More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_00040 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
390 aa  759  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.04 
 
 
377 aa  394  1e-108  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.32 
 
 
381 aa  391  1e-107  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.68 
 
 
378 aa  385  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.43 
 
 
380 aa  387  1e-106  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  59.2 
 
 
377 aa  382  1e-105  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  55.85 
 
 
390 aa  383  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  3.32989e-05  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  57.52 
 
 
371 aa  382  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  60 
 
 
376 aa  382  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  1.75389e-08 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.59 
 
 
379 aa  379  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.82 
 
 
391 aa  379  1e-104  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  53.38 
 
 
402 aa  379  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15476e-13 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  52.9 
 
 
401 aa  377  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  52.87 
 
 
420 aa  374  1e-102  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  55.41 
 
 
390 aa  374  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  54.5 
 
 
414 aa  367  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.41 
 
 
401 aa  365  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  56.25 
 
 
399 aa  363  3e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  55.01 
 
 
386 aa  362  7e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  57.26 
 
 
377 aa  360  2e-98  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  54.74 
 
 
389 aa  360  3e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  56.3 
 
 
380 aa  359  5e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  56.3 
 
 
380 aa  359  5e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  53.18 
 
 
401 aa  358  8e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.93 
 
 
399 aa  358  9e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  56.03 
 
 
380 aa  358  1e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.02 
 
 
397 aa  358  1e-97  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.36 
 
 
398 aa  350  3e-95  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  52.48 
 
 
385 aa  336  5e-91  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  47.03 
 
 
414 aa  324  1e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  46.31 
 
 
397 aa  310  3e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  50.78 
 
 
371 aa  310  4e-83  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.8 
 
 
485 aa  305  1e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.45 
 
 
415 aa  301  1e-80  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  9.51254e-07  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  50.39 
 
 
404 aa  301  1e-80  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  57.14 
 
 
457 aa  231  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.61 
 
 
375 aa  218  2e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  35.97 
 
 
395 aa  216  7e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  34.05 
 
 
371 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  32.51 
 
 
375 aa  201  2e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  32.14 
 
 
375 aa  201  2e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  37.22 
 
 
398 aa  201  2e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  31.89 
 
 
375 aa  201  3e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.56 
 
 
386 aa  200  4e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  31.89 
 
 
375 aa  200  4e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  31.63 
 
 
375 aa  199  7e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.04808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  31.63 
 
 
375 aa  199  7e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  31.63 
 
 
375 aa  199  7e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  31.63 
 
 
375 aa  199  1e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  31.63 
 
 
375 aa  199  1e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  29.11 
 
 
433 aa  198  1e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  31.63 
 
 
375 aa  199  1e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  30.43 
 
 
373 aa  194  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  32.55 
 
 
374 aa  194  3e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  32.36 
 
 
372 aa  192  8e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.91 
 
 
373 aa  192  9e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  26.8 
 
 
361 aa  190  3e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  26.8 
 
 
361 aa  190  3e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  28.85 
 
 
369 aa  190  4e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  31.32 
 
 
369 aa  189  1e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  39.12 
 
 
392 aa  188  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  31.68 
 
 
371 aa  187  2e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  30.41 
 
 
374 aa  188  2e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.38 
 
 
365 aa  188  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  33.24 
 
 
371 aa  188  2e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  31.13 
 
 
370 aa  187  4e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  31.13 
 
 
370 aa  187  4e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  29.87 
 
 
374 aa  186  9e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  30.22 
 
 
364 aa  182  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.87 
 
 
360 aa  182  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.47 
 
 
376 aa  182  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.59 
 
 
370 aa  181  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  31.34 
 
 
359 aa  181  2e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  30.22 
 
 
366 aa  179  6e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  30.75 
 
 
374 aa  177  3e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  36.1 
 
 
394 aa  177  4e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  35.5 
 
 
387 aa  176  5e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  32.73 
 
 
384 aa  175  1e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.37 
 
 
371 aa  174  2e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.66 
 
 
372 aa  173  4e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  34.48 
 
 
365 aa  170  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  36.76 
 
 
387 aa  170  5e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1620  recombination protein F  37.06 
 
 
358 aa  169  6e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.251361 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.49 
 
 
365 aa  169  8e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.15 
 
 
369 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  25.95 
 
 
362 aa  166  7e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  33.78 
 
 
365 aa  165  1e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.06 
 
 
382 aa  162  8e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  29.63 
 
 
378 aa  162  1e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.76 
 
 
363 aa  160  4e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  32.17 
 
 
390 aa  160  4e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.5 
 
 
372 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  29.23 
 
 
365 aa  160  5e-38  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  35.25 
 
 
385 aa  160  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  34.33 
 
 
376 aa  159  6e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.15 
 
 
364 aa  159  7e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  31.42 
 
 
369 aa  158  2e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  30.81 
 
 
370 aa  157  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.16 
 
 
372 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.25 
 
 
374 aa  156  5e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>