aa  711  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2223  RecB family-like nuclease  41.2 
 
 
1163 aa  772  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4472  RecB family-like nuclease  41.73 
 
 
1151 aa  776  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.836505  normal  0.104003 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3983  RecB family-like nuclease  41.75 
 
 
1143 aa  733  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0895851 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2456  hypothetical protein  38.4 
 
 
1247 aa  659  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.320615  normal  0.0142117 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00610  predicted nuclease (RecB family)  100 
 
 
1270 aa  2519  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3969  RecB family-like nuclease  41.75 
 
 
1143 aa  740  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02510  predicted nuclease (RecB family)  43.79 
 
 
1250 aa  812  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4043  RecB family-like nuclease  41.75 
 
 
1143 aa  740  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0250  hypothetical protein  39.75 
 
 
1350 aa  708  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3239  RecB family nuclease, putative  44.05 
 
 
1228 aa  785  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.262679 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1000  hypothetical protein  40.95 
 
 
1215 aa  707  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0219894 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11277  hypothetical protein  41.85 
 
 
1139 aa  789  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.72071 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20350  predicted nuclease (RecB family)  40.92 
 
 
1196 aa  729  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0117  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  43.6 
 
 
1324 aa  588  1e-166  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0229984  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5304  AAA ATPase  38.26 
 
 
1153 aa  575  1e-162  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2182  RecB family nuclease, putative  35.5 
 
 
1198 aa  528  1e-148  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.000250648  decreased coverage  2.09405e-06 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1283  hypothetical protein  31.2 
 
 
1116 aa  420  1e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.112248 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2717  hypothetical protein  31.76 
 
 
1126 aa  420  1e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375535 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1529  hypothetical protein  34.51 
 
 
1175 aa  389  1e-106  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0907559  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4059  hypothetical protein  39.15 
 
 
522 aa  315  2e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3698  RecB family nuclease, putative  44.78 
 
 
1082 aa  270  1e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0935  hypothetical protein  35.37 
 
 
1172 aa  246  2e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.576468  hitchhiker  0.000557734 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1784  hypothetical protein  36.55 
 
 
1118 aa  244  5e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.424401  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1107  hypothetical protein  41.94 
 
 
1121 aa  236  2e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.186279  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1535  ATPase  45.09 
 
 
1280 aa  231  6e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0056  AAA ATPase  29.7 
 
 
606 aa  126  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.414788  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1516  AAA ATPase  29.76 
 
 
1271 aa  117  1e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.18518 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0455  DNA replication factor Dna2  31.03 
 
 
902 aa  103  2e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4335  Superfamily I DNA and RNA helicase and helicase subunits-like protein  29.77 
 
 
752 aa  101  1e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2111  DNA replication factor Dna2  29.8 
 
 
934 aa  100  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1720  hypothetical protein  29.85 
 
 
1259 aa  100  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1511  hypothetical protein  26.75 
 
 
1275 aa  97.8  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4394  superfamily I DNA/RNA helicase  27.5 
 
 
585 aa  97.8  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.483682 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1059  helicase  27.02 
 
 
986 aa  96.7  2e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2916  DNA replication factor Dna2  27.25 
 
 
902 aa  91.7  9e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29705  predicted protein  32.43 
 
 
553 aa  89.4  5e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0430706  hitchhiker  0.00367175 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27204  predicted protein  32.43 
 
 
553 aa  89.4  5e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.332143  normal  0.0288393 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2207  AAA ATPase  26.89 
 
 
1255 aa  89  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3080  type III restriction protein res subunit  25.29 
 
 
636 aa  87.8  1e-15  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1790  superfamily I DNA/RNA helicase  28.08 
 
 
1427 aa  86.7  3e-15  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.824667  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03653  essential tripartite DNA replication factor with single-stranded DNA-dependent ATPase (Eurofung)  25.06 
 
 
1048 aa  85.1  7e-15  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43802  predicted protein  30.88 
 
 
1189 aa  85.1  7e-15  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.327125  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL04770  DNA helicase, putative  25.11 
 
 
952 aa  84.7  9e-15  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37931  predicted protein  25.97 
 
 
486 aa  84.3  1e-14  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.310178  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0828  putative DNA helicase  27.47 
 
 
633 aa  83.6  2e-14  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01710  putative DNA helicase  30.68 
 
 
754 aa  82.4  6e-14  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61353  predicted protein  24.18 
 
 
716 aa  82  7e-14  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0918  putative DNA helicase  29.17 
 
 
650 aa  81.3  1e-13  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3342  DEAD-like helicase  26.87 
 
 
636 aa  80.1  2e-13  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.182611 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00646  hypothetical protein similar to possible regulator of nonsense transcripts (Broad)  23.48 
 
 
1077 aa  79.7  3e-13  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49458  predicted protein  26.16 
 
 
715 aa  79.7  3e-13  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0940  DNA helicase  29.17 
 
