More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_00150 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  100 
 
 
306 aa  610  1e-173  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  52.99 
 
 
315 aa  245  5e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  50.95 
 
 
286 aa  239  4e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  49.02 
 
 
293 aa  224  2e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  46.49 
 
 
282 aa  223  4e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  48.39 
 
 
292 aa  213  3e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.79401e-13 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  40.26 
 
 
292 aa  211  1e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  43.91 
 
 
305 aa  193  4e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  44.63 
 
 
289 aa  192  5e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  44.3 
 
 
289 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  44.3 
 
 
289 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0023  Rhomboid family protein  47.6 
 
 
278 aa  186  3e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.816086  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  41.83 
 
 
286 aa  185  8e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  49.11 
 
 
238 aa  180  2e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  40.28 
 
 
313 aa  178  1e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  42.55 
 
 
284 aa  177  2e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  38.87 
 
 
287 aa  167  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  37.59 
 
 
291 aa  166  6e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  43.21 
 
 
279 aa  164  1e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  38.65 
 
 
292 aa  163  3e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  40.49 
 
 
290 aa  162  8e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  37.72 
 
 
303 aa  160  2e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  4.50745e-06 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  39.38 
 
 
302 aa  159  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  39.19 
 
 
306 aa  157  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  35.59 
 
 
303 aa  155  6e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  38.98 
 
 
275 aa  153  3e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  37.84 
 
 
298 aa  142  7e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  39.6 
 
 
303 aa  140  2e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  38.4 
 
 
298 aa  137  3e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  33.77 
 
 
359 aa  134  2e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0295  Rhomboid family protein  36.23 
 
 
317 aa  134  2e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  36.36 
 
 
306 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  33.23 
 
 
356 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  34.4 
 
 
336 aa  121  2e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  37.43 
 
 
234 aa  120  3e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  38.89 
 
 
201 aa  117  3e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  32.53 
 
 
381 aa  115  1e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  33.71 
 
 
274 aa  113  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  36.84 
 
 
365 aa  94  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  39.6 
 
 
283 aa  94  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  36.99 
 
 
342 aa  89.7  5e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  36.99 
 
 
342 aa  89  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  33.94 
 
 
327 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  31.86 
 
 
519 aa  87.8  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  30.92 
 
 
376 aa  85.1  1e-15  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  34.63 
 
 
248 aa  85.1  1e-15  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  9.93388e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  33.85 
 
 
286 aa  84.3  2e-15  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  30.37 
 
 
348 aa  84.3  2e-15  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  40.52 
 
 
386 aa  82.8  7e-15  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  39.13 
 
 
281 aa  80.5  3e-14  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  33.81 
 
 
231 aa  79.7  6e-14  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  27.43 
 
 
486 aa  78.6  1e-13  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  31.5 
 
 
358 aa  77.4  3e-13  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  39.15 
 
 
232 aa  76.6  4e-13  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  34.39 
 
 
396 aa  76.6  4e-13  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  34.3 
 
 
271 aa  77  4e-13  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  33.48 
 
 
389 aa  76.6  5e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  35.12 
 
 
200 aa  75.9  8e-13  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  30.24 
 
 
356 aa  75.9  8e-13  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  30.58 
 
 
579 aa  75.5  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  32.65 
 
 
371 aa  74.3  2e-12  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  33.03 
 
 
625 aa  74.3  2e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  33.03 
 
 
625 aa  74.3  2e-12  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.03 
 
 
625 aa  74.3  2e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  35.96 
 
 
263 aa  73.9  3e-12  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  35.54 
 
 
360 aa  73.6  4e-12  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  31.94 
 
 
231 aa  73.6  4e-12  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  30.21 
 
 
554 aa  72.8  7e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  33.68 
 
 
625 aa  72.4  9e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  31.46 
 
 
511 aa  72  1e-11  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  32.42 
 
 
224 aa  72  1e-11  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  32.99 
 
 
267 aa  71.2  2e-11  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  31.68 
 
 
232 aa  70.9  3e-11  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  29.55 
 
 
227 aa  70.1  4e-11  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  33.73 
 
 
360 aa  69.7  6e-11  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  34.19 
 
 
231 aa  69.7  6e-11  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  42.45 
 
 
209 aa  69.7  6e-11  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  28.87 
 
 
225 aa  69.7  6e-11  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  33.77 
 
 
226 aa  68.9  9e-11  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  29.21 
 
 
236 aa  68.2  2e-10  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  35.93 
 
 
220 aa  67.8  2e-10  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  28.8 
 
 
279 aa  67.8  2e-10  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  33.96 
 
 
360 aa  68.2  2e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  38.03 
 
 
489 aa  67.4  3e-10  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  34.73 
 
 
220 aa  67.4  3e-10  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  36.46 
 
 
234 aa  67.4  3e-10  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  31.96 
 
 
283 aa  66.6  4e-10  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  30.28 
 
 
625 aa  67  4e-10  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  30.86 
 
 
278 aa  66.6  5e-10  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  26.11 
 
 
487 aa  66.2  6e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  26.11 
 
 
487 aa  66.2  6e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3651  Rhomboid family protein  37.72 
 
 
747 aa  65.1  1e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.015996 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  30.05 
 
 
273 aa  64.7  2e-09  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  36.3 
 
 
276 aa  64.7  2e-09  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  35.84 
 
 
224 aa  64.7  2e-09  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  34.21 
 
 
523 aa  63.9  3e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  30.93 
 
 
569 aa  63.9  3e-09  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  33.82 
 
 
224 aa  63.5  4e-09  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  27.81 
 
 
223 aa  63.5  4e-09  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  33.99 
 
 
268 aa  63.5  4e-09  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>