51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_00050 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_00050  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  100 
 
 
196 aa  385  1e-106  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0005  hypothetical protein  46.2 
 
 
185 aa  141  7e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.342856  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0005  protein of unknown function DUF721  44.57 
 
 
185 aa  139  2e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.06889e-13 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0005  hypothetical protein  46.07 
 
 
188 aa  135  4e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00040  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  49.26 
 
 
187 aa  129  4e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0005  hypothetical protein  42.62 
 
 
190 aa  126  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.935209  normal  0.0649143 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0005  hypothetical protein  42.62 
 
 
190 aa  126  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0013  hypothetical protein  42.62 
 
 
190 aa  126  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.104942 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0005  protein of unknown function DUF721  51.69 
 
 
217 aa  124  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382214 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0005  protein of unknown function DUF721  48.53 
 
 
166 aa  120  1e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0005  protein of unknown function DUF721  45.97 
 
 
173 aa  117  9e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00050  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  45.21 
 
 
196 aa  115  4e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0005  protein of unknown function DUF721  52.99 
 
 
143 aa  114  7e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00151548  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0005  protein of unknown function DUF721  51.02 
 
 
171 aa  114  8e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0005  hypothetical protein  46.21 
 
 
185 aa  114  8e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.731239  normal  0.310544 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0004  hypothetical protein  46.4 
 
 
164 aa  113  2e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0008  protein of unknown function DUF721  45.93 
 
 
180 aa  112  4e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0823  hypothetical protein  45.45 
 
 
188 aa  110  1e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10004  hypothetical protein  45.3 
 
 
187 aa  110  1e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0004  protein of unknown function DUF721  43.84 
 
 
184 aa  107  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0005  hypothetical protein  46.28 
 
 
273 aa  105  3e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0987513  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0006  Zn-ribbon-containing possibly RNA-binding protein and truncated derivatives-like protein  48.72 
 
 
206 aa  105  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.358663  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00040  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  42.86 
 
 
266 aa  104  8e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.221602  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00050  predicted RNA-binding protein containing Zn ribbon  38.81 
 
 
217 aa  104  9e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00080644  normal  0.335319 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0005  protein of unknown function DUF721  46.51 
 
 
207 aa  101  6e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0005  protein of unknown function DUF721  45.3 
 
 
188 aa  101  9e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0005  hypothetical protein  44.63 
 
 
183 aa  100  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0232127  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0005  protein of unknown function DUF721  40.41 
 
 
179 aa  100  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0005  hypothetical protein  42.06 
 
 
134 aa  99.8  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.918474  normal  0.25905 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0005  hypothetical protein  44.26 
 
 
177 aa  99.4  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.40327 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0004  protein of unknown function DUF721  42.45 
 
 
171 aa  97.8  8e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00476655  normal  0.0907524 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0006  hypothetical protein  48.61 
 
 
198 aa  98.2  8e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00159718  hitchhiker  0.00351653 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0005  hypothetical protein  48.72 
 
 
201 aa  95.9  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  1.27236e-08 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0005  protein of unknown function DUF721  41.41 
 
 
172 aa  92.4  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44696  normal  0.799003 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1433  Zn-ribbon-containing RNA-binding protein  36.64 
 
 
156 aa  77.8  9e-14  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0005  hypothetical protein  33.33 
 
 
173 aa  73.6  2e-12  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0499719  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0042  hypothetical protein  29.7 
 
 
155 aa  72.4  4e-12  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0005  protein of unknown function DUF721  37.23 
 
 
117 aa  67  2e-10  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444406 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3502  protein of unknown function DUF721  33.33 
 
 
170 aa  57.8  9e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.428989 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0005  hypothetical protein  30.14 
 
 
300 aa  53.9  1e-06  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0643796  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3498  protein of unknown function DUF721  36.11 
 
 
153 aa  49.3  4e-05  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.68574e-33 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3436  hypothetical protein  36.11 
 
 
151 aa  48.9  5e-05  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00123738  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0095  hypothetical protein  37.29 
 
 
101 aa  47.4  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.437017  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0095  Zn-ribbon-containing protein  32.86 
 
 
101 aa  46.6  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00142092  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3768  hypothetical protein  32.39 
 
 
152 aa  43.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00373156  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0638  hypothetical protein  34.15 
 
 
159 aa  42.7  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.128267  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2350  hypothetical protein  28.79 
 
 
153 aa  42.4  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.000367866  normal  0.0123481 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1572  protein of unknown function DUF721  22.73 
 
 
194 aa  41.6  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0003  hypothetical protein  28.26 
 
 
97 aa  41.6  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.179596  normal  0.528651 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1595  protein of unknown function DUF721  22.73 
 
 
194 aa  41.6  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.279023  normal  0.215209 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3330  hypothetical protein  31.88 
 
 
149 aa  41.2  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>