 
650 aa  79.7  4e-13  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.686303  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3380  AAA ATPase  25.68 
 
 
632 aa  79.3  4e-13  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.134452  normal  0.835582 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5369  hypothetical protein  26.29 
 
 
454 aa  79.3  5e-13  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.974948  normal  0.108224 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43905  predicted protein  25 
 
 
1038 aa  77.8  1e-12  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.352902  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41525  predicted protein  27.98 
 
 
466 aa  77.4  2e-12  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  2.17661e-05  normal  0.0334974 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_42380  predicted protein  26.52 
 
 
479 aa  77  2e-12  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1698  DNA replication factor Dna2  27.4 
 
 
901 aa  77.4  2e-12  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02960  ATP dependent helicase, putative  24.29 
 
 
1090 aa  76.3  4e-12  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.275864  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2411  AAA ATPase  24.73 
 
 
635 aa  75.9  5e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000174617  normal  0.335241 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1556  DNA helicase  26.09 
 
 
611 aa  75.9  5e-12  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.274637  normal 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_2292  predicted protein  29.54 
 
 
464 aa  75.1  8e-12  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03041  RecB family nuclease  22.05 
 
 
490 aa  75.1  9e-12  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0542901  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1828  putative DNA helicase  26.07 
 
 
633 aa  74.3  1e-11  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0336  hypothetical protein  20.63 
 
 
487 aa  74.3  1e-11  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4376  superfamily I DNA/RNA helicase  27.43 
 
 
659 aa  73.6  2e-11  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.568868 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01780  hypothetical protein  25.94 
 
 
2245 aa  73.6  2e-11  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1089  putative DNA helicase  26.74 
 
 
633 aa  73.2  3e-11  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.837557  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03980  DNA replication helicase dna2, putative  23.29 
 
 
1097 aa  72.8  4e-11  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.450462  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4366  superfamily I DNA/RNA helicase  28.54 
 
 
651 aa  72  6e-11  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.158459 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_1178  predicted protein  27.97 
 
 
609 aa  72.4  6e-11  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.243815 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0958  AAA ATPase  28.62 
 
 
629 aa  71.6  1e-10  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0659  superfamily I DNA and RNA helicase  24.89 
 
 
1111 aa  71.6  1e-10  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0681058 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0258  hypothetical protein  26.84 
 
 
502 aa  70.5  2e-10  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.715645  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24981  RecB family nuclease  27.5 
 
 
535 aa  70.1  2e-10  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2940  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.69 
 
 
1196 aa  69.7  4e-10  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.408455  hitchhiker  0.000165978 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81113  DEAD-box type RNA helicase  25.56 
 
 
1999 aa  68.6  7e-10  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4865  hypothetical protein  27.14 
 
 
494 aa  68.6  9e-10  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.120137  unclonable  2.12393e-07 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5029  superfamily I DNA/RNA helicase  25.17 
 
 
1620 aa  67  2e-09  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3226  nuclease (RecB family)-like protein  24.77 
 
 
493 aa  67.4  2e-09  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.492235  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3938  superfamily I DNA/RNA helicase  28.65 
 
 
1651 aa  67.4  2e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.98348 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4216  superfamily I DNA/RNA helicase  31.87 
 
 
619 aa  67  2e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.120406  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119646  predicted protein  27.41 
 
 
795 aa  67.4  2e-09  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.44147  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_443  predicted protein  24.3 
 
 
797 aa  67  2e-09  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00278314 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2870  hypothetical protein  24.77 
 
 
493 aa  67.4  2e-09  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3349  hypothetical protein  23.54 
 
 
512 aa  66.2  3e-09  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.134566  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2410  RecB family nuclease, putative  25.91 
 
 
486 aa  66.2  3e-09  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2434  hypothetical protein  25.31 
 
 
914 aa  66.2  4e-09  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000217788 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4348  superfamily I DNA and RNA helicase  31.5 
 
 
622 aa  66.2  4e-09  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2796  transcription factor jumonji, jmjC  40.8 
 
 
193 aa  66.2  4e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.32584e-09  hitchhiker  6.04093e-06 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0901  putative DNA helicase  25.99 
 
 
643 aa  65.9  5e-09  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4371  superfamily I DNA and RNA helicase  31.5 
 
 
622 aa  65.5  7e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.438014  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2278  NERD domain protein  27.02 
 
 
1585 aa  65.1  8e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468792  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0893  putative DNA helicase  24.15 
 
 
633 aa  65.1  8e-09  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2126  ATPase  27.02 
 
 
1585 aa  65.1  8e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561278  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07652  DNA helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G01090)  23.7 
 
 
686 aa  65.1  9e-09  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0955  DNA helicase  25.39 
 
 
655 aa  64.7  1e-08  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5800  hypothetical protein  28.57 
 
 
436 aa  64.7  1e-08  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  1.32526e-12 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0186  hypothetical protein  22.29 
 
 
512 aa  63.9  2e-08  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.12716 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>